摘要：目的利用基因芯片技术检测包括披膜病毒科甲病毒属、黄病毒科黄病毒属、布尼亚病毒科汉坦病毒属及SARS病毒等10种烈性RNA病毒。方法设计了甲病毒属的属保守区通用引物和黄病毒属的通用引物,与布尼亚病毒及SARS病毒的引物一起用于扩增靶核酸。另外,在通用引物所能扩增的区域内设计每种病毒的特异引物,利用该引物通过PCR反应制备cDNA克隆探针,在判定其特异性后,制备氨基化探针。对探针浓度、杂交温度、杂交时间、不同杂交液及杂交后芯片的洗涤方法进行了优化。结果核酸探针浓度为0·3μg/μl时,可获得杂交信号;在杂交液终浓度含20%甲酰胺、杂交60℃、1·5h的条件下,可分别获得以上10种病毒的特异杂交信号。利用多重PCR扩增靶序列时,可获得2种或4种混合病原体的特异性杂交信号。结论利用基因芯片技术检测病毒性病原体是可行的,关键在于设计合适的引物及探针序列。

摘要：为了制备灵敏的可检测多种烈性病毒性病原体的基因芯片,本研究设计了针对21种烈性病毒性病原体的基因芯片检测探针,每种5条,长50 bp.并以甲病毒属的基孔肯亚病毒和黄病毒属的黄热病毒细胞培养物为检测模型,摸索了合适的病毒基因处理与扩增方法.将提取的病毒RNA先用DNaseⅠ处理,以去除掉其中的DNA分子,然后利用病毒属特异性引物进行反转录,以引导病毒基因组的合成,从而尽可能地减少宿主细胞基因成分的干扰.进行随机PCR扩增后将扩增产物与基因芯片进行杂交,分别出现了4条基孔肯亚病毒探针信号和5条黄热病毒的探针信号,说明所设计的检测探针具有较好的特异性,可用于这2种病毒的特异性检测.这种病毒基因样品的处理和扩增方法也为此基因芯片的临床应用奠定了基础.

摘要：目的：建立梭菌属神经毒素基因快速鉴定和分型的PCR方法。方法：根据GenBank提供的肉毒毒素及破伤风毒素基因序列，综合应用多种生物学软件与在线分析平台，设计特异性及通用检测引物，对各型梭菌属毒素基因进行PCR扩增，验证扩增反应的特异性、通用性、灵敏度及重复性。结果与结论：设计了针对A，B，E，F型肉毒毒素、破伤风毒素基因轻链毒性活性区的5对特异引物，以及重链跨膜区和结合区的一对通用引物（BonAB—P01／P02，BonB-P01／P02，BonE-P01／P02，BonF-P01／P02，TET-P01／P02，TY-P01／P02）。对各型神经毒素进行特异性扩增并在型间进行交叉实验，检测特异性良好，没有交叉反应；通用扩增结果显示均得到1100bp大小的条带。目前此检测方法灵敏度可达到（1～3）×10^3个菌。该检测方法特异性强，灵敏度高，可以用于梭菌属神经毒素基因的快速筛查与鉴定分型。

摘要：针对鹦鹉热嗜衣原体(Cps)的主要外膜蛋白(MOMP)基因和多形态膜蛋白(PMP)基因分别设计引物,建立荧光定量PCR方法,比较两对引物的灵敏度和特异性。试验结果表明,两对引物均可用于Cps检测,在样本中靶标浓度高时,PMP引物的检测灵敏度优于MOMP引物;但前者的扩增效率低于后者,后者更适合用于Cps的实时定量PCR检测。相对定量研究表明国内不同Cps流行株的PMP基因在基因组上的拷贝数可能存在较大差异。

摘要：目的建立检测微量HIV-1 K103N耐药突变的等位基因特异扩增实时定量PCR（allele-specific real-time PCR，ASPCR）方法，用于微量K103N耐药突变的检测和分析。方法首先建立检测K103N耐药突变的ASPCR方法，然后对方法进行验证，最后采用ASPCR方法检测对照样本。构建含K103N突变的质粒作为标准品，然后设计特异性引物用以区分野生型和突变型模板，采用SYBRgreen法进行实时定量PCR，并绘制标准曲线。分别采用特异性和非特异性引物扩增模板，根据二者Ct（cycle threshold）值结合相应的标准曲线判断是否存在K103N突变及突变比例。对ASPCR检测K103N突变位点的特异性、敏感性、准确性、重复性等进行验证。结果特异性和非特异性引物扩增等量野生型模板的Ct值之差（△Ct）可达13．56；当突变比例小于0．1％时仍具有良好的准确性；批内变异系数小于0．7，批间变异系数小于1．6；检测灵敏度可达0．01％。检测阴性对照样本的△Ct显著高于临界值，阳性对照样本检测结果均为阳性。结论ASPCR是一种快速、灵敏、准确的检测HIV-1微量耐药突变的方法，可为临床抗病毒治疗提供理论指导。

