摘要：依照国家对科技人才发展要求,实施专业型硕士人才教育和管理改革是高级人才发展的当务之急。硕士研究生导师绩效考评作为考察教育工作主体能力与成果的基本手段,担负着指挥棒的作用。目前,我国各研究生培养单位针对专业型硕士研究生导师的绩效考评体系适用性不足,影响了这一功能的发挥。文章通过探讨目前专业型硕士研究生导师绩效考评体系的现状和问题,从人才培养的目标出发,整理必要性绩效考评指标。以中国科学院为例,采用矩阵建模及专家评价法对绩效考评体系进行优化设计,为保障专业型硕士人才培养质量建立出一套可有效反映专业型研究生导师能力和工作质量的考评方案。

摘要：为研究LZ-8蛋白的免疫调节活性,设计合成12个寡核苷酸片段,并用PCR方法将它们连接为经密码子优化的新LZ-8基因;将该新基因克隆至原核表达载体pET-28b,构建重组表达质粒pET-28b_lz8,并在大肠杆菌BL21中进行诱导表达.表达产物经Ni离子亲和层析法纯化后,蛋白表达量达70mg·L-1.通过不同品系小鼠的皮肤移植模型检测表明:纯化的重组蛋白具有一定程度的免疫抑制功能,还需进一步实验验证.

摘要：插入片段双末端正反向测序信息(double-barreleddata,DB信息)已广泛应用于大基因组测序组装项目.根据绘制籼稻全基因组工作框架图的经验,总结了DB信息在序列组装流程中的应用,同时,在原有基础上提出了改进的DB信息使用方法,包括基因组序列拼接、质量检验和重叠群的连接.此外,进一步提出了DB信息在下游数据分析过程中新的应用,包括利用DB信息获得基因组文库中每个克隆所包含的基因组片段的精确信息,以及在此基础上设计低成本全基因组基因芯片的一种基因芯片设计新方法.随着待测序物种的逐年增多,相信正反向测序信息在基因组测序组装工作,以及后续的基因组研究中将发挥越来越重要的作用.

摘要：水稻是世界上最重要的粮食作物之一,在保障粮食安全的重大战略需求中具有举足轻重的地位.株型是决定水稻产量的核心要素,解析株型形成的分子机理具有重要的现实意义.稻米品质主要包含营养、蒸煮食味、储藏及外观品质,阐明其遗传调控网络为实现稻米品质的定向改良提供了重要支撑.随着水稻功能基因组研究的日渐深入,在水稻株型与稻米品质形成的分子基础研究方面取得的一系列重大研究进展助推了水稻株型与稻米品质分子设计育种的开展与示范.本文分别从分蘖数目、分蘖角度、株高、穗型以及稻米的外观、蒸煮食味、营养、储藏品质等方面简要概述了水稻株型与稻米品质的遗传调控网络,介绍了相关基因在分子设计育种中的应用情况.

摘要：肠道菌群作为人体庞大的微生态系统与许多疾病的发生密切相关。临床研究和动物实验表明,中药可维持肠道微生态的平衡,对肠道菌群的调节作用也逐渐被阐释。该文通过归纳总结近5年来的文献,以中药对肠道菌群的调节作用为线索,从肠道菌群的研究方法和中药有效成分、提取物及复方调节肠道菌群的相关研究等方面进行了综述,为中药在肠道菌群调节方面的研究与开发提供参考。

摘要：目的建立一种实时荧光定量逆转录PCR方法,对非小细胞肺癌间变淋巴瘤激酶(ALK)融合基因进行快速、敏感和特异检测。方法首先,应用Primer Premier 5.0软件,针对棘皮动物微管相关蛋白4(EML4)-ALK常见融合变异V1、V2、V3a和V3b设计引物和Taqman水解探针。然后,以包含EML4-ALK融合变异V1、V2、V3a和V3b的假病毒颗粒为研究对象,进一步分析所建立方法的灵敏度、敏感性和特异性。最后,用所建立的方法检测50例非小细胞肺癌临床标本,其中包含3例ALK-荧光原位杂交(FISH)(+)样本。结果在无背景RNA干扰情况下,建立的实时荧光定量逆转录PCR方法检测灵敏度高达10拷贝/!l。在500拷贝/!l的野生型背景RNA下,其敏感性达1%,在5000拷贝/!l的野生型背景RNA下,其敏感性达0.5%。对于检测特异性,以正常人白细胞及血浆RNA为研究对象,均未见非特异性扩增。对50例非小细胞肺癌临床标本进行检测,47例阴性标本检测均为阴性,3例ALK-FISH(+)标本2例检测阳性,1例未检出,未检出原因与标本RNA提取失败有关。结论本研究建立的实时荧光定量逆转录PCR方法是一种快速、简便以及具有高灵敏度和特异性的EML4-ALK融合基因检测方法,值得在临床进一步验证和推广。

摘要：基因测序技术极大地推动了生物学和医学研究的发展.结合了焦磷酸测序原理及阵列式微反应池芯片的高通量测序仪在从头测序和宏基因组测序方面有着不可替代的作用.本文首次提出并研制了一种基于SU8聚合物的基因测序芯片.选择了高传输效率、低耦合损耗的光纤面板作为基片,通过改善SU8均匀性及释放应力,在光纤面板上成功制备出百万数量级阵列式微反应池;设计并制作侧壁镀膜装置,实现了SU8阵列式微反应池侧壁选择性光学薄膜蒸镀,有效地提高了微反应池的光学隔离度,将相邻微反应池之间的光串扰率平均值从25%降低到了1%,满足了高通量焦磷酸测序对测序芯片独立并行传输弱光信号的要求.基于SU8聚合物的基因测序芯片制备工艺简单、成本低廉,具有良好的应用前景.

