摘要：结构域是蛋白质的一个结构层次 ,可以看作是蛋白质结构、折叠、功能、进化和设计的基本单位。大多数的蛋白质都可分为若干个结构域 ,结构域的不同组合使蛋白质具有不同的三级结构并具有不同的功能。蛋白质结构域的划分在理论与应用上都具有重要意义 ,但目前对结构域的划分还没有一个十分理想的方法。作者曾经发展了一种通过计算去折叠自由能划分蛋白质结构域的方法 ,但该方法只适用于连续双结构域的划分。现在 ,作者通过构造氨基酸残基相互作用矩阵 ,并进行对应分析 (correspondenceanalysis) ,然后根据去折叠自由能和一些经验打分函数对蛋白质进行切割和优选 ,发展了可以同时处理连续和不连续结构域的划分方法。该方法与晶体结构作者手工分析相比较 ,二者的结果有 76 %的相似。

摘要：乙型肝炎病毒 (HBV)C基因区的 3′端序列在HBV各亚型中是高度保守的 ,它编码的多肽链都富含精氨酸 ,同时与前基因组RNA的包装和病毒DNA的复制有关。因此 ,HBV中C基因的 3′端保守区是核酶介导的抗病毒研究的理想靶位点。针对上述位点设计了锤头状核酶RzC ,同时作为对照 ,设计了相应的突变型核酶dRzC。HepG2 .2 .15细胞系是由头尾相接的HBVayw亚型基因组转染肝癌细胞系HepG2而建立的一株能稳定分泌HBV各种抗原和完整病毒颗粒的细胞系。因而用HepG2 .2 .15细胞进行核酶的抗病毒研究更接近于疾病的治疗过程。为此 ,把体外转录的核酶RzC和dRzC以及核酶表达载体pCRzC和 pCdRzC直接转染HepG2 .2 .15细胞。初步结果表明 ,体外转录的核酶RzC对HBV复制的抑制很弱 ,这可能是由于核酶在细胞内快速被RNA酶降解造成的 ;而通过内源性传递产生的核酶RzC能够明显地抑制HBV的复制。结果说明 ,锤头状核酶RzC在HepG2 .2 .15细胞内显示抗病毒感染的能力 ,有可能作为HBV基因治疗的一种手段

摘要：将仿蜘蛛牵丝基因s6 0 0克隆到GST融合蛋白表达质粒pGEX KG中 ,利用大肠杆菌表达系统表达并纯化了仿蜘蛛牵丝蛋白S6 0 0 ,以之作为抗原制备了兔抗血清。S6 0 0的氨基酸组分分析与理论值相吻合。蛋白质免疫印迹发现该抗血清能与天然蜘蛛丝反应 ,表明设计的仿蜘蛛丝与天然蜘蛛丝有相似的免疫原性。为了定量检测仿蜘蛛牵丝蛋白在转基因家蚕丝腺中 (或茧壳中 )的表达 ,建立了用ELISA方法定量检测茧壳中仿蜘蛛牵丝蛋白量的工作系统

摘要：许多重要的生物过程 ,如酶原激活、肽激素合成、病毒蛋白加工和受体成熟 ,均须蛋白质前体加工酶的剪切处理。因此 ,蛋白质前体加工酶可能是一种新药开发的对象。综合利用同源模建技术和序列的进化踪迹分析手段 ,研究了蛋白质前体加工酶furin/kexin与水蛭抑制剂 (eglinC)突变体的相互作用模式 ,阐释furin/kexin各个亚类的底物 /抑制剂特异性的共性和差异性的序列结构基础。在此基础上 ,利用界面再设计策略 (核心算法为异型自洽系综最优化 )进行了furin/kexin抑制剂的理性再设计。分别以模建的水蛭抑制剂 furin ,水蛭素 kex2复合物结构为模板 ,对水蛭抑制剂P1,P2 和P4 位置进行设计 ,计算结果显示这三个位置均是偏好碱性残基 ,与已有的实验结论一致。另外针对furin/kexin各亚类在S′端有较多的特异性残基位置这一特点 ,对抑制剂P′端的残基位置实施改造 ,设计furin和kex2的特异性更高的抑制剂。对于furin ,设计得到的最好突变体是P2 ′Glu P3′Asp P4 ′Arg ;而对于kex2 ,最好的突变体是P2 ′Arg P3′Arg P4 ′Glu ,结构分析显示furin和kex2与相应的水蛭抑制剂突变体形成不同的相互作用模式。这里我们给出了综合利用同源模建技术 ,序列的进化踪迹分析和理性再设计进行酶 抑制剂相互作用研究及抑制剂改

摘要：LPTS基因是利用定位候选克隆策略克隆的一个新的肝相关候选肿瘤抑制基因。LPTS基因编码一个全长为328氨基酸的蛋白质(LPTS-L),该蛋白具有抑制细胞端粒酶活性的功能。为了进一步研究LPTS-L蛋白的结构与功能,利用DNA重组技术,将LPTS-L的cDNA克隆到表达载体pET-24a中构建重组克隆pET-24-LPTS,并在大肠杆菌BL-21中进行融合表达,获得可溶形式的LPTS-L融合蛋白。采用Ni Sepharose4B柱亲和层析,可以获得纯度较高的蛋白,但不适合大量制备。通过设计引物去掉了pET-24a载体上的6×His tag将LPTS-L基因进行了非融合表达,然后采用磷酸纤维素P11阳离子交换层析纯化LPTS-L蛋白,纯度可达到55%。再经Sephadex G-100凝胶过滤,LPTS-L蛋白的纯度可达到80%。Western blot实验显示经纯化后的LPTS-L蛋白可与兔抗GST-LPTS-L的多抗发生特异性结合。采用TRAP法测定蛋白质活性,结果显示纯化得到的LPTS-L蛋白可抑制端粒酶的活性,与采用Ni Sepharose4B纯化获得的LPTS-L融合蛋白比较,其抑制效率基本一致。因此,所建立的技术可以有效地制备LPTS-L蛋白。

