摘要：利用病原菌序列差异,对病原菌特定基因和位点进行检测,可以快速发现和鉴别病原菌的分类和特征,对传染病快速诊断和溯源具有基础性意义和重要价值.本文旨在覆盖中国重要传染病的103种病原菌,寻找各分类阶元中特有的同源基因,并从中挑选出适合用于病原菌鉴定、分型的候选基因.利用生物信息学和基因组学方法,对已有全基因组序列的275株病原菌的836415个基因进行比对分析,进一步明确菌株的门、纲、目、科、属各分类阶元中特有的同源基因集合;通过COG功能分类方法,对同源基因集合进行功能注释,并分析在不同分类阶元内的保守基因功能的变化规律.本研究寻找到适合鉴定和分型的不同分类阶元(门、纲、目、科、属)的同源基因集合共19563个(门2891个、纲1016个、目3601个、科10130个、属1925个).对同源基因功能的分析表明,适合对病原菌进行鉴定的基因在不同分类阶元中,表现的功能存在较大差异.革兰氏阳性和阴性病原菌在不同分类阶元中,同源基因表现出的功能也存在差异.该结果将为对在中国广泛存在的病原菌进行检测所涉及的探针、芯片设计提供理论依据,加快目标探针的筛选工作.同时,研究也是首次将世界范围内的全基因组数据和中国重大传染病涉及的病原菌紧密联系结合,为利用功能基因组学开展区域性、有针对性的病原检测和监测,提供候选基因和位点筛选的新方法.相关结果在细菌的元基因组学研究中也具有一定的应用价值.

摘要：目的明确卡介苗群体内在Rv1985c和Rv1986两个位点上的遗传差异。方法基于结核分枝杆菌设计引物,针对21株卡介苗标准株和临床株进行Rv1985c和Rv1986两个位点的PCR鉴定,鉴定基因的缺失情况。结果 21株卡介苗中10株缺失Rv1985c基因,11株缺失Rv1986基因。结论卡介苗中部分菌株中两个基因位点的缺失,为今后的疫苗改造提供了备选位点,同时本研究中所建立的PCR方法也可以在临床上用于部分卡介苗菌株与结核分枝杆菌的快速鉴别。

摘要：利用前期研究获得的病原菌各分类水平特有同源基因,构建了病原菌特异基因数据库,采用四层架构模型和单向依赖结构构建了在线展示及查询系统,为科研工作者提供了病原菌特异基因基础数据。可通过简洁直观的方式进行查询和展示,为分型位点筛选、检测芯片设计、核心基因组研究等工作提供相应位点选择依据,为病原菌相关研究工作提供了便捷工具,可加快相关病原菌检测和分型方法的建立。在目前新型病原菌不断出现、治疗愈加困难等越来越严峻的传染病预防控制形势下,具有重要应用价值和现实意义。

摘要：目的基于浏览器/服务器模式构建微生物在线生物信息分析系统,应用于传染病预防控制工作。方法将目前在传染病病原微生物研究和传染病分子诊断、溯源中常用的基于客户端/服务器模式的一些开源的或免费提供使用的分析软件,采用远程桌面、分布式处理等"云计算"技术方案,构建成不需要在本地安装,以浏览器/服务器模式直接通过浏览器以点鼠标的方式使用的微生物在线生物信息分析系统。结果构建了包含引物设计、序列比对和进化树构建、数据统计、图形展示四类共15种常用生物信息分析功能的微生物在线生物信息分析系统,实现了通过浏览器进行病原微生物序列数据在线分析及疫情溯源。结论通过构建基于浏览器/服务器模式的微生物在线生物信息分析系统,可为疾病预防控制工作者提供方便快捷的生物信息分析服务,加快病原微生物序列数据的深度挖掘和疫情溯源,提高应对突发疫情的反应速度。

摘要：目的利用且兼并简化现有16S rDNA基础数据库,建立可用于传染病预防控制及感染性疾病的临床诊疗的细菌快速分类的核糖体基因数据库,构建快速鉴定在线分析平台。方法收集整理已有的包括RDP、GenBank、SILVA、HOMD等国际公认、公开的16S rDNA数据库,进行整理、筛选和去冗余,重新构建16S rDNA数据库。利用生物信息学构建自动化分析流程,并利用先进的web 2.0、JAVAEE等技术开发设计数据库系统及网站,构建了自动化的在线细菌分类鉴定平台。结果通过核酸序列比较,将已公布的1 450 265条16S rDNA序列简化为具有代表性的96 138条序列,并构建了序列数据库。结合序列比较、序列聚类等生物信息方法,建立了基于web的快速检索系统(http://***)。结论通过构建基于16S rDNA序列的细菌分类鉴定在线分析平台,具有快速、简单、明确的特征,能够对病原菌进行快速、准确的分类学鉴定,有效提高传染病预防控制和感染性疾病临床诊疗中的病原菌鉴定和疫情溯源的速度,为及时实施有效治疗和控制措施赢得时间。