摘要：为缩短J亚群禽白血病病毒(subgroup J avian leukosis virus, ALV-J)检测周期,进一步加快禽白血病净化进程,本研究结合SYBR GreenⅠqPCR和混样检测,建立了一种适用于低ALV-J流行率场景下的快速筛检ALV-J的血液核酸筛查技术(ALV-J blood quantitative polymerase chain reaction, ALV-J-B-qPCR)。根据GenBank中ALV-J pol及env基因序列,设计ALV-J的特异性引物,并优化反应条件,建立了ALV-J SYBR GreenⅠqPCR检测方法。以ALV-J病毒分离为阳性的鸡抗凝血为实验材料,分别制备抗凝血DNA、血细胞DNA、外周血淋巴细胞DNA、外周血淋巴细胞cDNA和血浆cDNA 5类血液检测模板进行ALV-J的PCR检测,筛选最佳检测模板;进一步比较蒸馏水破裂红细胞法提取混合血液DNA的混样方法,血液混样总体积为200μL的混样方法,血液混样总体积为10μL的混样方法共3种混样方法的检测准确性,筛选最佳混样方法。综合上述qPCR方法、检测模板与混样方法,成功建立了ALV-J-B-qPCR。运用ALV-J-B-qPCR分别进行预期流行率为1%~2%、4%~5%场景下的模拟筛查试验,并与病毒分离法比较。qPCR方法的特异性、灵敏性和重复性试验显示,该方法仅特异性扩增ALV-J,对标准质粒的最低检测限度为1×10^(2)copies·μL^(-1),批内与批间变异系数均<1%。对90份临床送检血液样品的检测结果显示,该qPCR方法对ALV-J的检出率(15.6%)高于p27抗原ELISA和普通PCR的检出率(12.2%)。检测模板筛选试验中,抗凝血DNA最符合检测准确度高、操作复杂度和成本低的要求,为最佳检测模板。混样方法摸索试验中,混样总体积为10μL(混样规模<12份)的混样方法检测准确性最高,为最佳混样方法。在样本数为400份,预期流行率为4%~5%场景的模拟筛查中,ALV-J-B-qPCR检出率为6.25%,比病毒分离法高2.00%;在样本数为400份,预期流行率为1%~2%场景的模拟筛查中,ALV-J-B-qPCR检出率为2.25%,比病毒分离法高0.75%。本研究建立的ALV-J-B-qPCR技术具有灵敏性高、检测快速和节约成本的优势,为种禽场加快ALV净化进程提供了新的思路和方法。

摘要：采用逆转录-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)和成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)检测系统,建立一种快速、高灵敏度和高特异性的禽流感病毒(AIV)H5亚型核酸检测新方法。通过分析342条禽流感病毒H5亚型的HA基因序列,选取保守性区域设计具有强特异性的CRISPR RNA(crRNA)序列以及RT-RAA引物,并对检测体系中的主要成分LwaCas13a蛋白、crRNA、TaqMan探针、T7 RNA Polymerase、NTP Buffer Mix含量进行优化,建立了基于RT-RAA的AIV H5亚型核酸CRISPR-Cas13a检测方法。取105~1 copies·μL^(-1)含有目的基因的质粒标准品和其他亚型禽流感病毒以及其他禽病病毒分别验证和评价该方法的灵敏性和特异性。结果表明,本文设计的RT-RAA引物与crRNA特异且灵敏,其最佳反应体系中主要成分用量分别为LwaCas13a蛋白(60μg·mL^(-1))2.0μL、crRNA(100μmol·L^(-1))3.2μL、TaqMan探针(50μmol·L^(-1))1.28μL、T7 RNA Polymerase 0.25μL、NTP Buffer Mix 2.0μL。该方法检测灵敏度可达1 copy·μL^(-1),且与AIV H3、H6、H7、H9、H10亚型以及NDV、IBV、IBDV、DTMUV无交叉反应。对56份已知的临床样品进行检测,检测结果与荧光定量RT-PCR符合率为98.2%。综上,本研究通过RT-RAA等温扩增技术结合CRISPR-Cas13a基因编辑技术建立了针对AIV H5亚型的快速检测平台,该方法从样本的核酸抽提到获得检测结果的时间控制在1 h 20 min以内,为AIV H5亚型高灵敏度和高特异性的临床快速检测提供了新的技术手段,具有良好的应用前景。

