摘要：当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降.因此本研究假设:通路变异性程度在不同表型中存在差异.本文设计了14种描述通路变异性的统计量与检验方法,检测不同表型下变异性有差异的通路即富集通路,并将富集结果与文献检索结果进行比较,同时,分析不同芯片预处理方法对数据和结果的影响.研究结果表明:5种预处理方法中,多阵列对数健壮算法(RMA)是数据预处理的最优方法;不同表型下通路的变异性程度存在差异;根据文献检索的通路结果,14种基于变异性的通路富集方法中,以通路中各基因欧氏距离的方差做统计量进行permutation检验(方法 11)能有效识别显著通路,其富集结果优于基因集富集分析(GSEA).综上所述,基于通路变异性的通路富集策略具有可行性,不仅对通路富集分析有一定的理论指导意义,而且为人类疾病研究提供新的视角.

摘要：基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用是一种有效的基因转录调控机制.尽管基因启动子甲基化水平已经可以通过实验测量,但仍未有有效的方法利用这些数据定量分析甲基化对转录因子结合的影响.设计一个通用模型来描述基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用.在特定细胞环境下,通过基因表达与转录因子在基因启动子上结合值之间的相关性分析,实现模型参数求取,并基于该模型进行甲基化对转录因子结合的抑制作用分析.神经细胞生物实验数据测试证明了该方法的有效性.

摘要：为了对低信噪比的超声图像进行有效分割,提出一种谱聚类集成的超声图像分割算法.首先用改进的全变差去噪模型对超声图像进行有效的去噪;然后用聚类集成的方法对去噪后的图像进行图像分割,基聚类器采用K均值算法,集成采用改进的谱聚类算法;最后用K均值算法对谱聚类集成的结果进行再次聚类,得到最终的集成聚类分割结果.实验结果表明,与现有的方法相比较,该算法分割效果更好.

摘要：目的推荐并改进一种用于新药临床试验中生存分析三臂非劣效性设计的半参数统计推断方法。方法采用Cox比例风险模型建立用于生存时间数据的三臂非劣效检验方法,通过模拟试验验证该方法的有效性,并给出样本含量估计的R语言程序。结果模拟试验结果证实,在样本删失风险率维持在一定水平时,三臂Cox模型能有效地控制I类错误发生概率,并保证较高的检验效能,实际应用简单有效。结论本文推荐的方法,可以有效地应用于三臂生存时间数据的非劣效性研究。

摘要：以医用高等数学为例,基于目标导向、问题导向和结果导向对教学改革进行探索。对传统医用高等数学授课模式存在的问题进行梳理,提出了“五步法”教学改革方案,进行了课程思政设计和思政元素挖掘。调查和考核评价都显示“五步法”对医用高等数学教学改革起到了较好的效果,但对学习小组的督促力度还不够,部分学习小组的成绩相对较低,未来应加强对小组的阶段性考核,以此来强化小组的学习结果导向。基于目标导向、问题导向和结果导向的教学改革真正做到了以学生为中心,说明这三个导向是教学改革中经得起检验的方法论。

摘要：目的:动脉粥样硬化是一种高致死率的慢性炎症疾病,其发生和发展的机制尚不明确。本文基于人类信号网络和基因表达谱数据对动脉粥样硬化相关模块进行挖掘,以探究其在疾病发生发展中的作用机制。方法:结合人类信号网络和基因表达谱数据,设计显著差异模块筛选策略,通过功能分析,挖掘动脉粥样硬化相关模块,对动脉粥样硬化的致病机制进行研究。结果:基于网络模块的平均表达值改变量,采用两种随机方法,进行显著差异模块筛选,最终获得8个动脉粥样硬化相关的显著差异模块。结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与动脉粥样硬化相关的模块,获得潜在的致病基因,并从外周血的基因表达改变来探究动脉粥样硬化致病机制,这对动脉粥样硬化的诊断、治疗以及发生发展机制的研究具有重要意义。

摘要：在医学院开展程序设计的教学过程中,通过精选医学数学模型,对授课内容以及教学方式进行改革,引入任务型教学法和分组讨论的教学模式,有助于提高学生对于程序设计课程的理解和学习的积极性,把程序设计当成生物数据分析的基本工具,进而培养学生的思考和动手能力。

摘要：目的:静脉血栓是一种高复发风险和高致死率的疾病,其形成和复发的分子机制尚不明确。基于人类信号网络和基因表达谱数据可针对静脉血栓经华法令抗凝治疗后的复发机制进行研究。方法:结合表达谱数据和人类信号网络,设计差异模块筛选策略,通过功能分析、差异表达分析和已知血栓相关基因及药物靶基因的互作关联研究,获得与静脉血栓复发相关的显著差异模块。结果:最终获得8个与静脉血栓复发密切相关的显著差异模块,评估了华法令治疗静脉血栓的效能,提出了联合用药的3种可能途径。结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与静脉血栓复发相关的模块,探究静脉血栓复发的分子机制和评估华法令的治疗效能。还提供了潜在的联合用药途径,这对治愈血栓、防治血栓复发及复发机制的研究具有重要意义。

摘要：生物分子网络课程是目前高校生物信息学专业学生的必修课程,也是为其他专业开设的生物信息学课程中的必需知识。生物分子网络课程内容具有理论性强,内容较复杂,是图论知识的综合应用等特点。因此,需要灵活应用多媒体,并结合探究式、启发式、任务驱动式等多种教学方法,从实际问题出发,以所学理论知识为基础,充分结合学生自身掌握的计算机程序设计语言、数学和生物知识,以学生自由探索为导向进行教学改革,进而提高学生学习生物分子网络课程的兴趣,达到活学活用,提升教学质量。

摘要：该研究通过对生物信息学专业程序设计语言课程的教学现状进行分析,发现程序设计语言课程在教学中存在的问题,探索适合于生物信息学专业特点的本科生程序设计语言课程的教学方法。