摘要：目的研究原核类泛素（Pup）-蛋白酶体系统对分枝杆菌生长活力的影响。方法分别敲除耻垢分枝杆菌Pup-蛋白酶体系统中pup和蛋白酶体β亚基基因（prcB）。选取待敲除基因的上下游侧翼序列设计引物，构建自杀性载体，靶基因同源序列和菌株基因组发生同源重组后获得基因敲除的菌株。分别连续测定野生型和基因敲除株在正常及低氧和厌氧应激培养条件下的吸光度值，比较菌株生长活力的变化。结果正确构建敲除pup和prcB基因的突变株，分别命名为△SM-Pup和△SM-prcB。△SM-Pup菌株生长速度快于野生型菌株和△SM—preB株。prcB基因的敲除对细菌的生长活力没有产生明显的影响。结论Pup-蛋白酶体系统对耻垢分枝杆菌的生长产生了一定作用，但具体机制仍需要进一步研究探讨。

摘要：目的评估探针熔解曲线法检测石蜡包埋组织诊断耐药结核病的临床价值。方法采用横断面研究设计,回顾性收集首都医科大学附属北京胸科医院2018年1月至2019年12月所有确诊结核病住院患者4551例。以表型药敏试验和GeneXpert结核分枝杆菌及利福平耐药(Xpert MTB/RIF,以下简称"Xpert")检测为金标准分析探针熔解曲线法的准确性,并评估该技术作为常规耐药诊断方法的补充,提高耐药结核病诊断阳性率的临床价值。结果以表型药敏试验结果为金标准,探针熔解曲线法检测利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮耐药的灵敏度分别为14/15、95.7%(22/23)、2/4、8/9;特异度分别为92.0%(115/125)、93.2%(109/117)、90.4%(123/136)、93.9%(123/131);总符合率为92.1%(95%CI:89.6%~94.1%),一致性检验Kappa值为0.63(95%CI:0.55~0.72),以Xpert检测结果为标准,该技术对利福平耐药检测的灵敏度为93.6%(44/47),特异度为100%(310/310),符合率为99.2%(95%CI:97.6%~99.7%),一致性检验Kappa值为0.96(95%CI:0.93~0.99);在4551例结核病确诊患者中联合应用探针熔解曲线法检测后,获得有效耐药信息的患者比例从83.3%提高到87.8%(P<0.01);利福平、异烟肼、乙胺丁醇、氟喹诺酮耐药、耐多药以及准广泛耐药检出人数分别增加了3.2%、14.7%、22.2%、13.7%、11.2%以及12.5%。结论探针熔解曲线法进行结核病耐药诊断具有良好的准确性,可以作为常规耐药诊断方法的补充,有效提高耐药结核病诊断阳性率。

摘要：目的 用基于多重PCR (multiplex PCR,mPCR)扩增子的二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术(mPCR-NGS)检测MTB的耐药基因突变,并评估其检测石蜡包埋组织标本诊断耐药结核病的临床应用价值.方法 选取北京市昌平区结核病防治所2013年4月至2015年10月常规进行了利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星和氧氟沙星比例法检测且具有药敏试验结果的50株MTB临床分离株,包括42株耐药MTB和8株敏感MTB菌株.参考耐药基因数据库及相关文献,针对以上8种抗结核药物主要耐药基因及常见位点设计耐药基因组合,建立有效的检测方案.收集首都医科大学附属北京胸科医院病理科2017年11月至2018年9月耐药结核病患者55例的石蜡包埋组织标本,探针熔解曲线法检测结果为利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类至少存在一种耐药相关基因突变.首先对已知表型药敏试验结果的MTB临床分离株进行mPCR-NGS检测,验证该方法检测纯菌样本的有效性,再进一步检测结核病患者石蜡包埋组织标本进行临床验证.主要评价指标为敏感度和特异度以及一致性.结果 以比例法为金标准,mPCR-NGS检测利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇的敏感度分别为95% (38/40)、93%(27/29)、93% (27/29)和72%(13/18),特异度分别为100%(10/10)、95% (20/21)、100%(21/21)和94%(30/32);二线注射类药物卷曲霉素、卡那霉素和阿米卡星敏感度均为100% (2/2,3/3,3/3),特异度分别为98%(47/48)、100%(33/33)和100%(47/47);氧氟沙星的敏感度为70%(7/10),特异度为100%(40/40).总符合率为94%,一致性检验Kappa值为0.87.纳入的55例石蜡包埋组织标本经探针熔解曲线法检测,28例利福平耐药,37例异烟肼耐药,13例乙胺丁醇耐药,17例氟喹诺酮类耐药.mPCR-NGS与探针熔解曲线法比较,利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类的敏感度分别为100%(28/28)、95%(35/37)、100%(13/13)和100%(17/17);特异度均为100%(27/27,18/18,42/42,38/38).两种方法总符合率为99%,一致性检验Kappa值为0.98.结论 mPCR-NGS检测MTB临床分离株及结核病患者石蜡包埋组织标本耐药基因突变的敏感度、特异度和符合率较高,有望成为耐药结核病准确、快速的分子病理诊断新技术.

