摘要：本文报道用单链与PCR技术相结合的合成方法合成了胰蛋白酶抑制剂基因,包括氨基酸编码顺序、起始和终止密码子,上、下游两端的EcoR Ⅰ和Pst Ⅰ限性酶识别顺序等全长共248个碱基对。合成基因的编码是参考其它植物的蛋白酶抑制剂基因的同源编码和植物基因的偏爱密码子来进行设计的。合成的基因双链经限制酶EcoR Ⅰ和Pst Ⅰ在两端切出粘性末端后克隆到pUC19中,克隆基因结构的正确性经过限制酶图谱和DNA序列分析得到完全的证明。

摘要：参照文献上的2，5-二酮基-D-葡萄糖酸（简称2，5-DKG）还原酶II基因序列，合成两个引物序列并在两端加上EcoRI和BamHI两个酶切位点，抽提棒状杆菌SCB3058菌株的染色体为模板进行PCR反应，克隆得到2，5-DKG还原酶II基因，酶切验证与预期的结果相符合。将此片段克隆到pGEM-T载体上保存．将2，5-DKG还原酶II基因用EcoRI和BamHI内切酶切下，连接到pBV220载体上，构建成表达载体。42℃诱导不能得到稳定的蛋白表达条带和酶活力，测序发现基因的3’末端的原PCR引物外少合了一个碱基，终止密码子发生移码突变而消失。此外在5’端的启始密码子ATG前有三个碱基与pBV220载体上的SD序列发生配对。据此，重新设计和合成了PCR引物，并用pBV220和pBL4载体构建了两个表达载体。42℃诱导表达均得到了稳定的表达条带和较高的酶活力．

摘要：在SGI图形工作站上,用同源蛋白结构预测的方法,建立了2株中和性抗hTNFα小鼠单抗(1C3E6,3F6A10)可变区的三维结构模型;并在实验研究2株单抗表位特异性的基础上,根据2株单抗与hTNFα分子表面的形状、静电性、疏水性、氢键等性质,对2株单抗可变区与hTNFα分子的可能结合模式进行了模拟和分析。再根据结合模型,设计并制备了2个hTNFα突变体,然后从实验与计算机模拟两方面着手,对比研究了hTNFα突变前后与两株单抗的结合能力与结合方式的变化。对比研究结果支持了结合模型,该结合模型的建立,为下一步的抗体人源化或小分子化改造等打下了基础。

摘要：超分支滚环扩增技术 (Hyperbranchedrollingcycleamplification ,HRCA)在近几年中逐渐引起人们的注意 ,并越来越多的用于基础研究和实际检测中。在本文中我们对该技术在转基因植物检测中的应用情况作了较全面的探索 ;根据 4种转基因植物中常用的外源基因或DNA片段设计了 4条锁式探针 (Padlockprobe) ,利用质粒pKK2 32 8中的一段序列作为锁式探针中的共同连接部分 ,并根据该共同的连接部分序列设计一对通用的HRCA引物 ;利用同位素标记的锁式探针对HRCA反应中的连接一步的特异性研究表明 ,只有当锁式探针和相应的检测靶DNA同时存在于连接体系中时 ,锁式探针才能被有效地进行连接 ,从线性分子变为环型分子 ,在没有相应靶DNA存在时锁式探针仅以线性形式存在 ;连接时间的研究表明 ,如果所检测的靶DNA是质粒或较短的DNA片段时 ,较短的连接时间 (5～ 10min)就可以取得理想的最终检测效果 ,如果检测的靶DNA是复杂的植物基因组DNA时 ,连接时间需要较大程度的延长 (30～ 6 0min)才能取得理想的最终检测结果 ;HRCA的反应时间研究表明 ,较长的反应时间可以明显增加最终产物的量 ;对BstDNA聚合酶大片段酶用量的研究表明 ,在其它条件不变的情况下酶的用量可以在较大的范围内变化 (0 .5u～ 4u)而不影响最终检测结果 ;?

摘要：机器学习的目标是设计可以根据先验知识和观测数据不断改进其性能的算法.该算法可以帮助机器从大量的数据中提取知识,从而提升其在特定任务上的性能.作为数据驱动的方法,机器学习可以有效利用高通量实验技术产生的大批量生物数据,实现合成生物体的功能预测与智能化设计,改变合成生物学的研究范式.本文首先介绍机器学习在合成生物学领域广泛应用的几个模型及方法,如支持向量机、神经网络、生成式对抗网络、深度强化学习等.然后介绍机器学习方法在合成生物学领域的典型应用,如启动子预测、酶催化设计、代谢途径构建、基因线路设计等.本文综述面向合成生物学的机器学习方法及应用,并试图启发读者如何选择和设计机器学习方法用于合成生物学的研究.