摘要：旨在构建肉毒毒素蛋白受体sytIIN端片段的原核表达载体,并在大肠杆菌pMAL-c2x系统中表达MBP-Syt融合蛋白。根据GenBank中已报道的人sytII基因序列,截取N端氨基酸序列,依据大肠杆菌的偏爱密码子,设计引物人工合成全基因,将全长基因克隆至原核表达载体pMAL-c2x中,重组质粒转化大肠杆菌*** ER2566,IPTG诱导表达。表达产物经Amylose Resin亲和层析进行纯化,SDS-PAGE和免疫印记对其进行鉴定,并对该蛋白进行活性的初步分析,为进一步研究毒素与受体相互作用的机制奠定基础。

摘要：虫媒黄病毒包膜蛋白是黄病毒主要的结构蛋白和保护性抗原,对其结构与功能的研究,有助于了解黄病毒与其宿主细胞间的相互作用和致病的分子机制,为黄病毒病的特异性诊断、疫苗研究和抗病毒药物的设计提供理论依据。本文对近年来国内外虫媒黄病毒包膜蛋白的研究进展作一综述。

摘要：利用"设计限制酶辅助突变"(Designed Restriction Enzyme Assisted Mutagenesis,DREAM)进行全长质粒快速定点突变。根据突变位点附近氨基酸靶序列,以简并密码子进行逆向推导,这样在不改变氨基酸序列的前提下可以得到数目巨大的隐性突变体(Silent mutants),这些突变体中包含大量的限制性酶切位点,选择合适的酶切位点设计引物,用Phusion超保真DNA聚合酶扩增全长质粒的DNA序列,得到的PCR产物用T4多聚核苷酸激酶添加5′磷酸基团后进行平末端连接,转化大肠杆菌受体菌后用设计的酶切位点进行快速筛选。本研究用该方法成功地纠正了长约8 kb的质粒pcDNA3.1-pIgR中的突变碱基,从而获得了多聚免疫球蛋白受体(pIgR)的野生型氨基酸序列。以上结果表明:利用DREAM技术将限制性酶切位点引入目的基因而不改变目的蛋白质的氨基酸序列,使突变体的筛选简单化;配合使用高保真和高效率的Phusion DNA聚合酶可以进行长达8 kb的全长质粒的快速突变;该方法无需使用定点突变试剂盒和特殊的受体菌,同时避免了核酸杂交以及同位素的使用。

摘要：目的:构建我室保存的一株西尼罗病毒引进毒株(CH-01)基因组全长cDNA的亚克隆,为进一步构建该毒株的感染性全长cDNA克隆奠定基础。方法:根据CH-01病毒株基因组序列中含有的特异性酶切位点,利用DNAstar及O ligo6软件设计5对引物。以感染细胞中的病毒RNA为模板,通过RT-PCR扩增出覆盖病毒基因组全长的5个cDNA片段,并分别将其克隆至pGEM-T easy载体,通过片段间共有的酶切位点进行连接,最终获得基因组5′和3′半分子,并分别通过序列测定加以鉴定。结果与结论:已构建出西尼罗病毒CH-01株基因组的5′和3′半分子,经酶切鉴定和序列测定表明所获得的cDNA克隆为该株病毒的特异性序列。

摘要：目的建立检测斑点热立克次体的群特异性实时荧光定量PCR方法。方法根据斑点热立克次体外膜蛋白B(ompB)基因序列设计群特异性引物和探针,以克隆的斑点热立克次体ompB基因片段作为模板,在荧光定量PCR检测仪上建立实时荧光定量检测法。结果该方法定量检测标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系,最小检出量小于10个拷贝。用该方法检测斑点热立克次体(立氏立克次体、西伯利亚立克次体、西伯利亚立克次体精河株、康氏立克次体、小蛛立克次体、澳大利亚立克次体、派氏立克次体、扇头蜱立克次体、非洲立克次体、阿斯特罕立克次体、斯洛伐克立克次体、日本立克次体、马赛立克次体、猫立克次体和黑龙江立克次体)DNA样本的结果均为阳性,但检测普氏立克次体、莫氏立克次体、恙虫病东方体、贝氏柯克斯体、查菲埃立克体、汉赛巴通体以及其他9种病原菌DNA样本的结果均为阴性。用荧光定量PCR检测立氏立克次体、黑龙江立克次体、西伯利亚立克次体精河株感染BALB/C小鼠脾脏组织DNA,均检出不同水平的阳性结果,结果与感染进程相关。结论本研究建立的检测斑点热立克次体的实时荧光定量PCR具有较高的敏感性和群特异性,适合样本中各种斑点热立克次体的快速检测,可用于斑点热的实验室快速诊断和自然疫源地的流行病学研究。