摘要：在一种使用凝胶微球芯片新技术进行基因突变分析的生物学方法中,芯片上红绿两种颜色微球个数的比例代表了正常基因与突变基因的比例。针对微球芯片扫描的图像,发展一种新的方法对图像进行处理和分析,自动识别不同颜色的微球,得到分别代表野生型和突变型的红色微球和绿色微球的各自个数,并开发了相应软件。取单色通道,然后灰度化,使用迭代法和大津法进行二值化的阈值选取,再用中值滤波算法进行噪声杂点消除,最后进行信号点识别及计数。通过对扫描图像的人工计数和软件计数结果的对比,新的方法相对于人工计数结果的偏差率小于10%。实践表明,新方法在处理和分析微球芯片图像时,目标识别结果达到要求,相应软件已在大肠癌早期诊断的生物学研究中应用,提高了分析效率。

摘要：目的应用双色荧光杂交芯片技术检测CYP2C19单核苷酸多态性,为相关研究提供方法和依据。方法设计丙烯酰胺标记引物,以87位中国江苏地区汉族健康志愿者的基因组DNA为模板进行目标序列的PCR扩增,并将产物固定于氨基玻片上,变性后再与荧光标记的寡核苷酸探针进行杂交,通过基因芯片扫描仪检测荧光信号,判断CYP2C19基因型,并采用DNA直接测序法验证结果。结果所有芯片法检测结果均经DNA直接测序验证,2种方法分型结果完全一致。87位志愿者中CYP2C19*2和CYP2C19*3的发生频率分别为9%和42%,其中CYP2C19弱代谢者(CYP2C19*2/*3、*3/*3)的发生频率为8%。结论双色荧光杂交芯片技术检测CYP2C19单核苷酸多态性特异性高,其高通量特点适用于大规模人群的检测。

摘要：目的检测胃癌细胞株中二氢嘧啶脱氢酶(DPYD)、亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因的单核苷酸多态性(SNPs)。方法采用QIAamp DNA Blood Mini kit提取BGC-823、SGC-7901、MKN-28、AGS及MCG五种胃癌细胞株基因组DNA,设计引物,PCR扩增相应目的片段,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术进行DPYD基因rs1801159、rs1801160、rs17376848及MTHFR基因rs1801131r、s1801133r、s2274976的SNPs位点检测。结果 AGS细胞株DPYD基因rs1801159位点基因型为G/A,其余细胞株该位点均为A/A纯合子;五种细胞株DPYD基因rs1801160及rs17376848位点基因型分别为G/G及A/A。AGS细胞株MTHFR基因rs1801131位点为A/C杂合子,其余细胞株该位点均为A/A纯合子;AGS细胞株MTHFR基因rs1801133位点基因型为C/C,其余细胞株该位点均为C/T杂合子;五种细胞株MTHFR基因rs2274976位点均为G/G纯合子。结论 AGS细胞株DPYD基因rs1801159位点及MTHFR基因rs1801131、rs1801133位点与其余四种细胞株不同,五种胃癌细胞株其它所测位点基因型相同。

摘要：通过荧光光谱法,研究了在模拟生理条件下,二茂铁-碳硼烷衍生物(FcSB1,FcSB2和FcSBCO)、芳烃钌(Ⅱ)-碳硼烷衍生物(RuBFc和RuBCOOH)与牛血清白蛋白(BSA)之间的相互作用。结果表明,五种碳硼烷衍生物与BSA形成非荧光性复合物而猝灭了BSA的荧光。二茂铁-碳硼烷衍生物FcSB1,FcSB2和FcSBCO显著地影响BSA的构象,使BSA的三级结构变得更紧凑,并显著使酪氨酸残基附近微环境的极性(位于ⅠA,ⅠB和ⅡA结构域)降低,疏水性增强。而芳烃钌(Ⅱ)-碳硼烷衍生物RuBFc和RuBCOOH对BSA构象的影响小于二茂铁-碳硼烷衍生物。揭示了新型金属碳硼烷衍生物对蛋白结构和构象的影响,为含碳硼烷、二茂铁等多功能基团的新型药物的设计与筛选提供一定的实验依据。

摘要：目的探讨色氨酸羟化酶2(TPH2)基因的单核苷酸多态性(SNP)位点rs11178997和rs4570625多态性与注意缺陷多动障碍(ADHD)之间的关系。方法根据美国《精神障碍诊断与统计手册》4版中ADHD诊断标准,选择45例ADHD患儿和90例健康儿童分别作为研究组和对照组。优化基因芯片杂交技术,设计并合成2个突变位点rs4570625和rs11178997的探针和2对丙烯酰胺标记的引物;样本经PCR扩增后,采用丙烯酰胺点样液制备芯片,并与TEMED反应固定芯片;分别用探针与芯片杂交,采用扫描仪分析研究组和对照组儿童的TPH2的SNPs多态性位点rs4570625和rs11178997的基因型频率。结果研究组TPH2基因SNP位点rs4570625的T/T基因型频率明显多于对照组[χ2=4.688P=0.030,OR(T/T)=2.333,95%CI1.074～5.071];研究组TPH2基因SNP位点的T等位基因频率明显高于对照组[P=0.031,OR(T)=1.761,95%CI1.050～2.952]。研究组TPH2基因的SNP位点rs11178997的A/T基因型频率明显多于对照组[χ2=3.888P=0.049,OR(A/T)=2.129,95%CI0.998～4.542],2组基因型A/A和T/T频率分布差异无统计学意义;2组的等位基因频率差异均无统计学意义。研究组TPH2基因SNP位点rs11178997和rs4570625位点AT-TT联合型频率高于对照组,2组比较有统计学差异[χ2=3.985P=0.046,OR(AT-TT)=3.027,95%CI0.981～9.342]。结论rs4570625基因型纯合子T/T与ADHD可能相关,rs4570625的T等位基因可能是ADHD的易感基因。rs11178997和rs4570625位点基因型AT-TT联合型可能增加了ADHD的患病风险。