摘要：旨在建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量检测方法。本研究根据GenBank登录的PEDV(MK862249.1)M基因序列保守区设计合成特异性引物对和探针;通过对反应体系和反应条件的优化,成功建立了可用于检测PEDV的荧光定量PCR(fluorescent quantitative real-time PCR,FQ-PCR)方法,将自行建立的FQ-PCR方法的引物对/探针用来确定ddPCR方法;对ddPCR方法进行敏感性、特异性、重复性和初步应用试验。结果显示:自行建立的FQ-PCR方法在敏感性、重复性等方面均优于行标FQ-PCR方法;根据自行设计的FQ-PCR方法建立的ddPCR方法最低检测极限为0.15 copies·μL^(-1),敏感性高于行业标准(SN/T 1699—2017)FQ-PCR方法(1.0×10^(1)copies·μL^(-1));模板浓度为1.0×10^(0)~1.0×10^(4)copies·μL^(-1)时,具有良好的线性关系(R 2>0.99);批内、批间变异系数(CV%)为1.52%~7.40%;对猪丁型冠状病毒、猪伪狂犬病毒等11种对照病毒核酸检测结果均为阴性;分别用建立的ddPCR方法、行业标准FQ-PCR方法对150份临床样品进行PEDV核酸检测,ddPCR方法对行业标准FQ-PCR方法检测阳性样品的检测符合率为10^(0)%。本研究成功建立的PEDV ddPCR检测方法可用于临床上PEDV感染的早期检测和定量检测,为PEDV核酸标准物质的研制提供了定量手段。

摘要：为了建立可绝对定量狂犬病病毒(RABV)的微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,本试验根据RABV基因组起始区域设计引物和探针,继而优化引物和探针浓度以及退火温度,并对建立的ddPCR方法的灵敏度、特异性和重复性进行分析。结果显示:ddPCR方法的最佳引物和探针浓度分别为900 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为55℃;ddPCR方法的标准曲线相关系数(R~2)为0.999,呈现良好的线性关系;灵敏度高,最低可检测到3.37 copies/μL;特异性良好,与常见犬病原无交叉反应;重复性好,检测结果稳定。临床样品的检测结果显示,本试验建立的狂犬病病毒ddPCR方法与实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)方法的符合率为100%。结果表明,本试验建立的狂犬病病毒微滴式数字PCR方法灵敏度高、特异性强,可用于狂犬病病毒的绝对定量检测。

摘要：为灵敏、快速检测猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV),根据PDCoVM基因保守区域设计引物和探针,建立了一种PDCoV实时荧光RT-PCR检测方法,并评价了该方法的特异性、灵敏性和重复性。结果显示,该方法的拷贝数对数值与Ct值在1.3×10^(3)-1.3×10^(7) copies/μL拷贝数浓度范围内呈现良好的线性关系,R^(2)=0.994;最低检出限为13 copies/μL,且无非特异性扩增;批内和批间重复性试验变异系数(CV)为0.24%~2.15%,均小于3%。利用该方法和普通RT-PCR对42份临床样品同时进行检测,发现本方法比普通RT-PCR灵敏性更高,二者符合率为95.2%。以上结果表明,本试验建立的实时荧光RT-PCR方法灵敏、特异、可靠,可用于PDCoV的临床检测和流行病学调查。

摘要：【目的】基于双分子荧光互补(Bimolecular fluorescence complementation, BiFC)技术研究依据猪流行性腹泻病毒(PEDV)S蛋白受体结合位点肽段的靶标肽与互补肽在活细胞内的相互作用关系以及定位情况,为进一步利用该多肽进行猪流行性腹泻病毒的检测积累前期基础和提供理论支撑。【方法】依据靶标蛋白的氨基酸组成、所带电荷种类、形成分子间氢键的能力、极性的强弱、疏水性能等理化特性设计出靶标肽;根据靶标蛋白的氨基酸组成,设计出在理论上与其相互作用的互补肽,并利用生物信息学工具对靶标肽与互补肽进行预测分析;将靶标肽与互补肽的核苷酸序列分别插入EcoRΙ/XhoΙ双酶切后的pBiFC-VC155与NotΙ/SalΙ双酶切后的pBiFC-VN173载体中,构建出BiFC真核表达载体,经酶切及测序验证正确后转染Vero细胞来研究靶标肽与互补肽的互作关系以及形成的BiFC复合物在细胞内的精确定位。【结果】生物信息学分析表明靶标肽和互补肽分别带有亲水性和疏水性结构域,亲水性结构域都带有正负电荷,能够产生静电引力;酶切鉴定和测序结果表明成功构建了pBiFC-VC155-靶标肽和pBiFC-VN173-互补肽真核表达质粒;细胞转染试验表明重组质粒共同转染后靶标肽和互补肽能够在Vero细胞内形成BiFC复合物,表明两者发生了相互作用;间接免疫荧光试验证实该BiFC复合物主要分布于细胞核中。【结论】研究证实了基于猪流行性腹泻病毒S蛋白受体结合位点肽段设计的多肽能够在活细胞内发生相互作用,表明该肽段用于检测的可行性。

