摘要：Xhhh是由真核、原核两界生物3个亲株PC、SC、XZ的原生质体跨界融合而成的基因工程茵。本研究以Xhhh及其三亲株(PC、SC、XZ)的基因组DNA为扩增模板,筛选出的38条引物,应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术扩增出739条清晰条带,平均每条引物扩增出了7条清晰可重复的条带。通过聚类分析,结果显示Xhhh与PC、SC与XZ的遗传相似指数SI分别为36.21%、37.73%和37.48%,提示Xhhh与三亲株间存在明显的亲缘关系。研究同时根据已公布的mnp、lip以及FLO1核酸序列设计了相应的功能基因引物,并从Xhhh及其亲株中扩增出了mnp、lip以及FLO1功能基因片段,表明RAPD结合功能基因PCR扩增技术可以快速、经济、准确的用于跨界原生质体融合菌株的分子鉴定,以及其它融合子的鉴定。