摘要：参照GenBank中已发表的多杀性巴氏杆菌种特异性基因KMT-1的保守序列设计1对引物,建立了牦牛多杀性巴氏杆菌实时荧光定量RQ-PCR检测方法。获得的标准曲线相关系数R值为0.9998,标准曲线的线性范围达到1.0×100～1×1010拷贝。对大肠埃希氏菌、肺炎克雷伯氏菌和伤寒沙门菌等非巴氏杆菌进行检测,结果均为阴性。结果表明,本研究建立的荧光定量RQ-PCR方法敏感性高,特异性强,为青藏高原牦牛多杀性巴氏杆菌病的早期诊断及分子流行病学调查提供了一种新的快速检测方法。

摘要：2021年6月初,我国报道了全球首例H10N3亚型禽流感病毒感染人的事件,该亚型病毒具有跨宿主感染人类的能力,对社会公共卫生安全形成潜在的重大危害,因此,亟须建立一种快速、简便、适用于实验室的H10N3亚型禽流感病毒核酸检测方法。将自GISAID下载的H10N3亚型禽流感病毒HA基因和NA基因序列进行分析比对后,根据其保守区域设计并筛选出2对特异性检测引物,分别对引物浓度、核酸浓度、退火温度、循环数等进行优化,以确定最佳反应条件,建立禽流感病毒H10N3亚型一步法双重RT-PCR检测方法。结果显示,该方法可分别扩增出407 bp和602 bp禽流感病毒H10基因和N3基因的特异性条带,且不与H1N1、H3N2、H6N6、H7N9、H9N2亚型禽流感病毒以及NDV、IBV、IBDV、DTMUV发生交叉反应。该方法灵敏度高,最低检出限为900 pg。在对36份已知的临床样品的检测中,H10N3亚型禽流感病毒阳性率为2.78%,与禽流感H10Nx基因型、Hx N3基因型一步法RT-PCR检测方法以及病毒分离鉴定结果一致,符合率均为100%。上述结果表明,本研究建立的一步法双重RT-PCR方法可以在一次PCR反应中检出H10与N3亚型禽流感病毒混合感染或者单一感染样品,为兽医工作者开展H10N3、H10Nx和Hx N3亚型禽流感的临床诊断和流行病学监测提供了一种简单、有效的分子生物学快速检测方法。

摘要：根据近5年来GenBank发布的猪A群轮状病毒(RVA)VP6基因序列,针对保守区域设计1对特异性引物,优化反应体系及条件,建立了TB Green实时荧光定量PCR方法。该方法在模板浓度为1.06×10^8 copies/μL~1.06×10^2 copies/μL范围内线性关系良好,相关系数R^2=0.9975,最低检出浓度为106 copies/μL;批内及批间变异系数小于2%。利用该方法对猪RVA亚型G3、G4、G5、G9和G26检测均为阳性,而对猪常见病原(猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒、猪呼肠孤病毒MRV、猪捷申病毒、巴氏杆菌、链球菌以及猪等孢球虫)检测均为阴性。对91份临床腹泻样品进行检测,研究建立的猪RVA TB Green实时荧光定量PCR检出率(43.96%,40/91)高于已报道的猪RVA SYBR Green荧光定量PCR(42.86%,39/91)和国家标准RVA的普通RT-PCR(12.09%,11/91),且符合率为100%。建立的RVA荧光定量PCR检测方法为流行病学调查和早期诊断提供了技术支撑。

