摘要：id+c:是一个什么样的契机,让你们三人决定共同创办h3o建筑事务所?Joangener:我们深信建筑有着超越寻常的力量,因此在2017年着手建立了这个工作室。在这里,我们可以融合各自不同的背景和观点,在项目中注入丰富多彩的想法,将幻想与理论相结合,打造出不仅能突破传统思维局限,而且能促进人、环境和自然之间有意义联系的空间。我们的愿景不仅是创造建筑,更是创造体验。这种体验能唤起情感,引发对话,激发变革。

摘要：随着二代测序技术的快速发展,基因测序成本迅速下降,这导致基因数据的爆炸式增长,基因数据分析工具逐渐无法满足如此大规模的数据分析需求.一方面,基因数据分析工具大多仍为串行执行,无法有效地利用多核结构提升性能并导致计算资源的严重浪费;另一方面,由于前期设计和开发的局限性,分析工具所依赖的底层算法库不能兼顾高性能与友好的用户接口.gene Panel是当前主流的面向癌症检测的基因数据分析流程,它也是由多种基因数据分析工具组成的.该文面向gene Panel流程:(1)设计并实现了一套全新的并行gene Panel基因数据分析流程,通过数据并行和任务并行两种主要并行手段并结合负载均衡等其他优化方法,有效地提升了多核平台的资源利用率,并获得了4~7倍的整体加速比;(2)设计并实现了一种接口友好的高性能基因数据分析底层库HCC.由于相似的算法特征,该文的优化方法同样适用于除gene Panel外的其他测序流程.

摘要：Synthetic biology aims to endow living cells with new functions by incorporating functional gene networks into *** overexpressing,blocking and rewiring native gene pathways,synthetic biologists have harnessed this promising technology to reprogram cells to perform diverse tasks such as drug discovery,biopharmaceutical manufacturing,gene therapy and tissue engineering,*** this review,we focus on current technologies of synthetic biosensors for disease *** start with the design principle of synthetic *** we move towards the characteristics of simple synthetic biosensors,which can respond to a single input signal,and complex synthetic biosensors including Boolean gate biosensors,cascade biosensors,time-delay biosensors,oscillator biosensors and hysteretic biosensors,which can respond to more than two input signals and perform complex *** biosensor has showed great potential in disease detection,but it is still in its infancy *** efforts should be made in identifying and constructing clinically relevant regulation *** tools are also needed in the design process in order to guarantee the precision of the synthetic *** ultimate goal of a synthetic biosensor is to act as a therapeutic sensor-effector device that connects diagnostic input with therapeutic output and therefore provides all-in-one diagnostic and therapeutic solutions for future gene-and cell-based therapies.

摘要：组学技术在系统水平上对细胞代谢进行全面的分析,极大地促进了代谢工程的发展和应用。全基因组水平的转录分析可以使研究者更加精确地评估细胞表型,加深对细胞代谢的理解。而且转录组分析也有助于研究者鉴定菌种改良的目标基因,加速对微生物细胞工厂的合理设计及构建。文中介绍了3种主要转录组平台技术的原理,并总结了转录组学在代谢工程领域中应用的最新进展和未来发展趋势。

摘要：目的:构建人B细胞易位基因2(BTG2)真核表达载体,并在HeLa细胞中表达携带FLAG标签的BTG2蛋白,为阐明BTG2基因的功能提供实验工具。方法:利用PCR法获得全长BTG2片段,将扩增得到的片段插入真核细胞表达载体pcDNA3.1(+)的多克隆位点;然后按照FLAG序列设计并合成寡核苷酸片段,插入pcDNA3.1(+)-BTG2载体,构建pcDNA3.1(+)-FLAG-BTG2载体;将以上重组质粒转染HeLa细胞,将细胞分为转染pcDNA3.1(+)空载体组、转染pcDNA3.1(+)-BTG2组和转染pcDNA3.1(+)-FLAG-BTG2组,采用抗FLAG抗体的Western blotting法,检测FLAG-BTG2融合蛋白在HeLa细胞中的表达水平。结果:将全长BTG2片段链接于pcDNA3.1(+)质粒,经限制性核酸内切酶BamHⅠ酶切分析及DNA测序证实载体序列准确;该载体转染HeLa细胞后用抗FLAG抗体进行Western blotting法检测,在空载体组和pcDNA3.1(+)-BTG2组HeLa细胞中检测不到FLAG融合蛋白的表达,而在转染pcDNA3.1(+)-FLAG-BTG2组中检测到FLAG-BTG2融合蛋白的表达。结论:成功构建了pcDNA3.1(+)-FLAG-BTG2真核表达载体,并能在HeLa细胞中有效表达携带FLAG标签的BTG2蛋白。

