摘要：We developed a species-specific PCR method to identify species among dehydrated products of 10 sea cucumber *** reverse species-specific primers designed from the 16 S rrna gene,in combination with one forward universal primer,generated PCR fragments of ca.270 bp length for each *** specificity of the PCR assay was tested with DNA of samples of 21 sea cucumber *** was observed in specific species *** species-specific PCR method we developed was successfully applied to authenticate species of commercial products of dehydrated sea cucumber,and was proven to be a useful,rapid,and low-cost technique to identify the origin of the sea cucumber product.

摘要：随着16Srrna序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能.现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求.很多组特异性探针设计算法的思路多局限于针对某个目标序列组设计唯一的组特异性探针.在很多应用场合,设计单个探针检测组内所有目标序列的目标是很难达到的.因此,设计多个探针通过组合方式进行检测是很有必要的.每个探针能特异性地检测组内一部分目标序列,通过组合就能提高覆盖率.然而,在所有可能的探针组合中找到一个优化的探针组合是很耗时的.提出了一个可行的基于相对熵和遗传算法的组合探针设计算法.

摘要：采用分子动力学方法(Molecular dynamics,MD)对托普霉素(Tobramycin)与16S rrna的A位点复合物的特异性识别机制进行了理论模拟研究,模拟时间为3.6ns.结果表明,A位点中波动最大的部位是两个环外碱基A1492和A1493;tobramycin的环Ⅰ和环Ⅱ是其最保守的结构单元,可能参与了Tobramycin与16S rrna的A位点之间的特异性识别.另外,发现一个残存时间为3.6ns的'结构化'水分子,它桥接了Tobra-mycin环Ⅱ的N3与环Ⅰ的N6′之间的氢键,稳定了Tobramycin的结构;Tobramycin周围水合密度较高的位点出现在环Ⅰ和环Ⅱ附近,这也正是晶体结构中形成较多水媒介氢键及动力学模拟中结构化水分子出现的位置.动力学模拟证实Tobramycin与16S rrna间的结合是大量氢键及水分子相互作用的结果,这有助于设计和开发以Tobramycin为基础,具有高亲和力及特异性的16S rrna抑制剂.

摘要：目的建立直接检测粪便样本中溶组织内阿米巴的PCR方法。方法根据溶组织内阿米巴标准株基因组中小亚基核糖体RNA (small subunit ribosome RNA, SSU rrna)序列合成4对特异性引物(2对自主设计引物和2对参考引物),建立PCR检测方法,用该方法对221例临床腹泻患者粪便标本进行检测,同时采用病原学碘染涂片镜检法和酶联免疫吸附实验(enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA)检测抗原,对3种方法的阳性率进行比较,并采用Kappa检验进行一致性分析,分析3种检测方法结果的准确性。结果 4对引物均扩增出溶组织内阿米巴特异的目的片段,建立了粪便样本溶组织内阿米巴检测的PCR法。选择其中2对引物(1对自主设计引物和1对参考引物)对221例粪便样本进行PCR扩增,同时用碘染涂片镜检法查病原体,用ELISA法进行抗原检测,3种方法溶组织内阿米巴阳性检出率分别为2.26%、0.90%和9.50%,差异有统计学意义(χ~2=23.34,P<0.01)。PCR法与碘染涂片镜检法比较,Kappa值为0.216,一致性微弱; PCR法与ELISA法比较一致性差,Kappa值为-0.134。PCR法的结果与临床诊断的一致性最好。结论本研究通过自行设计引物建立的粪便样本溶组织内阿米巴PCR检测法在准确性上优于镜检法和ELISA抗原检测法,为该方法用于临床诊断提供了实验基础。

摘要：【目的】克隆获得中国南瓜18Srrna,并设计合适的荧光定量PCR内参,为开展中国南瓜重要功能基因的表达模式和调控机制研究奠定基础。【方法】以中国南瓜‘密本’品种的基因组DNA为模板,通过PCR方法克隆中国南瓜18Srrna基因序列,再利用Primer Premier软件设计荧光定量PCR引物,对该内参基因在中国南瓜不同组织、生长阶段及非生物胁迫条件下的表达稳定性进行检测。【结果】首次克隆得到中国南瓜18Srrna基因序列,其长度为1 857bp,GenBank登录号为KM979454,该基因与西瓜、西葫芦等瓜类蔬菜18Srrna基因同源性大都在90%以上;以中国南瓜内参基因18Srrna核苷酸全长序列为基础设计1对荧光定量PCR引物,以中国南瓜果肉总RNA逆转录的cDNA第一链为模板进行PCR扩增,该引物扩增的片段大小为132bp,扩增效率高,特异性强;18Srrna基因在中国南瓜不同组织、生长发育阶段及非生物胁迫条件下均能稳定表达。【结论】克隆获得中国南瓜18Srrna基因,该基因适合在中国南瓜基因表达研究中作为内参基因。

