摘要：分子群体遗传学研究的特点是取样量大——存在于群体样本中的遗传变异必须要充分代表该群体和该物种的遗传变异量及分析的位点数多——位点样本必须恰当代表基因组。大样本的群体取样和位点取样产生大量的原始数据,使原始数据人工处理非常困难甚至不可能,从而迫切需要原始数据处理的自动化。目前一些大公司提供的凝胶图像收集仪器和配套的软件已经使原始数据的获取基本上自动化或半自动化。获得DNA片段分子量数据后,必须把这些分子量数据转变成可反映操作单位(样本)之间关系的数据矩阵,原来用于计算分子量的那些软件已不实用或派不上用场。目前,除了用于fAFLP的Binthere弥补了部分不足外,还没有此类软件。Binthere存在固定栏宽(Bin)的缺陷,也就是将分子量最大值与最小值之间等分的方法来归纳不同操作单位(OUT)之间的异同,使得分子量绝对值差很小的数据可能被归入不同的栏,导致结果不正确。为了解决这类问题,我们设计编写了一个新的软件,取名为Matrix Generator(MG)。与同类软件相比,MG具有两个主要优点:(1)采用动态栏宽和智能归并算法,克服了固定栏宽可能造成的错误;(2)可用于非荧光标记的分子标记技术。MG的基本思路是:分子量差异越小的片段,越可能是同缘片段,越应该处于相同的栏内。为此。

摘要：生命之树的概念源自1859年达尔文的《物种起源》,但利用分子数据重建植物生命之树的研究则在20世纪90年代才开始兴起。近年来,随着测序技术、分析方法和计算能力的快速发展,植物生命之树重建研究取得了显著成果。本文首先概述了当前以及未来很长一段时间内植物生命之树重建工作的重点,包括植物属级和种级水平的系统发育研究、植物系统发育基因组学研究、分子和形态数据联合分析、包括灭绝与现存植物类群的生命之树重建,以及超大植物生命之树重建等5个方面;然后简要概括国内植物生命之树重建研究的现状,指出了我国在植物生命之树重建领域发展中所存在的问题,并从"类群研究体系、学科评价体系、国家顶层设计,以及拓展国际合作"等方面对学科未来的发展提出了一些对策建议。

摘要：生命条形码和生命之树的研究与应用在近十年内备受关注,成为生命科学研究领域的两个热点。本文综述了生命条形码和生命之树的概念来源、研究现状、面临问题与解决方案,并对其发展前景进行了展望。生命之树概念的形成有着悠久的历史渊源,DNA条形码的提出和实施则只有十年的历史,两者均得益于测序技术和生物信息技术的蓬勃发展;但两者的目的不同,生命条形码技术旨在实现对物种的快速鉴定,而生命之树研究的主要目的则是重建生命世界的起源和进化历史以及各生物类群之间的亲缘关系,因此应根据两者不同的目标任务而采取相应的发展思路和顶层设计。本文针对目前生命条形码和生命之树研究领域遇到的瓶颈和问题进行了阐述,并提出了相应的解决方案。最后,作者建议我国学者抓住机遇,与多个领域的学者和工程技术人员广泛合作,推动DNA条形码鉴定技术和生命之树理论研究的快速发展。

摘要：地层孢粉数据是古植被和古气候重建等古环境研究的重要基础。孢粉数据库推动古环境研究从点到区域和全球尺度,从定性到定量,从而实现在大空间尺度和长时间序列上探索植被、气候和人类干扰的相互关系,以更好地理解地球系统的演变。该数据集整合了全国第四纪末期(5万年以来)共372个地层花粉序列,涵盖790个花粉类群,样点分布于中国30个省级行政区与领海。数据集包含地层花粉采样点的地名、经纬度坐标和海拔高度、数据来源、样品类型、沉积物长度、样品数量、测年方法及测年数量、时间跨度和参考文献,以及每个采样点的花粉含量百分比。数据主要来源于20世纪80年代至今。采样点集中分布在温带和亚热带森林、温带草原和荒漠以及青藏高原高寒植被区域;在深海到青藏高原不同海拔高度都有分布,但集中在海拔2000 m之下。按照数据来源区分,原始数据样点178个,占47.8%;数值化数据194个,占52.2%。按照样品类型分类,多数样点为湖泊样品(151个)、冲积物/洪积物样品(99个)与泥炭样品(67个),占总样点数的85.2%。年代测定的主要方法为放射性碳同位素手段(占样品总数的93.8%),大部分记录有2-10个测年数据。采样点的平均花粉类群数量是19个,以4-30个花粉类群的采样点最多。代表性花粉类群(松属(Pinus)、栎属(Quercus)、蒿属(Artemisia)、禾本科)含量的时空分布格局表明,从末次盛冰期到全新世,这些花粉科属的分布范围扩大,含量也增加,但分布区域具有分异。半个多世纪以来,孢粉学工作者建立中国大部分地区的地层花粉记录,为探究古环境演变及其气候变化、人类活动驱动机制奠定了重要的基础。

