摘要：目的通过克隆分析中国地鼠16S基因的部分序列,对中国地鼠16S基因的结构和功能进行初步探索和揭示。方法从GenBank中已报道的啮齿动物16S基因保守区设计一对引物,进行PCR扩增,测序。用Blastn与GenBank中七种啮齿类动物的16S基因进行序列比较,分析其碱基组成及变异情况,并用邻接法(NJ)、非加权组平均法(UPGMA)构建分子系统树,在分子水平上探讨中国地鼠和其他啮齿类动物的进化关系,对中国地鼠的种属地位进行了进一步验证。结果获得了中国地鼠线粒体16S基因的部分序列,其碱基组成A、T、C、G分别为40.5%、24.5%、18.7%、16.3%,与其他七种啮齿类动物的碱基含量相比,各碱基含量基本相似。NJ进化树表明,中国地鼠、金黄地鼠与欧洲仓鼠先聚为一支,小鼠与大鼠先聚为一支,东方田鼠、台湾田鼠与东欧田鼠先聚为一支。结论中国地鼠和金黄地鼠的亲缘关系最近,与传统的分类地位基本吻合。

摘要：目的研究不同pH饮用水对SPF小鼠肠道微生物多样性的影响。方法 21日龄SPF小鼠90只随机分成3组,每组30只,分别给予三类水,即酸化水(pH 3.0),中性水(pH 7.0)和碱性水(pH 9.0),并进行为期三个月的饲养。每组分别在饲养4周、8周、12周末各处死10只动物,取血清按SPF国标项目检测了细菌、病毒、寄生虫,取回盲部内容物,根据细菌16S rrna的保守性设计引物,构建文库,进行高通量(Illumina)测序,获得10 G的数据,并对数据进行统计,聚类分析。结果以pH 3.0处理的小鼠肠道微生物丰富度适中,稳定性高。结论在规模化饲养条件下,选取pH 3.0饮用水小鼠能较长时间维持肠道微生物多样性,稳定性达到一个平台。本研究为长期稳定维持动物质量的生产实践提供了理论与技术支持,也是胃肠道宏基因组学技术在动物质量控制领域的一个具体应用。

摘要：为了建立一种简便、快速、灵敏、特异的副猪嗜血杆菌(Hps)检测方法,以Hps的16S rrna保守区域片段为靶序列,选择6个特异性区域,设计4条特异性引物F3、B3、FIP和BIP。经优化反应体系、检测灵敏性和特异性,建立Hps的环介导等温扩增(LAMP)快速检测方法。研究结果表明:该方法的最优反应体系是引物c(F3)∶c(FIP)或c(B3)∶c(BIP)为1∶4、Mg^(2+)浓度为2 mmol/L、d NTPs浓度为6 mmol/L,最低检出量为0.241pg/μL DNA。该方法灵敏度是PCR法的100倍,且能够特异性检测出Hps,不能检测出猪链球菌、沙门氏菌、大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、胸膜肺炎放线杆菌和金黄色葡萄球菌。

摘要：目的　为提高临床微生物的检测速度和准确性 ,建立一次实验就能检测出一个样品中多个目标的方法。方法　利用生物信息学手段设计 16种常见临床细菌的寡核苷酸探针 ,对 16种临床常见微生物进行检测。结果　建立以 16SrDNA为对象的基因芯片检测方法。利用寡核苷酸探针芯片对 16种临床常见细菌进行检测的结果证明 ,大部分的细菌都可以由 4条探针确定到种的位置。纯细菌菌液最低可以检测到 2 0 0 (铜绿假单胞菌 )到 2 35 (金黄色葡萄球菌 )个细胞。血液模拟标本只能得到 2 0 0 0到 2 35 0 0个细胞。染色体系列稀释灵敏度实验表明基因芯片检测比PCR -电泳灵敏 10倍。混合标本盲测实验结果表明 ,样品中如果存在一个以上的待测对象也可以检测出来。结论　利用寡核苷酸为探针的基因芯片检测系统具有一定的种属鉴别能力 ,可以将本实验中提及的大部分细菌区分到种的位置。整个检测过程大约需要 4 5h。

摘要：为筛选出检测猪支原体更为特异、敏感的PCR检测方法,本试验分别以16S rrna、50S rrna和膜蛋白OxaA为靶基因进行PCR检测,并从其敏感性、特异性和临床样本检出率等方面进行了比较。结果显示,以膜蛋白OxaA和16S rrna为靶基因的PCR方法敏感性最高,最小检测DNA量为1.86 fg/μL,而以50S rrna为靶基因的PCR方法最小检测DNA量为18.6 fg/μL;3种靶基因引物均扩增不出大肠杆菌、猪链球菌、猪肺炎支原体、牛附红细胞体等基因片段,具有较好的特异性;通过对临床60份血液样本的检测结果表明,以膜蛋白OxaA基因设计的引物检出率最高,为25%(15/60),明显高于16S rrna基因的21.6%(13/60)和50S rrna基因的18.3%(11/60)。本试验为猪支原体病的诊断及流行病学调查提供了更为敏感、特异的检测技术。