摘要：目的:建立高危型人乳头瘤病毒(HPV)E6/E7质控品,用于评价高危型HPV E6/E7 mRNA检测试剂盒的性能。方法:根据高危型HPV 16和HPV 18的E6/E7基因序列设计引物,从感染HPV 16和HPV 18宫颈上皮细胞中提取DNA作为模板,通过PCR扩增获得带有目的基因的产物。采用限制性内切酶对带有目的基因的PCR产物和表达载体分别进行酶切,将目的基因与表达载体连接,然后转化DH5α感受态细胞,筛选出阳性菌落进行测序。然后将阳性菌液进行超声诱导,制备假病毒溶液。采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法对假病毒溶液提取的RNA进行鉴定。结果:通过序列测定和荧光定量RT-PCR法检测,结果表明成功建立了高危型HPV E6/E7假病毒质控品。结论:本研究建立了HPV E6/E7质控品的方法,可为高危型HPV E6/E7 mRNA检测试剂的质量控制提供质控品。

摘要：目的从兔外周血总RNA中直接扩增出B细胞κ轻链的可变区序列。方法首先从IMGT/GENE-DB数据库中获取大耳白兔Ig胚系基因Vκ(IGKV)、Jκ(IGKJ)和Cκ(IGKC)的cDNA序列、设计引物,然后以非免疫兔外周血总RNA为模板进行RT-PCR扩增,回收产物并克隆到T载体,随机挑选单克隆测序,最终将序列提交到IMGT/V-QUEST,分析出每个克隆的Vκ-Jκ组合,并利用BioEdit的本地Blast程序比较出Cκ的基因型。结果共设计出4对引物,其中引物对RK.C1[4-5-9]无产物,引物对RK.C1[1-2-7]、RK.C1[3-6-8]和RK.C2[1-2-3-4]有产物,分别回收、克隆到T载体后各挑取20个克隆,共获得51个克隆的插入子序列。没有任何2个克隆的插入子序列完全相同,每个克隆均包含完整的兔Vκ、Jκ及Cκ的5’端序列,其中Vκ-Jκ-IGKC1组合的克隆33个,Vκ-Jκ-IGKC2组合的克隆18个;68个Vκ胚系基因中有22个出现,其中频率最高的是IGKV1S10*01(12次),其次是IGKV1S36*01、IGKV1S37*01和IGKV1S4*01(各5次),其余均为3次以下;8个Jκ胚系基因中只有1个出现,为IGKJ1-2*01;2个Cκ基因的等位基因分别为IGKC1*01和IGKC2*03。33个Vκ-[IGKJ1-2*01]-[IGKC1*01]克隆中有17种不同的组合方式,其中频率最高的为[IGKV1S10*01]-[IGKJ1-2*01]-[IGKC1*01](7次)。18个Vκ-[IGKJ1-2*01]-[IGKC2*03]克隆中有11种不同的组合方式,频率最高的为[IGKV1S10*01]-[IGKJ1-2*01]-[IGKC2*03](5次)。Vκ-Jκ-Cκ组合方式相同的克隆,序列仍具有明显的差异。结论利用自行设计的兼并引物,成功并特异地从兔外周血总RNA中直接扩增出了κ轻链的可变区,且产物具有良好的多样性,但所有Vκ-Jκ-Cκ组合中只出现了1种Jκ基因。

摘要：近年来应大规模基因组学和遗传学研究发展的需要,能够提供"高通量、低成本、低劳动量"测序服务的新一代大规模并行测序技术应运而生.辅助其应用的生物信息分析软件和实验方法也层出不穷.而在关联研究如癌症研究中有广泛应用的基于PCR的基因组学和遗传学研究方法,却因其研究的目标区域较短,而较少地受益于采用"鸟枪法测序"策略的新一代测序技术.尽管已提出诸如"芯片捕获法"、"目标选择法"等技术克服这一难题,但这些方法对仪器和实验室操作的额外要求限制了它们的应用和推广.本实验提出一种能简便克服这一难题的"边扩增边连接方法"(Ligation by Amplification,LBA):使用一对"公用接头"和两步PCR反应将多个目标区域随机连接起来,其随机连接而成的长链产物可被简易地随机片段化并在新一代测序仪上测序.使用专门设计的、包含公用接头的LBA引物,将人类基因组保守编码序列中两个癌症相关基因:BRCA1和BRCA2的外显子进行扩增,并将所得到的70个扩增产物在一步PCR过程中进行边扩增边连接.所得的长链LBA产物经随机片段化后制备成可被传统Sanger测序法和新一代边合成边测序技术测序的DNA文库,分别在ABI3730xl测序仪和Illumina/Solexa Genome Analyzer测序仪上进行测序.对目标序列的覆盖度、覆盖深度和单核苷酸多态性检测的有效性的生物信息学分析证明:运用本方法可高效地在新一代测序仪上进行基于PCR的重测序和遗传多态性研究,推动各种基于PCR的基因组学和遗传学研究的发展.