摘要：结核病(Tuberculosis,TB)是人类健康的主要威胁之一,多药组合的化学治疗是控制结核病的主要手段。近年贝达喹啉(Bedaquiline,BDQ)、德拉马尼(Delamanid,DLM)、普托马尼(Pretomanid,PMD)等抗耐药结核新药的出现,显著提高了耐药结核的治愈率。了解抗耐药结核新药的药动学特征及药物相互作用特点,合理设计药物组合及给药方案,可以减少药物不良反应发生,提高治疗成功率。本文对三种主要抗耐药结核新药的代谢动力学及药物相互作用研究进行综述,旨在为临床治疗提供依据和参考。

摘要：目的建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)联合CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a识别靶基因核酸序列对结核分枝杆菌脱氧核糖核酸(Mycobacterium tuberculosis deoxyribonucleic acid,MTB DNA)进行检测的方法。方法将MTB保守序列IS6110片段插入pMDTM19-Tsimple Vector克隆载体,构建含待检测靶序列的模拟MTB质粒。同时针对待检测靶序列MTB保守序列IS6110设计可以检测MTB DNA的3条不同的特异性规律成簇间隔短回文重复序列RNA(CRISPR RNA,crRNA)探针(IS6110-1crRNA、IS6110-2crRNA、IS6110-3crRNA),引导CRISPR-Cas13a识别转录产物。将筛选出的特异性crRNA、不同待检测标本的PCR扩增转录产物、Cas13a、crRNA和Background RNA等按比例混合构建PCR-CRISPR反应体系。利用荧光定量PCR仪对含有MTB DNA不同稀释浓度的质粒模板、标准菌株H37Rv及6种非结核分枝杆菌进行检测。通过测定的相对荧光强度值分析检测的敏感度及特异度,最终建立基于MTB CRISPR-Cas13a系统的PCR-CRISPR检测方法。结果选择相对荧光强度值最大的IS6110-1crRNA[相对荧光强度值为197680.64(98364.94,304271.25)]作为后续MTB DNA检测的crRNA探针。PCR-CRISPR检测最低拷贝数为101拷贝/μl的质粒和100拷贝/μl的H37Rv扩增产物的相对荧光强度值[分别为38655.34(31975.51,45410.32)和17691.50(17612.36,17793.29)]明显高于阴性对照[29989.48(29435.72,30263.20)和13725.83(13652.43,13804.95)](Z=-6.713、-9.448;P值均<0.001),显示敏感度较好;阴性对照[37635.57(37168.74,38199.20)]和戈登分枝杆菌[39351.83(38903.70,39769.53)]、胞内分枝杆菌[39191.30(39018.51,39434.95)]、堪萨斯分枝杆菌[25172.20(24586.95,26046.45)]、脓肿分枝杆菌[37328.03(36959.01,37546.78)]、鸟分枝杆菌[37942.29(37455.63,38401.13)]、偶发分枝杆菌[29491.19(29148.63,30058.62)]等6种非结核分枝杆菌的相对荧光强度值均明显低于106拷贝/μl的MTB DNA质粒的相对荧光强度值[89204.07(66253.60,108819.13)](Z值均=-9.448,P值均<0.001),显示特异度良好。结论首次成功建立并验证了针对MTB的PCR-CRISPR检测技术,具有敏感度及特异度高、稳定性好、成本低等特点,有望进一步用于临床样本的检测。

摘要：本研究基于前期获得的具有显著抗结核活性的苯并硫代吡喃酮骨架,设计合成了一系列2位芳基取代的苯并硫代吡喃酮类化合物,并对其进行抗结核活性及初步成药性评价。结果表明,大多数化合物对结核分枝杆菌H37Rv具有良好的抑制活性,其中化合物8g、8h、8q和9f的抗结核活性较强(MIC=0.2~0.4μg·mL^(-1))。另外,活性化合物无明显细胞毒性和心脏毒性风险,化合物8h和8q具有良好的肝微粒体代谢稳定性,对肝药酶CYP 3A4/5和CYP 2C9无明显抑制作用,适用于结核病治疗的联合用药方案。