摘要：为快速检测污染鸡蛋的致病菌,实验从鸡蛋蛋体表面得到2株菌X1、X2,结合16S r RNA克隆及质粒测序分子方法对2株菌分类分析,发现2株菌X1和X2分别为:蜡样芽孢杆菌Bacillus cereus NC7401(AP007209)、金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus(AP003088)。针对两种菌的nhe、nuc基因具有较强的保守性,设计2套环介导等温扩增(LAMP)引物。先进行反应体系优化,得到25μL LAMP反应体系最适温度为60℃、最适Mg SO4添加量为1.5μL,引物最适量为2.0μL。再进行二重LAMP鉴定2株污染鸡蛋的致病菌,发现目的菌X1和X2的特异性扩增结果为阳性,其他9株非目的菌扩增结果为阴性,其灵敏度检测限达10 fg/μL。此二重LAMP检测法有快速、特异、灵敏的特点,可快速检测食源性致病菌。

摘要：[目的]建立一种快速准确定量检测副猪嗜血杆菌(HPS)的检测方法。[方法]根据GenBank公布的副猪嗜血杆菌16 S rrna基因序列,选择其保守区域设计1对特异性引物。通过优化引物浓度和退火温度,建立快速定量检测副猪嗜血杆菌的实时荧光PCR方法,并评价了其特异性和稳定性。[结果]建立的实时荧光PCR方法最低检测限是50拷贝/μl,重复性好,变异系数均小于2%。该方法特异性强,只能检测副猪嗜血杆菌,不能检测到猪链球菌2型、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌DH5α和猪伤寒沙门氏菌。采用该方法对10份临床疑似HPS感染样本进行检测,其结果与细菌分离培养和常规PCR的结果一致。[结论]建立的实时荧光PCR方法快速、灵敏、特异、重复性高,可用于HPS感染的临床快速检测。

摘要：目的建立16Srrna基因荧光定量PCR方法检测心血管病患者术后血流感染的诊断技术,以提高临床细菌检测的准确性及敏感性,缩短检测细菌的时间。方法 2010年4月-2012年3月医院对411例术后疑为血流感染的标本进行常规血液培养,同时进行细菌16Srrna基因的检测,包括DNA提取、设计引物和探针、聚合酶链反应(PCR)扩增及对扩增产物荧光定量检测,比较二者的诊断阳性率、敏感性和特异性,数据采用SPSS11.0软件进行统计分析。结果荧光定量PCR方法检测血流感染的阳性患者182例,阳性率为44.3%,明显高于血液培养的15.6%,差异有统计学意义(P<0.01);若以血液培养阳性和(或)临床诊断血流感染的标准作为对照,PCR的诊断敏感性为87.9%、诊断特异性为90.6%。结论荧光定量16Srrna基因检测的阳性率远高于血液培养,可为心血管病患者术后血流感染提供早期、敏感的病原学诊断依据。

摘要：为进一步鉴定、分析和评价分离于鸡粪便的13株芽胞杆菌,根据枯草芽胞杆菌16Srrna序列设计特异性引物,PCR扩增13株分离于鸡粪便的芽胞杆菌,将扩增片段测序并分析同源性;将鉴定的枯草芽胞杆菌进行耐酸、耐胆盐、耐高温等试验,同时用不同剂量菌液分别以不同方式感染小鼠,定期称重、观察各脏器病理变化和计算主要脏器系数。结果显示,Q04、Q05、Q09与GenBank公布的枯草芽胞杆菌16S rrna序列同源性为99%,且Q04在pH2.5,胆盐浓度2g/L以及100℃时生长良好;感染小鼠全部健康存活,体重均有增加;小鼠脏器无病变,脏器系数无显著差异(P>0.05)。由结果可知,分离鉴定菌株Q04、Q05、Q09为枯草芽胞杆菌,其中Q04具有更好的生物学特性,并且对小鼠安全无毒,可作为微生态制剂的候选菌株。

摘要：目的设计23S rrna通用引物并将其用于气性坏疽快速检测基因芯片。方法 (1)设计23S rrna通用引物,并对气性坏疽的主要致病菌进行聚合酶链反应(PCR)扩增。(2)对外伤感染中常见其他微生物进行检测。(3)测定该通用引物PCR的灵敏度。结果 (1)设计出1对23S rrna通用引物,该通用引物对气性坏疽主要病原菌都能进行扩增。(2)该通用引物PCR对外伤感染中常见非梭菌微生物都不扩增。(3)该通用引物PCR的最高灵敏度为1×103cfu/mL(产气荚膜梭菌)。结论设计出了1对23S rrna通用引物,能够满足气性坏疽快速检测基因芯片的要求。