摘要：基于高通量数据,研究人员已经设计了许多算法用于寻找功能完全未知蛋白质的功能.然而,这些算法的效率受到一些根本因素的制约,包括:(ⅰ)功能完全未知的蛋白质参与一个精细功能的先验概率低;(ⅱ)高通量互作数据中有大量的假阳性互作;(ⅲ)蛋白质互作数据对功能类的覆盖不完全;(ⅳ)训练算法的大量阴性样本数据是异质的;(ⅴ)训练算法的蛋白质的精细功能知识不足.因此,本研究提出一种新的方法对已知部分功能的蛋白质进行功能预测,即利用功能特异的蛋白质互作子网或者基因表达模式信息来寻找蛋白质更为精细的功能.该方法能够通过恰当地定义预测范围和过滤假阳性数据减少上述提到的问题,因此可以高效地发现蛋白质的新功能.对于几千个已知部分功能的酵母与人类蛋白质,该方法能够以超过90%的精确率找到它们更为精细的功能.预测的精细功能对于指导随后的湿实验和提供必要的功能知识来学习其他蛋白质的功能都具有重要的意义.

摘要：GESTs(gene expression similarity and taxonomy similarity)是结合基因表达相似性和基因功能分类体系gene Ontology(GO)中的功能概念相似性测度进行功能预测的新方法.将此预测算法推广应用于蛋白质互相作用数据,并提出了几种在蛋白质互作网络中为功能待测蛋白质筛选邻居的方法.与已有的其它蛋白质功能预测方法不同,新方法在学习过程中自动地从功能分类体系中的各个功能类中选择最合适的尽可能具体细致的功能类,利用注释于其相近功能类中的互作邻居蛋白质支持对此具体功能类的预测.使用MIPS提供的酵母蛋白质互作信息与一套基因表达谱数据,利用特别针对GO体系结构层次特点设计的3种测度,评价对GO知识体系中的生物过程分支进行蛋白质功能预测的效果.结果显示,利用文中的方法,可以大范围预测蛋白质的精细功能.此外,还利用此方法对2004年底gene Ontology上未知功能的蛋白质进行预测,其中部分预测结果在2006年4月发布的SGD注释数据中已经得到了证实.

摘要：根据MADS-box基因保守区结构,设计简并引物,从板栗(Castaneamollissima)中分离出花特异表达基因的cDNA片段。并通过5’RACE方法获得了全长cDNA,命名为CmMADS3。该片段全长1016bp,包含一个729bp的开放阅读框,推导的氨基酸序列(243个氨基酸)与拟南芥的SEP1、SEP2和SEP33类MADS-box蛋白有很高的序列相似性。系统进化分析同样将CmMADS3基因归入MADS-box基因家族的AGL2组。RT-PCR分析显示,该基因在板栗的花和幼果中表达丰度高,在茎中有微弱的表达,在叶中不表达,研究结果表明CmMADS3基因是板栗花器官发育中具有E功能的功能基因。

摘要：通过从 NBS 保守序列设计简并引物 PCR 的方法,以花椰菜(Brassica oleracea ***)抗、感黑腐病的近等基因系为材料,分离得到 NBS-LRR 型抗性基因同源序列,并获得1个克隆,命名为 *** 杂交表明,该片段在近等基因系中存在明显的多态性,且该片段在抗黑腐病基因位点至少存在3个以上类似 RGA330-7的同源拷贝.序列分析结果认为该克隆与 NBS-LRR 型抗性基因的部分 CDSs 有很高的同源性,说明该片段属于 NBS-LRR 型.系统进化分析该序列与甘蓝型油菜的2个抗病同源序列归为一类,很可能这3个不同来源的抗性基因同源序列同属于一种抗性基因家族.因此推测该序列与花椰菜抗黑腐病基因紧密相关,为进一步克隆花椰菜抗黑腐病基因提供了可靠的候选基因,对分子标记辅助抗性育种具有重要意义。

摘要：为了确定针对属特异性16S rRNA基因序列V1区设计的引物位点的特异性.基于人类口腔微生物菌群16S rRNA的基因库,对其进行属水平上序列的特征分析,得出其序列突变图谱,找出V1区引物设计位点,计算该引物位点在其分属中的覆盖率并与其通用引物在各分属中的覆盖率进行比较.结果表明,17个菌属中有13个菌属的V1区引物位点在菌属中的覆盖率接近或超过90%,而4个通用引物在菌属中呈现低的覆盖率.由此得出结论,针对属特异性设计的引物位点比通用引物在各菌属中有着更好的覆盖率.该技术对于口腔和食品、肠道、环境等微生物菌群的菌种鉴定和评估方面有着重要的意义.