摘要：目的　研究细菌 2 3Srrna基因序列的差异 ,为细菌鉴别诊断和相关研究提供科学依据。方法　设计合适的通用引物、寻找恰当的扩增条件扩增常见细菌的 2 3Srrna基因片段。通过序列测定和运用生物信息学分析不同种属细菌 2 3Srrna基因的保守序列、变异规律及菌株间种系进化关系。结果　扩增出常见引起食源性感染的 16属 (种 )细菌 2 3Srrna基因片段。部分扩增产物进行了限制性酶切鉴定和序列测定。序列比较研究获得 2 1个 2 3Srrna的通用保守序列 ,2 3Srrna基因保守序列与变异区在种系间呈间隔分布 ,大量变异区呈“马赛克”式分布。种系间进化关系与 16Srrna分析结果一致。结论　 2

摘要：针对细菌rrna研发抑制细菌增殖的新型抗菌素是抗生素研究领域的新课题。细菌rrna与基因mRNA一样自然形成折叠卷曲高级结构,其结构上可以结合反义核酸的位点即靶点,靶点的阐明是设计有效反义核酸、核酶(ribozyme)和脱氧核酶(DNAzyme)的关键。MAST方法固定16S rrna,将其与寡核苷酸文库杂交筛选出靶点,获得了大肠杆菌16S rrna的6个反义核酸结合靶点,并鉴定5个靶点有效,其中1个为高效。5个靶点的反义核酸能在通透性大肠杆菌菌株培养中不同程度地抑制其生长,针对高效靶点的核酶在转化大肠杆菌中表达而抑制其生长。

摘要：目的:应用细菌的16S rrna/rDNA序列设计引物,PCR检测经益生菌治疗后肠道菌群的相对变化,观察益生菌VSL#3对大鼠实验性结肠炎的保护作用。方法:将24只SD大鼠以三硝基苯磺酸(TNBS)乙醇溶液一次性灌肠造成急性实验性结肠炎模型,并随机分成3组,即模型组、VSL#3组和5-氨基水杨酸(5-ASA)组,分别给予生理盐水、益生菌VSL#3、5-ASA灌胃。观察各组大鼠一般情况、体重、大便的改变。1周后处死大鼠,观察结肠病理变化,比较每组炎症积分。留取大便样本,分别进行双歧杆菌、大肠杆菌、乳酸杆菌的培养、计数。应用细菌的16S rrna/rDNA序列设计引物,对大鼠肠道双歧杆菌、大肠杆菌、乳酸杆菌和通用细菌的16S rDNA基因进行PCR检测,并计算前3种细菌16S rDNA基因的相对扩增产物以观察肠道菌群的变化。结果:TNBS造模1周内各组大鼠均出现懒动、食量下降、腹部膨胀、毛色无光泽、体重下降、腹泻、便血的表现。处死后发现每组均有不同程度的结肠、回盲部扩张,局部结肠淤血、与周围组织黏连,肠黏膜有出血点、溃疡甚至糜烂或肠黏膜脱落,以模型组最明显。VSL#3组和5-ASA组的炎症评分显著低于模型组(P<0.05)。经PCR及细菌培养的方法均显示VSL#3组肠道大肠杆菌含量低于另两组(均为P<0.01),而双歧杆菌和乳酸杆菌含量显著高于另两组(P<0.01或P<0.05)。结论:利用细菌16S rrna/rDNA设计引物,对多种肠道细菌相对含量进行PCR检测,发现益生菌VSL#3可通过调节肠道菌群,达到对大鼠实验性结肠炎的治疗效果。

摘要：选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析(q RT-PCR)准确性的重要条件。18S r RNA基因表达范围广、表达量恒定,常作为内参基因应用于实时荧光定量PCR中。为了获得丝瓜18S r RNA基因,并设计合适的荧光定量PCR内参引物,解决丝瓜实时荧光定量PCR检测中无内参基因的现状,通过PCR和序列测定,首次克隆到了丝瓜的18S r RNA基因序列,其长度为1 862 bp,Gen Bank登录号为KM656452。在此基础上设计1对荧光定量PCR引物,该引物特异性强,扩增效率高,在丝瓜各生长发育阶段及各种非生物胁迫条件下均能稳定表达,适合在丝瓜基因表达研究中作为内参基因。该研究结果可为开展丝瓜重要功能基因的表达模式和调控机制的研究奠定基础。

摘要：Revealing biodiversity in microbial communities is essential in metagenomics researches. With thousands of sequenced 16S rrna gene available, and advancements in oligonucleotide microarray technology, the detection of microor-ganisms in microbial communities consisting of hundreds of species may be possible. Many of the existing strategies developed for oligonucleotide probe design are dependent on the result of global multiple sequences alignment, which is a time-consuming task. We present a novel program named OligoSampling that uses MCMC method to design group-specific oli-gonucleotide probes. The probes generated by OligoSampling are group specific with weak crosshybridization potentials. Furthermore a high coverage of target sequences can be obtained. Our method does not need to globally align target sequences. Locally aligning target sequences iteratively based on a Gibbs sampling strategy has the same effect as globally aligning sequences in the process of seeking group-specific probes. OligoSampling provides more flexibility and speed than other software programs based on global multiple sequences alignment.