摘要：蛋白激酶在信号转导、基因转录和蛋白翻译等生物过程起关键性作用,因而与大量人类疾病密切相关。所以,蛋白激酶的抑制剂筛选是抗肿瘤药物开发的热点,正在向基于全激酶组的高通量多靶点筛选模式发展。为了降低大规模实验筛选的成本,提高成功率,本文构建人类蛋白激酶组的多靶点分子对接系统,对抑制剂-激酶组的相互作用进行预测。我们首先利用同源模建方法,对人类激酶组约500个激酶变异体的催化域进行结构建模;接着以催化域结构模型为受体,用已知激酶抑制剂进行分子对接,对抑制剂与各激酶变异体的结合亲和力进行了定量计算。结果显示,本文所建立的多靶点分子对接系统可以准确预测抑制剂与激酶变异体的相互作用,结合自由能的计算值与实验值有很强的相关性。所以,该分子对接系统可用于多靶点激酶抑制剂的计算筛选,为激酶抑制剂开发与抗肿瘤药物设计提供理论依据。

摘要：对新近分离的鹅副粘病毒SF0 2采用RT PCR方法 ,扩增F基因后测序 ,得到全长的F基因。该基因的ORF总长为 16 6 2nt,编码 5 5 3个氨基酸 ,其裂解位点的序列为112 R R Q K R F117,与新城疫病毒强毒株的特征相符。其核苷酸和氨基酸同源性分析 ,并与国内新城疫病毒标准强毒株F4 8E9相比较 ,表明该毒株在F基因上已发生了较大的变异 ,而与近年来在我国台湾和部分西欧国家流行的禽副粘病毒有很高的亲缘关系。在分析F基因序列的基础上 ,设计 3条引物 ,建立了一种新的多重RT PCR方法 ,能区分鸡新城疫病毒与鹅副粘病毒。

摘要：东方鲎C因子 (factorCfromTachypleustridentatus)是鲎血细胞中的一种对内毒素敏感的丝氨酸蛋白酶原 ,它与内毒素特异结合的特性 ,使之具有很大的应用价值。根据报道的C因子序列 ,设计了两对引物 ,以中国福建沿海的东方鲎 (Tachypleustridentatus)为材料抽提其血细胞总RNA ,首次用RT PCR的方法分两段扩增了鲎血中编码C因子蛋白的基因全序列。序列分析表明 ,得到的FC基因与文献报道的来自日本的东方鲎的FC有很高的同源性。将分段克隆得到的两段FC片段经相应酶切后 ,与含T7启动子的质粒 pET 2 8a(+)在一个体系中作连接反应 ,构建表达质粒pET2 8a FC ,转化大肠杆菌BL2 1(DE3) ,筛选表达菌株。表达菌株经 1mmol/LIPTG诱导表达 2 .5h后 ,收集菌体并超声破菌。经SDS PAGE分析表明 ,在 110kD左右处有明显的表达条带 ,大小与FC的计算分子量相吻合。但表达产物以包涵体形式存在。经洗涤与变复性后 ,重组FC在体外表现出明显的抑菌活性。同时蛋白质印迹实验也提示了在大肠杆菌中FC的单基因表达物可能发生部分自剪切反应 ,而形成了额外的免疫印迹条带

摘要：药物研制和开发的首要步骤是寻找和鉴定与生物靶分子高亲和力的配体化合物目前高通量筛选方法已得到广泛应用。随着核磁共振(nuclear magnetic resonance, NMR)技术和生物标记的发展，NMR技术已用于药物的筛选和设计领域。主要是NMR的参数众多，如化学位移、扩散系数、横向弛豫、NOE(转移NOE和NOE pumping)，这些参数都可用于配体化合物的筛选。另一特点是NMR能提供配体与靶蛋白结合的结构信息，有利于配体的设计。再是近代NMR技术的灵敏度提高和实验速度加快，结合组合化学的方法，每天能进行成千化合物的大规模筛选。本文着重介绍用~1H/~(15)N NMR化学位移法进行蛋白质抑制剂的筛选和先导药物的发现。

摘要：针对鹅副粘病毒SF0 2的F基因 ,设计了锤头状核酶RzF5 98,并插入真核细胞表达载体pcDNA3获得该核酶的转基因质粒pcDNA RzF5 98。以无核酶功能的突变体dRzF5 98和pcDNA3空质粒为对照 ,分析核酶对病毒繁殖的抑制作用。结果表明 ,RzF5 98不仅能在体外成功切割靶基因的mRNA ,还能有效抑制SF0 2在鸡胚成纤维细胞中的繁殖。转染pcDNA RzF5 98的鸡胚成纤维细胞经SF0 2感染后存活率可达 80 %左右 ,而未转染任何质粒的细胞和转染pcDNA3空质粒的细胞经SF0 2感染后存活率只有约 5 %。转染dRzF5 98的细胞对病毒也具有一定抗性 ,这可能是由于反义RNA的作用。