摘要：目的将克隆的抗体轻重链可变区基因拼接成单链抗体基因并将其在大肠杆菌中表达。方法通过RT—PCR从两株抗MagaininⅡ杂交瘤细胞株 (2D1 ,3F8)中克隆出VH 和VL 基因 ,然后利用重组PCR技术 ,将VH 和VL 基因通过柔性肽段(GLY4Ser)3 的Linker拼接成单链抗体基因(ScFv) ,将ScFv克隆到表达载体 pCANTAB5E上并将其分别在大肠杆菌***2151及TG1 中进行表达。结果SDS PAGE和Western blot分析表明 ,ScFv在大肠杆菌***2151中得到了分泌表达。间接ELISA结果显示可溶性ScFv及其表面展示噬菌体均具有抗原结合活性。结论成功地获得了ScFv 2D1和ScFv 3F8基因并在大肠杆菌中得到了功能性表达 ,为新型抗菌肽的设计打下了基础。

摘要：为了深入研究反义ＤＮＡ对乙肝病毒的抑制作用，设计合成了针对乙肝病毒基因不同功能区域的反义片段２０个，无关序列４个，长度为１５聚到１８聚，分为无修饰反义ＤＮＡ、反义ＤＮＡ－多聚赖氨酸共价连接物、部分硫代和全硫代反义ＤＮＡ四种。合成反应是在ＡＢＩ３８１型ＤＮＡ合成仪上以１μｍｏｌ或１０μｍｏｌ的规模进行的，但在计算机程序上作了一些修改以适应于部分硫代和全硫代ＤＮＡ合成。抑制实验的结果说明，所有合成的反义ＤＮＡ均对乙肝病毒有不同程度的抑制作用，互补于乙肝病毒ＰｒｅＳ＿２翻译起始区的反义１５聚－多聚赖氨酸表现出很强的抑制活性。针对核心蛋白翻译起始区的反义ＤＮＡ和针对聚合酶翻译起始区下游的反义ＤＮＡ也均表现出好的抑制活性。

摘要：本文分析了已分离提纯的12个抗菌肽的一级结构特征,划分出作为12个抗菌肽基本成分的3类保守氨基酸,确认抗菌肽序列的前半部分对于活性有主要页献。根据Garnier定向信息法分析了12个抗菌肽的二级结构,结果证实了12个抗菌肽均有形成N端螺旋的倾向。这提示了用两亲性螺旋解释抗菌肽的抗菌机制,在此基础上设计了3个新的抗菌肽。理论计算表明:新肽的N端螺旋度增加,而C端螺旋保持完整,推测其抗菌活性应较已知的12个抗菌肽为高。

摘要：在土壤中分离到一株细菌STRB ,该菌可以在SFM、LB、EMB、PDA、MM、MacC等多种培养基上生长 ,革兰氏染色为阴性 ,电镜观察无鞭毛。生化指标检测显示 ,该菌株对多数糖类不能发酵 ,经bioMerieuxVitek公司的革兰氏阴性细菌检测试验卡 (GNI)鉴定为醋酸钙不动杆菌。设计 2对简并引物对其 16SrRNA进行PCR扩增 ,16SrRNA序列及其进化树分析结果显示 ,该菌为约翰逊不动杆菌。

摘要：在土壤中分离到一株细菌STRA ,菌块测定法显示该菌可显著抑制玉米小斑病菌和稻恶苗病菌 ,具有抗真菌活性。该菌可以在SFM和LB等多种培养基上生长 ,且菌落生长无明显终止现象 ;革兰氏染色为阴性 ,电镜观察可见 2～ 4根鞭毛。 (G +C) %在 5 9%～ 6 7%范围内。生化指标的检测显示该菌株对所测试的多数糖类不能发酵 ,经BioMerieuxVitek的革兰氏阴性细菌检测试验卡 (GNI)鉴定为食酸丛毛单胞菌 (Delftiaacidovorans)。设计两对简并引物对其 16SRNA进行PCR扩增 ,16SRNA的序列及其相关生物信息学分析结果进一步确证生化鉴定结果。该分离株的抗真菌物质的特性鉴定。