摘要：基质金属蛋白酶-13(MMP-13)为预防和治疗骨关节炎(OA)提供了充满希望的靶标.通过抑制剂来阻断MMP-13的活性将会对治疗OA疾病产生潜在的作用.然而,宽谱抑制剂同样抑制MMP家族的其它成员,特别是MMP-1,这将会导致肌与骨的综合症.因此,设计和发现潜在的MMP-13相对于MMP-1的高效选择性抑制剂,在对治疗OA新型药物的研发中具有相当重要的现实意义.本研究通过两种机器学习方法(ML):支持向量机(SVM)和随机森林(RF)来建立分类模型,用于预测不同结构的MMP-13对MMP-1的选择性抑制剂.所建这些模型的预测效果都已经达到了令人满意的精度.在这两种ML模型中,RF对于MMP-13选择性抑制剂和非抑制剂的精度分别达到97.58%和100%.同时,与MMP-13对MMP-1的选择性抑制最相关的分子描述符也基于不同的特征选择方法被两种模型挑选出来.最后,用预测效果最好的RF模型虚拟筛选了ZINC数据库的"fragment-like"子集,从而得到了一系列潜在的候选药物.研究表明,机器学习方法,特别是RF方法,对于发现潜在的MMP-13选择性抑制剂十分有效.同时还得到了一些与MMP-13的选择性抑制相关的分子描述符.

摘要：为了研究基因的特征、理化特性及其功能机制,通常需要构建多个真核表达载体,涉及到多次的引物设计、酶切、连接和鉴定等繁琐的亚克隆过程。构建携带易于多种实验研究的多用或通用载体是基因工程载体的发展方向。为此,利用pIRES载体为骨架质粒,在A和B多克隆位点上分别插入c-Myc标签蛋白序列和增强型绿色荧光蛋白(EGFP)序列,从而构建了一个包含c-Myc标签蛋白序列并携带有核糖体结合位点(IRES)介导的增强型绿色荧光蛋白的真核表达载体pCMV-Myc-IRES-EGFP。通过荧光检测和免疫印迹实验证实该载体能在哺乳细胞中表达。该载体可用于监测细胞的转染效率、分选稳定表达的阳性细胞群体、体外转录和翻译、检测或纯化目的蛋白以及捕获相关作用蛋白等多种实验研究,为基因功能研究提供了便利。

摘要：目的:探讨组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDACi)甲磺酸普依司他(PM)对套细胞淋巴瘤(MCL)细胞系的抗增殖活性，以及对MCL皮下移植瘤小鼠模型的抗肿瘤效果。方法:选择MCL细胞系Jeko-1和Granta-519，以及非肥胖糖尿病/重度联合免疫缺陷(NOD/SCID)小鼠为研究对象，采用不同浓度梯度PM原料药(PMF，终浓度分别为0.1、0.3、0.5、1.0、2.0、4.0 nmol/L)和同浓度帕比司他(LBH589)分别处理Jeko-1，采用不同浓度梯度PMF(终浓度分别为0.4、0.8、1.6、3.1、6.3、12.5 nmol/L)和同浓度LBH589分别处理Granta-519。加药孵育120 h后，采用细胞计数试剂盒(CCK)-8法检测细胞增殖活性并计算半数抑制浓度(IC50)值。建立Jeko-1 NOD/SCID小鼠皮下移植瘤模型，按照给药种类和剂量将其分为PM 2.5 mg/kg组( n＝7)、PM 5 mg/kg组( n＝7)、PM 10 mg/kg组( n＝7)、LBH589 10 mg/kg组( n＝6)和溶剂对照组( n＝7)。于给药第21天时，观察各组小鼠的相对肿瘤抑制率(T/C)、瘤重及肿瘤生长抑制率。不同组别间瘤重比较，采用单因素方差分析。同浓度PMF和LBH589的细胞增殖抑制率比较，采用双因素方差分析。动物实验方案的设计获得了四川大学华西医院动物实验中心伦理委员会的批准，符合国际通行的实验动物使用规范。 结果:①加药孵育120 h后，PMF和LBH589以剂量依赖性方式抑制Jeko-1和Granta-519的细胞增殖。除终浓度为0.1、0.3 nmol/L的PMF与同浓度LBH589相比外，其余各终浓度PMF对Jeko-1的细胞增殖抑制率均高于同浓度LBH589，并且差异有统计学意义(终浓度为0.5、1.0、2.0、4.0 nmol/L PMF比同浓度LBH589： F＝311.4、39 470.4、1 232.7、4 575.4， P＝0.03、<0.000 1、＝0.001、<0.000 1)。Jeko-1中PMF的IC50值为(366.8±3.4)pmol/L，低于LBH589的(1 570.0±51.6)pmol/L，并且差异有统计学意义( F＝2 367.4， P<0.000 1)。不同终浓度PMF对Granta-519的细胞增殖抑制率均高于同浓度LBH589，并且差异均有统计学意义(终浓度为0.4 、0.8、1.6、3.1、6.3、12.5 nmol/L PMF比同浓度LBH589： F＝15.8、190.0、172.1、314.5、741.5、236.8， P＝0.028、＝0.001、＝0.001、<0.000 1、<0.000 1、＝0.001)。Granta-519中PMF的IC50值为(2.9±0.1)nmol/L，低于LBH589的(7.4±0.4)nmol/L，并且差异有统计学意义( F＝686.4， P<0.000 1)。② PM 2.5、5、10 mg/kg和LBH589 10 mg/kg组小鼠d21(给药9次)时，T/C值分别为58.6%、26.0%、16.6%、24.1%，治疗有效。③ d21(给药9次)时，PM 2.5、5、10 mg/kg和LBH589 10 mg/kg组小鼠的瘤重分别为(2.1±0.4)g、(0.9±0.2)g、(0.9±0.2)g、(1.4±0.4)g，均低于溶剂对照组的(3.7±0.7)g，并且差异均有统计学意义( F＝16.2、78.1、83.4、36.7， P<0.002、0.000 1、0.000 1、0.000 1)，PM 5、10 mg/kg组小鼠瘤重均低于LBH589 10 mg/kg组，并且差异亦有统计学意义( F＝8.3、10.3， P＝0.015、0.008)。除PM 2.5 mg/kg组(38.0%)外，PM 5、10 mg/kg和LBH589 10 mg/kg组小鼠的肿瘤生长抑制率分别为73.8%、74.4%、58.0%，均治疗有效。 结论:PM作为一种新型高选择性HDACi，在MCL细胞系的抗细胞增殖作用明显，并优于已上市的LBH589，其在皮下移植瘤模型小鼠体内也表现出显著的抗肿瘤效果。