摘要：目的 在规范化的结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，MTB）可变数目串联重复序列（variable number of tandem repeats，VNTR）基因分型的基础上，构建我国31个省（自治区、直辖市）VNTR数据库，每个省优化一套VNTR位点组合，为我国结核病预防控制策略的制定提供科学依据。方法 对2007－2008年全国结核病耐药性基线调查的4 116株MTB15位点VNTR（15-VNTR）基因分型。汉高指数（Hunter-Gaston Index，HGI）分析每个位点的分辨率。依据谱系流行特征，以分辨率高和稳定性强为原则，为各省设计一套VNTR优化组合（12-VNTR、10-VNTR、8-VNTR和5-VNTR），采用HGI和成簇率进行评价。结果 完成了涵盖率为96.36%（3 966/4 116）MTB完整15-VNTR图谱。发现QUB11b、MIRU26等7个高分辨率位点；QUB26、MIRU16、Mtub21、QUB11b在部分地区遗传稳定性差。内蒙古自治区、重庆市、黑龙江省的最优组合为10-VNTR，其他各省的最佳组合为8-VNTR。结论 VNTR数据库的建立将推动全国范围MTB传染源的追踪；各省优化VNTR组合的推出有助于当地结核病疫情的监测和群体遗传学的研究。

摘要：目的建立结核分枝杆菌耐药相关基因多重PCR反应体系，评估该体系以临床分离株DNA和痰菌DNA为模板扩增耐药相关基因的成功率。方法常规提取结核分枝杆菌临床分离株（47株）及涂阳肺结核患者（21例）痰菌DNA。根据目前研究已发现的结核分枝杆菌耐药相关基因合成引物，建立2个多重PCR体系以扩增目的基因。扩增片段经测序证实后，计算该体系用于两种样本的扩增成功率。结果针对临床常用8种抗结核药物，选取结核分枝杆菌rpoB、katG、inhA、embB、gyrA、rpsL、rrs、eis共8个耐药相关基因设计合成引物。建立2个多重PCR体系扩增8个耐药基因，该体系扩增47株结核分枝杆菌临床分离株DNA和21例菌阳肺结核患者痰菌DNA的成功率分别为100．0％（47／47）和76．2％（16／21）。结论本研究建立了高效扩增8个结核分枝杆菌耐药基因的多重PCR体系，结果对进一步研发结核病耐药分子诊断产品具有重要意义。

摘要：目的建立结核分枝杆菌耐药相关基因多重PCR反应体系，评估该体系以临床分离株DNA和痰菌DNA为模板扩增耐药相关基因的成功率。方法常规提取结核分枝杆菌临床分离株（47株）及涂阳肺结核患者（21例）痰菌DNA。根据目前研究已发现的结核分枝杆菌耐药相关基因合成引物，建立2个多重PCR体系以扩增目的基因。扩增片段经测序证实后，计算该体系用于两种样本的扩增成功率。结果针对临床常用8种抗结核药物，选取结核分枝杆菌中rpoB、katG、inhA、embB、gyrA、rpsL、Ⅲ、P担共8个耐药相关基因设计合成引物。建立2个多重PCR体系扩增8个耐药基因，该体系扩增47株结核分枝杆菌l临床分离株DNA和21例菌阳肺结核患者痰菌DNA的成功率分别为100．0％（47／47）和76．2％（16／21）。结论本研究建立了高效扩增8个结核分枝杆菌耐药基因的多重PCR体系，结果对进一步研发结核病耐药分子诊断产品具有重要意义。

摘要：目的建立结核分枝杆菌IS6110和IS1081微滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)检测体系,并用于不同类型临床样本的检测。方法常规提取13株结核分枝杆菌和14株非结核分枝杆菌临床分离株DNA,9例结核分枝杆菌阳性肺结核患者和4例其他肺部疾病患者痰DNA,12例结核分枝杆菌阳性肺结核患者和7例健康者血浆DNA。设计合成IS6110和IS1081扩增引物和检测探针,建立dd PCR检测体系。应用该体系检测分枝杆菌、痰和血浆3种DNA样本中靶标拷贝数,进行统计学分析。结果建立了能同时检测IS6110和IS1081的dd PCR体系,该体系检测2个靶标的线性范围分别为0.5~8 733和0.2~2 893拷贝/μl反应体系。该体系具有较好的重复性(r>0.95),以非结核分枝杆菌为对照检测结核分枝杆菌的灵敏度和特异度均为100%。在痰和血浆DNA样本检测中,2个靶标拷贝数在肺结核组均显著高于对照组。结论结核分枝杆菌特异性核酸的dd PCR体系,可用于肺结核患者临床分离株、痰和血浆样本的微量核酸检测,对提高结核病病原学诊断能力有重要意义。