摘要：目的为了解CAV2-ΔE3-CGS口服疫苗免疫后排毒情况和掌握犬腺病毒(CAV)感染本底情况,研究建立狂犬病病毒和犬2型腺病毒双重荧光定量PCR检测方法。方法针对CAV2-ΔE3-CGS中犬2型腺病毒E1基因和狂犬病病毒G基因设计特异性引物和探针,建立检测CAV2-ΔE3-CGS的双重荧光定量PCR检测方法,并对实验动物场和犬类留验场流浪犬口鼻拭子和环境样本进行了检测。结果该方法生成的标准曲线分别为Y=-3.351×logX+44.895,R^(2)为0.999和Y=-3.413×logX+45.192,R^(2)为0.996,线性关系良好,最低检测线都为102拷贝/μL。在实验动物场流浪犬和环境中未检测到CAV2-ΔE3-CGS;在犬类留验场流浪犬中检测到CAV感染,其中口鼻拭子阳性率为5.88%(5/85),肛拭子阳性率为8.24%(7/85),环境样本阳性率为4.00%(1/25)。结论研究建立的双重荧光定量PCR检测方法适用于CAV2-ΔE3-CGS排毒情况排查和CAV感染调查。研究表明CAV2-ΔE3-CGS免疫后未检测到排毒,上海市流浪犬CAV感染率较低,因此符合CAV2-ΔE3-CGS的口服免疫要求。

摘要：猫传染性鼻气管炎(FIR)病毒是引起猫传染性鼻气管炎的病原,属于猫疱疹病毒1型(FHV-1)。选择FHV-1 gD基因设计1对引物FHV-1F、FHV-1R和探针FHV-1Probe,建立FHV-1实时荧光定量PCR检测方法。结果表明,该方法可以特异地检测出FHV-1的DNA,敏感性达到75fg/μL,反应效率达到107%,R2值为0.9965,Ct值的变异系数低于2%。FHV-1实时荧光定量PCR检测方法敏感性高于普通PCR,特异性好、稳定性好,适用于FHV-1的临床诊断、检测和流行病学调查。利用该方法对上海地区宠物门诊送检的疑似FHV-1感染的样品进行检测,其阳性率达到27.78%,表明上海地区宠物猫FHV-1的发病率处于较高水平。

摘要：为了解上海地区猪红斑丹毒丝菌在健康猪群中的带菌状况,本试验选择上海地区标准化屠宰场的上市猪为研究对象,采集鼻拭子、肺脏、扁桃体和下颌淋巴结等样本,进行猪红斑丹毒丝菌的分离,采用VITEK 2Compact系统和VITEK MS快速鉴定系统进行鉴定,并设计1对16SrRNA基因引物,对分离菌株进行PCR扩增,随机选取16株分离菌进行测序及16SrRNA同源性分析。结果显示,49.07%(105/214)的样本中分离到猪红斑丹毒丝菌,分离菌株同参考菌株及疫苗株之间16SrRNA同源性为99.6%~100.0%。本试验结果表明上海地区猪群中确实存在猪红斑丹毒丝菌的健康带菌状况。

摘要：选择猪圆环病毒2型(PCV-2)基因保守区设计1对引物P1和P2,扩增536 bp的片段,该方法可以特异地检测出PCV-2的DNA,而对猪细小病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒及未接PCV-2的PK-15细胞均呈阴性;该法能检测出29 ng/L的病毒DNA。对扩增片段进行测序,结果表明扩增片段属于PCV-2。应用该方法对2008年度上海及周边地区送检的91份临床样本进行了PCV-2的检测,结果表明,阳性样本为52份,阳性率为57.14%。研究结果表明,建立的PCR方法检测PCV-2具有较好的敏感性和特异性,可用于PCV-2感染疑似病例的诊断及其分子流行病学调查。

摘要：目的:使用脓肿分枝杆菌启动子构建抗生素生物传感器。方法:通过使用来自于脓肿分枝杆菌(Mycobacterium abscessus)ATCC19977与头孢西丁耐药的相关基因MAB_2622C和MAB_1858的启动子,以驱动eGFP和lacZ报道基因,构建针对头孢西丁特异性响应的抗生素生物传感器。结果:该抗生素生物传感器可以对1/32最小抑菌浓度有响应,并且随着抗生素浓度越高,lacZ显色越快,吸光度值越低。结论:本实验中的新式传感器具有容易观察、特异性强、灵敏度高等特点,有助于为后续解析分枝杆菌耐药信号通路等分子机制及设计其他新的特异性抗生素传感器提供思路。

摘要：为提高农产品质量安全检测机构实验室环境监控的智能化与信息化水平,本研究基于物联网技术,设计了一套智慧冷链监测系统。该系统以SMT32为主控模块,通过温湿度传感器、数据接收器等获取环境温湿度数据,并通过信息网络与平台对接,实现数据的实时追踪和异常预警。本研究设计的系统,在上海市农产品质量安全中心进行了应用,实现了实验室环境、冰箱的动态监测和超温报警,并通过大屏展示实现了可视化和趋势化导览,有效提升了实验室管理水平和效率,为实验室产生结果偏差后追溯环境条件的影响起到了重要作用。同时,该系统的应用减轻了人工记录大量温湿度数据的工作量,有效避免了试剂、标准品、样品等长期存放于异常状态对检测结果的影响,以及仪器设备长期处于异常环境下对设备的损坏,在人力成本、质量管理、材料损耗、设备维护等方面均具有显著效益。