摘要：目的为了研究非天然氨基酸的合成,推广其在现代制药工业中的应用,设计并合成了环苏氨酸(丝氨酸)洐生化的甘氨酸Ni(Ⅱ)螯合物。方法以苏氨酸(丝氨酸)为原料,通过与甲醛成环,(Boc)2O保护氨基,再与2-氨基-二苯甲酮成酰胺,脱Boc上的苄基后,最后与Gly和Ni(Ⅱ)在碱性环境下形成平面正方形螯合物。结果和结论目标化合物Ⅱa^d及Ⅲ经1HNMR、MS确证结构。

摘要：流感是一种主要的呼吸道传染病,在普通人群中有着较高的发病率,而对于一些年老和高危病人还有较高的死亡率.研究显示抑制神经氨酸苷酶(NA)可以阻断病毒RNA复制,因此NA是有效治疗H1N1型流感病毒的重要药物靶标.通过计算机方法进行虚拟筛选和预测NA抑制剂已经变得越来越重要.针对酶活性位点进行基于结构的合理药物设计,开发H1N1病毒神经氨酸苷酶抑制剂,已成为药物研究的热点之一.本文通过多种机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的神经氨酸苷酶抑制剂(NAIs)与非神经氨酸苷酶抑制剂(non-NAIs)建立分类预测模型.其中227个结构多样性化合物(72个NAIs与155个non-NAIs)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与神经氨酸苷酶抑制剂分类相关的性质描述符以提高预测精度.本研究对独立验证集的总预测精度为75.9%-92.6%,NA抑制剂的预测精度为64.3%-78.6%,非H1N1抑制剂的预测精度为77.5%-97.5%.SVM法给出最好的总预测精度(92.6%).本研究表明支持向量机等机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的NA抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符.

