摘要：咖啡碱是嘌呤碱中最重要的一种,对茶叶的滋味等品质起重要的作用,对于咖啡碱代谢途径的研究有重要意义。根据NCBI登录的tidh基因(编码咖啡碱合成途径的一个关键酶——次黄嘌呤核苷酸脱氢酶)cDNA设计引物,克隆获得了一条基因组DNA的中间片段,长4172bp(tidh3)。从中国茶树资源核心种质中选取咖啡碱含量有代表性的95份资源进行了两个年度、春秋两季的咖啡碱含量HPLC测定,大部分材料的咖啡碱含量在2.50%～4.50%,4次重复的平均值为3.50%,变异系数在15.52%～19.25%,表明茶叶咖啡碱含量在不同年份与季节都是相对稳定的。经PCR扩增、测序和序列多态性分析,tidh3中的一个759bp片段的总核苷酸多样性指数πT和θW分别为0.006和0.012,同义突变多样性πsyn=0.009大于非同义突变多样性πnonsyn=0.006。Ka/Ks=0.600<1,认为tidh3基因受到负向选择作用。tidh3基因连锁不平衡分析表明,基因内的连锁不平衡衰减速度较快,在约300bp范围内r2值降低到了0.2。通过关联分析,获得两个与咖啡碱含量显著相关的SNP位点,遗传贡献率分别为10.43%和5.68%。