摘要：为建立鹦鹉博尔纳病毒4型SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,通过扩增病毒M基因并与pMD19-T载体连接,构建重组质粒作为标准品,根据M基因序列设计特异性定量引物,进行了荧光定量PCR的敏感性、特异性、重复性试验。结果显示,荧光定量PCR比普通PCR检测灵敏度高100倍,可检出最低拷贝数为6.7×10^2 copies,μL的标准品,而普通PCR只能检测到最低拷贝数为6.7×10^4 copiesμL的标准品;用荧光定量PCR方法检测H5N6、H7N9、H9N2 AIV,NDV,IBV时均未见扩增;批内及批间重复变异系数均小于1%;对8只鹦鹉脑组织样品进行检测,荧光定量PCR检出阳性样品6份,普通PCR检出阳性样品4份,检出率两者相差25%。采用本方法对64份临床采集的鹦鹉粪便样本进行检测,结果筛选出阳性样品1份。以上结果表明,本研究建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法具有良好的灵敏性、特异性和重复性,可用于鹦鹉博尔纳病毒4型的检测。

摘要：根据H 7N 9亚型禽流感病毒(AIV)的HA和NA基因保守区域,分别设计了2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了基于高分辨率熔解曲线(HRM)分析的H7N9亚型AIV检测方法。结果显示,该方法特异性强,其他常见禽源病毒及非H7亚型和非N9亚型的AIV不能形成特异熔解峰形;灵敏度高,对H7和N9阳性质粒的最低检测限分别达到1.0×101 copies/L和1.0×100 copies/L;重复性好,熔解峰Tm 1和Tm2的批内和批间变异系数均<1%;临床样本检测与某商品化H7N9亚型AIV定量PCR检测试剂盒比较,符合率为100%。该方法可用于临床疑似病例的应急检测、早期诊断及养鸡场、活禽交易市场等外环境H7N9亚型AIV的监测。

摘要：为建立可同时检测临床上主要流行的JK亚群禽白血病病毒(Avian leukosis virus subgroupJ/K,ALV-J/K),选取ALV-J(CHN06)pol基因3′端和gp85编码基因之间的保守区域及ALV-K(GDFX0601)gp85编码基因保守区域设计引物和TaqMan探针,经过优化反应条件,建立了可同时检测ALV-J和ALV-K的双重荧光定量PCR方法,并通过特异性实验、灵敏性实验和稳定性实验对该方法进行评估。结果显示,该方法仅能特异性扩增ALV-J和ALV-K,与A、B、E亚群ALV及其他常见禽类病毒等均无交叉反应;其最低检测限度为3.16×10^(1)copies/μL,比普通PCR灵敏性高100倍;其批内与批间变异系数均小于2%;将101份血浆样品接种DF-1细胞,并分别通过ALV-J/K双重荧光定量PCR、ALV p27 ELISA和普通PCR检测,结果显示,3种检测方法的总阳性率分别为17.8%(18/101)10.9%(11/101)和10.9%(11/101)。以上结果表明,该方法具有良好的特异性、灵敏性和稳定性,可为ALV-J和ALV-K的诊断提供技术支持。

摘要：根据鸡九次跨膜超家族成员2(chicken transmembrane 9 superfamily 2,chTM9SF2)预测序列设计引物,以原代鸡胚成纤维细胞CEF、鸡成纤维细胞系DF1和鸡肝癌细胞LMH的cDNA为模板,采用PCR方法扩增chTM9SF2编码序列,并利用MEGA 7.0、Clustal W、SWISS-MODEL等生物信息学工具对鸡、鸭、人、鼠等不同物种来源的九次跨膜超家族成员2(transmembrane 9 superfamily 2,TM9SF2)进行遗传进化、同源性、结构域及结构模拟等分析;进而通过构建真核表达质粒,利用Western blot、激光共聚焦显微镜探究chTM9SF2的表达和亚细胞定位。结果显示,分别在3类细胞中均可成功获得编码序列一致的chTM9SF2基因,与禽类的同源性最高,且高度保守;该基因能够在DF-1细胞中表达,且主要定位于晚期内体或溶酶体膜。结果表明,成功扩增获得chTM9SF2基因,并在DF-1细胞成功表达,分析其定位于晚期内体或溶酶体膜,为进一步研究chTM9SF2的生理功能及在病原感染中的作用奠定了基础。