摘要：用密度泛函方法和ZINDO方法,从理论上研究了一系列四羧酸二萘嵌苯的衍生物(PTCDs).对其平衡几何、电子结构和单双光子吸收性质进行了详细的计算研究.结果表明,此系列衍生物的双光子吸收截面主要由其主体结构(二萘嵌苯)决定.△EH-L(HOMO与LUMO间的能隙)的减小,HOMO轨道能量的增大,分子主轴两端取代基给电子强度的增强,共轭长度的增大以及分子刚性的增强都有利于此系列化合物双光子吸收截面的增大.并设计了比文献报道的C分子有更大的双光子吸收截面的两个分子D1,D2.

摘要：利用密度泛函方法(DFT)和单激发组态相互作用(CIS)方法,在6-31G(d,p)基组水平下优化了咔唑分子和14种双咔唑结构异构体的基态和激发态结构,在此基础上,用含时密度泛函(TD-DFT)方法在相同基组水平下计算了模型分子的吸收和发射波长及电荷跃迁性质.讨论了双咔唑构型的变化带来的性质上的变化,与实验值相比得到了精确的计算结果.通过双咔唑的前线轨道能量值、电离能和亲和势及重组能的变化,全面研究了不同构型的应用,为实验上的设计和合成提供了思路.

摘要：采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮对MMP-7有更好的效能,这与实验测得的活性顺序相符.另外,密度泛函理论的计算结果表明,此类抑制剂能够通过ZBG以单配位的形式与MMPs的Zn2+相互作用.理论计算的结果可能有助于抑制剂的设计及其效能的改善.

摘要：在 ZINDO方法基础上 ,按完全态求和 ( SOS)公式编制程序并计算了第一超极化率 β,研究了巴比妥酸系列衍生物分子的结构、光谱和第一超极化率β( -2ω,ω,ω) ,β( 0 ,0 ,0 ) .考察了给体、桥和受体的变化、D-π-A结构及 D-A-D结构和 D-A结构对 β的影响 ,设计了一系列有实际应用价值的热稳定性好 。

摘要：设计并合成了谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)模拟物6A,6A′-二苯胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-AnSeCD).采用双酶偶联法测定GPX的活力结果显示,6A,6A′-二环己胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-CySeCD)催化谷胱甘肽还原H2O2和枯烯H2O2的活力均比6-AnSeCD的高.为了进一步考察6-CySeCD和6-AnSeCD与GSH之间的相互作用,进行了分子动力学(MD)模拟和分子对接研究.结果表明,与GSH的结合使GPX模拟物的构象发生变化,这种改变可能是影响桥连GPX模拟物催化活性的关键因素.

摘要：采用分子动力学模拟的方法,构建了人促红细胞生成素模拟肽与其受体胞外结合片段的相互作用的分子动力学模型.通过对该模型的结构研究和理论分析,对模拟肽与受体结合机制提出了新的理论解释.根据EBP活性口袋的静电势分布,对二聚体小肽激活剂的每条链上的部分氨基酸进行了突变,分别用电性更强的氨基酸来代替部分疏水氨基酸,计算结果显示,突变后的二聚体小肽激活剂对EBP的"亲和力"明显增强.

摘要：用AM1和ZINDO系列方法研究了以螺原子连接的立体交叉型分子的几何构型 ,研究了各分子的稳定构型并以稳定构型为基础 ,计算了这些分子的电子光谱 ,二阶非线性光学系数 βμ,β0 ,考察了取代基变化对 βμ 的影响 .计算结果表明所设计分子兼具较大的二阶非线性光学系数和较高的透过率 ,有希望成为一类新型的二阶非线性光学材料 .

摘要：以 ＩＮＤＯ／ＳＣＩ方法为基础，利用完全态求和（ＳＯＳ）公式，计算了一系列新推－拉型多环电光聚合物中间体的三阶非线性光学系数γ（一ω；ω，－ω，ω）和γ（０；０，０，０），研究了γ与分子骨架、给受取代基和噻吩环数目（共轭分子链长的关系）及其与外场频率的关系，表明在链不十分长时，γ与链长的２．６９次方成正比．

摘要：通过同源模建和分子动力学模拟构建了人类胞外信号调节激酶1(hERK1)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的合理性.对所得的结构使用分子对接程序Affinity和CDOCKER进行了两种抑制剂的对接.结果显示这两种抑制剂与酶的结合方式相似,它们均与残基K36,Q87之间存在氢键作用,二者取代基的不同导致了抑制能力的差别.基于对接结果分析,对已知抑制剂进行结构改造,得到了一个理论上结合能力更强的抑制剂.它在保持与K36和Q87之间氢键的同时,又与残基D93,K96,S135形成了四条氢键,显著提高了与酶的相互作用.对接相互作用能显著下降,MM-PBSA结合自由能降为负值,这些均体现了抑制能力的提高.本工作对于针对该酶的抑制剂设计和相关疾病的新药开发具有理论指导价值.

摘要：采用CASSCF方法和ANO-S基组计算了FONO2分子及其阳离子的低能激发态,并采用CASPT2方法进行能量校正.预测了在低能激发态时FONO2分子的几何结构发生了很大变化,从基态的平面构型转变为空间的几何构型.然而在阳离子中没有发生相似的几何构型改变.此外,在分子的基态几何构型下,设计并计算了相应阳离子的垂直离子势,对分子的光电子谱给出了详细的解释.