摘要：目的总结和分析间充质干细胞(MSCs)制剂临床试验注册现状。方法在美国国家卫生研究院(NIH)临床试验登记注册网站上检索2014年12月15日前登记的MSCs临床试验项目,使用SPSS 17.0软件对研究项目数据作统计分析。结果全球共开展430项MSCs临床试验,中国101项,数量均呈逐年增长趋势。主要的研究疾病为移植物抗宿主病、骨关节炎、肝硬化和多发性硬化等。MSCs临床试验的细胞主要来源于骨髓、脐带和脂肪组织,分别占44.4%、20.0%和12.8%。MSCs临床试验以Ⅰ、Ⅰ/Ⅱ和Ⅱ期临床试验为主,共计351项,占81.6%,处于早期临床试验阶段,且试验设计参差不齐。结论间充质干细胞制剂临床试验适应证广,发展迅速但仍处于前期发展水平。

摘要：背景:IgA肾病发病机制迄今不明,目前研究证实IgA肾病患者IgA1分子铰链区β1,3-半乳糖基转移酶的活性降低引起IgA1分子O-糖基化异常是该病发生的重要途径。作者前期研究推测IgA肾病患者外周血B淋巴细胞β1,3-半乳糖基转移酶特性伴侣蛋白Cosmc表达降低可能是IgA肾病糖基化异常原因的中心环节。目的:检测IgA肾病患者β1,3-半乳糖基转移酶特异性伴侣蛋白Cosmc基因编码区的DNA序列,并与Gene Bank公布的序列比对。设计:病例-对照观察。单位:四川大学华西医院肾内科。对象:选择2005-11/2006-08四川大学华西医院肾内科收治的肾病患者37例,包括IgA肾病患者27例和非IgA肾病患者10例,另选择5例健康自愿者,所有观察对象均知情同意。方法:实验于四川大学生物治疗国家重点实验室完成。采集所有观察对象的肝素钠抗凝外周静脉血2mL,采用经典酚氯仿法提取外周血基因组DNA,应用紫外分光光度仪定量DNA的含量,应用聚合酶链反应扩增所有观察对象的β1,3-半乳糖基转移酶特异性伴侣蛋白Cosmc基因编码区,并对每个观察对象的聚合酶链反应产物进行直接测序,将所有测序结果分别与GeneBank公布序列一一进行比对。主要观察指标:β1,3-半乳糖基转移酶特异性伴侣蛋白Cosmc基因编码区的聚合酶链式反应产物扩增结果及测序序列。结果:①Cosmc基因的编码区位于Cosmc基因的257-1213位,扩增后的Cosmc基因大小为1247bp。②IgA肾病患者、非IgA肾病患者以及健康自愿者之间的β1,3-半乳糖基转移酶特异性伴侣蛋白Cosmc基因编码区序列均一致,并与GeneBank公布的序列无差异。结论:未发现IgA肾病患者有Cosmc基因编码区序列异常,提示Cosmc基因编码区序列与IgA肾病IgA1分子的糖基化异常可能无关。

摘要：从石英晶体微天平（QCM）质量灵敏度表达式出发,分析了影响其质量灵敏度分布的因素。在此基础上设计了一种新型电极配置结构的QCM,并利用9MHz的QCM仿真。仿真结果显示,在全电极区域,新型电极结构比圆形电极结构的QCM质量灵敏度分布均匀。最后,采用10 MHz的QCM免疫传感器对卵巢癌进行了实验验证,结果表明,NuTu-19抗体质量在74-370ng内,频率呈线性变化,说明改进电极结构的QCM免疫传感器具有较好的质量灵敏度分布。

摘要：基于片段的药物设计(Fragment-Based Drug Design,FBDD)是药物研发的主流方法之一。如何高效从海量药物大数据中筛选出具有相似分子片段的药物小分子成为生物化学研究领域的挑战性问题。针对目前人工筛选耗时长、效率低、药物筛选周期长等问题,提出一种基于2D模型的药物小分子筛选方法(SMS-2D)。利用计算机自动化筛选出与目标分子片段具有相似片段的药物小分子。实验结果表明:SMS-2D方法能高效地筛选出包含与分子片段具有相似片段的小分子。

摘要：目的对水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)Oka株gC基因进行克隆及序列分析。方法取第40代Oka VZV疫苗株,反复冻融3次后,收集上清,提取病毒DNA,根据NCBI登录的Dumas株VZV序列,设计引物,扩增gC基因,与pMD19-T Vector连接后,热转化至*** Competent Cells JM109中,挑选阳性菌落进行测序;将得到的序列与Gen Bank中登录的其他12株VZV毒株的gC基因序列,进行核苷酸序列和氨基酸水平分析。结果 13株VZV-gC基因开放阅读框(ORF)的核苷酸长度为1 557~1 776 bp,编码的蛋白由519~592个氨基酸组成。核苷酸序列同源性在94.8%~100%之间,氨基酸序列同源性在93.9%~100%之间。R2重复拷贝数为7,Dumas、SVETA和Ellen重复拷贝数为6,LAX1为4。结论 VZV Oka株gC蛋白具有高度的保守性,与其功能的发挥密切相关。