摘要：目的对云南省新分离的2株流行性乙型脑炎(乙脑)病毒进行全基因组序列测定和分析,了解当地乙脑病毒基因组结构及分型特征。方法设计乙脑病毒全基因组扩增引物,RT-PCR扩增片段,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列。通过Clustal X(1.8)、DNASTAR、GENEDOC(3.2)等生物学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析。结果从2007年云南省捕获的三带喙库蚊中分离到2株乙脑病毒(TC07018、TC07172),并对病毒株的全基因组序列进行了分子生物学研究,结果提示TC07018、TC07172株与JEVMie40株的核苷酸同源性最高,为98.4%和98.7%,与JKT6468株核苷酸同源性最低,为83.6%和83.5%。2个分离株与JEVMie40、SH17M-07和HEN0701株氨基酸同源性最高,均为99.6%,与JKT6468株氨基酸同源性最低,为95.5%和95.4%。2个新分离株与我国现在最常用的疫苗株SA14-14-2相比较,核苷酸同源性为88.7%和88.6%,氨基酸同源性为97.1%。基于全基因序列,从基因库中选择了36株乙脑病毒与分离株进行进化分析,2个新分离株与KV1899和HEN0701的进化关系最接近,都属于基因Ⅰ型。结论新分离的2株乙脑病毒属于基因Ⅰ型,此为滇西地区首次分离该型病毒。这2株病毒与国内外基因Ⅰ型乙脑病毒流行株间存在一定差异,但根据抗原和毒力位点分析表明,乙脑SA14-14-2疫苗株能保护该型病毒。