摘要：目的探讨溴结构域和超末端结构域蛋白(BET)家族编码基因胚系罕见变异与中国部分地区人群恶性肿瘤易感性的关系。方法针对溴结构域蛋白2(BRD2)、BRD3、BRD4基因设计捕获探针,利用Illumina高通量测序平台,对2015年10月至2018年7月解放军总医院、广西医科大学第二附属医院、湖北省麻城市人民医院以及北京吉因加科技有限公司募集的1673例恶性肿瘤患者和1661例非肿瘤对照者的外周血白细胞基因组DNA进行靶向测序。根据基因组分析工具包(GATK)最佳实践指南进行变异检测分析,采用ANNOVAR、VEP软件进行注释,筛选BET家族中胚系罕见变异。为了确定潜在致病性胚系罕见变异,在ClinVar数据库中检索其致病性的临床和实验证据,并采用SIFT和PolyPhen-2软件预测变异的致病性。以Fisher′s精确检验比较病例组和对照组变异率的差异,采用SKAT软件将性别、年龄作为协变量进行多因素回归分析。结果1673例肿瘤患者中,男911例,女762例;年龄(57.9±11.7)岁;肺癌1111例(66.4%),肠癌266例(15.9%),乳腺癌186例(11.1%),食管癌或胃癌110例(6.6%),同期招募非肿瘤对照1661例,其中男821例,女840例;年龄(44.5±13.9)岁。BRD2基因中共有4个潜在致病性胚系罕见变异,且这4个变异仅存在于17例肿瘤患者中。从肿瘤患者和非肿瘤对照中共筛选出5个存在于BRD3基因上的潜在致病性胚系罕见变异,以及8个存在于BRD4基因上的潜在致病性胚系罕见变异。BRD2基因在肿瘤患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为1.02%(17/1673),高于非肿瘤对照[0(0/1661);OR=+∞,95%CI:4.81~+∞,P<0.001]。BRD3基因在肿瘤患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为0.24%(4/1673),与非肿瘤对照相比,差异无统计学意义[0.12%(2/1661);OR=1.99,95%CI:0.46~10.47,P=0.690]。BRD4基因在肿瘤患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为0.18%(3/1673),与非肿瘤对照相比,差异无统计学意义[0.36%(6/1661);OR=0.50,95%CI:0.14~2.08,P=0.340]。进一步将“华表计划”中国人群全外显子测序数据集用作对照,BRD2基因在肿瘤患者中的变异率为17/3346(0.51%),明显高于对照[0.07%(3/4154);OR=7.07,95%CI:2.32~22.83,P<0.001]。17例携带BRD2基因4个潜在致病性胚系罕见变异患者中,肺癌9例,肠癌6例,乳腺癌1例,食管癌或胃癌1例。BRD2基因在肺癌患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为0.81(9/1111),高于非肿瘤对照[0(0/1661);OR=+∞,95%CI:3.95~+∞,P<0.001];BRD2基因在肠癌患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为2.26%(6/266),明显高于非肿瘤对照[0(0/1661);OR=+∞,95%CI:9.03~+∞,P<0.001]。携带BRD2基因罕见变异的患者具有更早的肠癌发病年龄[(47.0±7.4)比(57.2±12.1)岁,P=0.017]。结论BRD2基因可能是肺癌、肠癌的候选遗传易感基因,携带BRD2基因潜在致病性胚系罕见变异具有更高的肺癌、肠癌发病风险以及更早的肠癌发病年龄。

摘要：目的利用CRISPR/Cas9技术,构建靶向精氨酸甲基转移酶3(PRMT3)的基因编辑质粒,建立prmt3基因稳定敲除的A549细胞株,检验prmt3基因敲除效率及其对A549细胞增殖的影响。方法设计靶向prmt3基因的sgRNA序列,将合成的片段克隆到CRISPR/Cas9质粒载体Lenti CRISPR中,挑取单克隆进行测序验证。将构建好的重组质粒和空载体分别进行慢病毒包装,并感染A549细胞,利用嘌罗霉素进行筛选获得PRMT3稳定敲除细胞株,Western印迹检测细胞中PRMT3蛋白的敲除效率。将敲除PRMT3的A549细胞进行单克隆分选,分别利用平板克隆形成实验检测PRMT3敲除后细胞增殖能力,平板划痕实验检测其迁移能力,流式细胞技术检测细胞周期的变化,质谱进行蛋白质组学分析,初步筛查PRMT3可能的底物。结果经测序验证,成功构建了靶向prmt3基因的Lenti CRISPR-PRMT3-sgRNA质粒。经Western印迹检测,A549 PRMT3敲除株中PRMT3的蛋白表达水平明显降低。经单克隆分选,成功获得PRMT3完全敲除的A549细胞株。PRMT3敲除导致A549细胞的克隆形成能力明显增强,细胞迁移能力不变,细胞周期发生G2/M期阻滞。进一步用蛋白质组学的方法初步鉴定了PRMT3可能的底物。结论利用CRISPR/Cas9技术成功构建了PRMT3稳定敲除的A549细胞株,发现PRMT3能调控细胞周期和增殖,并对其分子机制做了初步探索。

摘要：植物蛋白质组是植物生理特征的动态反映,在植物生长发育、组织器官分化、抵御外界干扰等生理病理过程中发挥着重要作用。综述了基于质谱技术的植物不同器官、不同发育阶段、响应生物及非生物胁迫过程中的蛋白质组学研究进展,以期对后续植物蛋白质组学的研究提供思路设计和试验方法上的参考。