摘要：斑果藤族(Stixeae)和节蒴木属(Borthwickia)传统上被置于山柑科(Capparaceae),最近的分子和形态学证据均支持它们从山柑科中分离出来,节蒴木属已被提升为科,但斑果藤族的系统位置和分类地位尚不清楚。为解决斑果藤族的系统位置和分类地位,并进一步为节蒴木科的成立提供证据,对核心十字花目GRFT(Gyrostemonaceae-ResedaceaeForchhammeria-Tirania)分支,使用叶表皮等20个形态性状和5个DNA片段(mat K、rbc L、ndh F、trn L-F和ITS),用最大简约法(MP)和贝叶斯分析(BI)对形态及分子矩阵进行系统发育分析。结果高度支持斑果藤族的Neothorelia为GRFT分支成员;Neothorelia、Tirania和斑果藤属(Stixis)聚为一支,但Forchhammeria的位置尚不明确;形态及分子系统发育分析结果均支持节蒴木科成立。

摘要：为从鼠尾草属植物中鉴别丹参品种,采用基因测序方法,用核糖体核酸内转录间隔区基因(nrDNAITS),编码核蛋白体大亚基多肽L16的基因(rpl16)及叶绿体DNA上包含trnL以及trnL和trnF间隔区的区域基因(trnL-trnF)的序列,检测六种鼠尾草属新鲜植物。由于nrDNAITS和rpl16突变率较高,可以做为6种鼠尾草的基源鉴定标记,依此设计了两对特异引物,从6种鼠尾草中鉴定出丹参(Salvia miltiorrhi-za)和云南鼠尾草(S. yunnanensis)。但trnL-trnF突变率太低,未能用于鉴别。商品干燥中药材因加工和储藏的方式致使DNA降解严重,基因测序法难于应用。

摘要：用于牡丹品种鉴定的DNAISSR-PCR反应体系已经建立。利用DNAISSR分子标记分析少量牡丹品种时,容易获得各品种的特有ISSR标记。然而,中国牡丹品种约有1500个,在小批量品种范围内找到的品种特有ISSR标记有可能出现在其它品种中。因此,利用DNAISSR分子标记对数量庞大的中国牡丹品种进行区分和鉴定时,寻找品种特有标记成为突出的技术难题。标记是由引物通过PCR扩增产生的。因此,关键在于找到理想的ISSR引物。对已知的ISSR引物的筛选未获得良好的PCR扩增结果。报道牡丹鉴定用ISSR引物的设计与开发新途径。

摘要：以利用DNA ISSR分子标记逐级区分品种为主要研究目标,通过ISSR引物的设计与实验筛选,取得了进展。该方法类似于经典的植物形态检索表式的分类策略,不同之处在于利用基因组DNA分子性状作为品种分类的依据,即"ISSR引物结合位点"与"DNA ISSR片段长度差异"的组合信息。该方法不仅可以有效鉴定品种,而且可以很容易地生成富含遗传变异信息的0、1矩阵,通过运算揭示品种间的遗传关系与演化规律。该方法成本低廉、操作便捷,对于建立客观、科学的牡丹及芍药品种分类体系,对于芍药属品种种质资源的保存、评价与合理利用具有重要价值。应该加大支持力度推进其实际应用。

摘要：物种多样性的大尺度空间格局是宏观生态学和生物地理学研究的核心问题之一。本文利用中国裸子植物分布数据, 结合气候、地形等环境信息, 分析了中国裸子植物物种多样性的大尺度格局及其影响因素, 比较了不同类群之间物种多样性格局和主导因子的差异, 并探讨了裸子植物在植物区系中所占比重的地理格局。结果表明, 中国裸子植物的物种多样性总体上呈现南高北低的趋势, 物种多样性在横断山区最高。在裸子植物的三个主要类群中, 松柏亚纲的物种多样性格局与整体相似, 买麻藤亚纲的多样性高值区则出现在中国西北部的干旱地区, 苏铁亚纲的分布区较为狭窄, 主要集中在南方地区。线性回归分析结果表明, 空间异质性和降水因子对中国裸子植物多样性格局的解释率最高, 末次冰期以来的气温变化、海拔高差和能量因子次之。这表明中国裸子植物物种多样性的格局受到了多种因素的影响, 其中空间异质性和降水因子影响最大。进一步分析发现, 物种多样性格局的主导因子在不同类群之间具有显著差异, 这可能反映了这些类群的进化历史以及生理适应的差异。裸子植物与被子植物的比例具有明显的空间格局: 在东部、南部气候环境优越的地区, 裸子植物与被子植物的比例低于0.06; 而在西部、北部等气候环境比较恶劣的地区, 裸子植物的比例则显著上升。回归分析表明, 能量和水分因子显著影响了裸子植物与被子植物的比例。随着能量的降低和降水的减少, 裸子植物与被子植物的比例会显著升高, 这可能是由于被子植物在温暖湿润地区具有较强竞争优势, 但裸子植物对极端环境具有更好的适应。

摘要：为评价青梅苗木质量,应用相关分析确定苗高和地径作为青梅苗木分级指标,采用逐步聚类和平均值(M)±标准差(SD)法探究青梅苗木分级标准,比较分析2种方法各级别苗木的造林效果,从而确定适宜的分级方法和分级标准。结果表明,采用地径(D)、苗高(H)作为2年生青梅苗木分级指标是可行的;从各级别苗木比率以及造林效果分析,青梅苗木适宜采用平均值±标准差法进行苗木分级,其分级标准为Ⅰ级苗H≥45.3cm,D≥4.7mm;Ⅱ级苗21.8cm≤H<45.3cm,3.3mm≤D<4.7mm;Ⅲ级苗H<21.8cm,D<3.3mm。