摘要：由于传统的比较分子场分析(CoMFA)方法本身存在一些缺陷,使得分子的叠合规则以及叠合分子的空间取向和空间位置等因素对q^2的影响很大,因此相继提出了几种改进的CoMFA方法.为了优化CoMFA结果,应用传统的CoMFA方法和交叉验证的R^2引导的区域选择法(q^2-GRS)、全取向搜索法(AOS)、全空间搜索法(APS)以及比较分子相似性指数(CoMSIA)等四种改进的CoMFA方法,对18个pinusolide类衍生物这类新发现的血小板活化因子(PAF)拮抗剂进行了比较研究.结果表明四种改进的CoMFA方法得到的q^2值均比传统CoMFA的高.q^2-GRS方法得到的q^2值有所提高,但综合结果并不理想,AOS与APS得到的q^2较为理想,而在CoMSIA中,q^2几乎不受空间取向或空间位置的影响.同时我们引入基于样本的偏最小二乘法(SAMPLS)取代原AOS/APS程序中的传统PLS进行统计分析,明显提高了其运行速度.最后,根据q^2最高的CoMFA模型和CoMSIA模型设计了几个预测活性更高的pinusolide类似物.

摘要：乙酰乳酸合成酶(ALS)或乙酰羟酸合成酶(AHAS)存在于植物的生长过程中,很多此类酶的抑制剂实际上作为除草剂被广泛用于农业生产中.生物活性测试结果表明,2-嘧啶氧基-N-芳基苄胺类化合物对ALS具有一定的抑制活性.在此基础上,我们用两种三维定量构效关系(3D-QSAR)研究方法:比较分子立场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA),对该类化合物进行了3D-QSAR研究,并建立了相关的预测模型.其中,CoMFA模型的交叉验证相关系数(rcv2)为0.801,非交叉验证相关系数(r2)为0.947,标准偏差(s)为0.136,F值为***模型的rcv2为0.744,r2为0.883,s为0.202,F值为56.472.计算结果表明,2-嘧啶氧基-N-芳基苄胺类化合物与ALS抑制活性有一定的相关性.获得的CoMFA和CoMSIA模型,将应用于指导该类化合物的设计.

摘要：采用虚拟化合物生成法对抗肿瘤的苯丙素甙 (PPGs)类化合物进行了配体受体对接研究 .以三种不同的骨架结构为基础分别生成了五十个虚拟苯丙素甙 (PPGs)类化合物 ,并将它们与端粒DNA受体进行分子对接 ,分析已知结构的对接结果 ,通过虚拟筛选的方法得到了一批与受体相互作用能较高并且复合物能量较低的新的有潜力的活性化合物 .该方法可以弥补分子对接研究中 ,只能计算药物与受体的相互作用 ,无法有效设计新化合物的不足 .

摘要：α-天花粉磺白(α-Trichosanthin,缩写α-TCS),通常称之为天花粉蛋白,是从葫芦科植物栝楼(Trichosanthes kirilowii Maxim)块根中分离纯化的一种用于中期引产、抗早孕和治疗滋养层恶性肿瘤的活性蛋白。分子生物学研究指出α-TCS属于Ⅰ型核糖体失活蛋白,它对真核细胞的28S rRNA的4324位腺嘌呤N-糖苷键有特异的酶切活力,从而损及蛋白质生物合成的肽链延伸因子EF2与60S核糖体亚基间的相互作用,最终导致蛋白质合成的中断。