摘要：背景科学、有效地预测重症感染患儿死亡关联因素对降低儿童病死率意义重大。既往重症患儿的病情与死亡关系多采用评分预测(如PCIS等),准确度欠佳。目的通过机器学习联合特征筛选的方法,挖掘对重症感染患儿死亡风险具有早期预警作用的敏感指标。设计队列研究。方法基于全国20个省级行政区域的54家PICU的儿童多中心感染性疾病协作网数据库,纳入年龄>28天至18岁、确诊感染和至少有1个器官发生功能障碍的患儿,统计122项临床特征信息,以出PICU时死亡/恶化或治愈/好转为结局,通过机器学习构建逻辑回归模型(LR)、随机森林模型(RF)、极端梯度提升树(XGB)和反向传播神经网络(BP),筛选重要的临床特征建立重症感染患儿死亡风险预测模型。主要结局指标模型接收者操作特征曲线下面积(AUROC)和模型筛选临床特征性能的优劣。结果2022年4月1日至2023年12月31日协作网数据库中入PICU时确诊重症感染且入PICU时、入PICU 24 h时和出PICU时临床特征记录均完整的(病例1738例,经过数据预处理包括异常值处理、缺失值填充、强制值区间范围检验、归一化处理)1738条信息进入机器学习构建模型。存活或好转患儿1396例,死亡或恶化患儿342例(19.6%)。队列数据按4∶1分为训练集(1390条)和验证集(348条),训练集中存活或好转1116条,死亡或恶化274条;验证集中存活或好转280条,死亡或恶化68条。在训练集中,共输入模型122个临床特征,经过机器模型学习以及特征筛选后,在50轮的5折分层交叉验证下,验证集LR、RF和XGB的AUROC为0.74~0.78。LR、RF和XGB选择重要性大于均值的临床特征构建最优临床特征,尚无比较好的衡量BP特征重要性的方法,LR模型较RF和XGB构建的最优临床特征较为接近临床预期。结论机器学习预测儿童重症感染性疾病死亡/恶化结局表现一般,预测模型筛选的临床特征与临床预期尚有距离。

摘要：目的了解江苏省淮安市H3N2亚型流感病毒的生物学特性和变异情况,为流感疫情防控与疫苗研发提供参考依据。方法选取4株2022年淮安市流感监测网络实验室分离的流感毒株,通过全基因组核酸提取、文库构建,应用Nanopore三代测序平台对H3N2亚型毒株进行全基因组序列测定,利用生物信息学软件比对基因组序列相似性、构建系统发育树,解析氨基酸变异特征。结果8个基因节段之间的核苷酸相似性为97.1%~100.0%,相似性差异最大的是HA基因(97.1%~99.9%),差异最小的是MP基因(98.6%~99.9%)。核苷酸位点变异频率最高和最低的节段分别是HA基因(3.06%)和MP基因(1.43%),不同基因节段核苷酸变异率有统计学意义(χ^(2)=14.293,P=0.046)。HA和NA基因发育树拓扑结构基本一致,3株隶属3C.2a1b.2a.1a进化簇,1株独立属于3C.2a1b.1b进化分支且糖基化位点相较于另外3株在HA1蛋白142NWT、149NGT和NA蛋白436NLS位点发生丢失。4株淮安株均对NA抑制剂和金刚烷胺类药物敏感。结论1株淮安株抗原性发生了改变,与当年疫苗株匹配性较低,建议持续加强H3N2流感病毒的基因监测,为流感防控及流感疫苗筛选提供科学依据。

摘要：目的分析2型糖尿病患者膳食纤维摄入量与肠道菌群的关联,发现相关差异菌群,为改善患者日常饮食,调节肠道菌群,促进健康提供依据。方法采用横断面研究设计,以参与一项健康素养和体力活动干预随机对照试验的356名2型糖尿病患者为研究对象。总热能和膳食纤维摄入量基于3 d 24 h膳食调查数据和中国食物成分表计算。对粪便菌群DNA进行16S rDNA V4高变区测序,采用Qiime2软件进行生物信息学分析。多变量线性回归模型(multivariate analysis by linear models,MaAsLin)方法和广义线性模型用于获得与膳食纤维摄入量有关的肠道菌群。结果研究对象的膳食纤维摄入量处于较低水平,中位摄入量(四分位间距)仅7.4(5.5,9.7)g/d。未发现膳食纤维摄入量高低与肠道菌群Alpha多样性有关,但基于Jaccard距离矩阵(PERMANOVA P=0.016)计算的Beta多样性在两组间差异有统计学意义。低膳食纤维摄入组有较高丰度的梭杆菌属(Fusobacterium)、柯林斯菌属(Collinsella)和普雷沃菌属(Prevotella),而高膳食纤维摄入组则有较高丰度的黄体链球菌(Streptococcus Luteciae)、脆弱拟杆菌(Fragilis)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结论2型糖尿病患者膳食纤维摄入量与肠道菌群组成有关联。较低膳食纤维摄入量与高丰度的有害菌有关,而较高摄入量与较高的双歧杆菌属丰度有关,提示增加膳食纤维摄入可能对患者的肠道菌群和健康有积极作用。

摘要：目的预测既往未接种疫苗的新型冠状病毒原型株有症状感染者再次感染奥密克戎变异株后发生不同临床结局的保护概率。方法数据来源于一项系统综述与荟萃分析。此项综述系统检索了PubMed、Embase、Web of Science和Europe PMC等数据库,纳入自2020年1月1日至2022年10月2日期间发表或上传的新型冠状病毒原型株有症状感染者体内中和抗体动态变化的研究,并提取文献学信息、研究设计、血清学实验信息和抗体结果。根据所提取的抗体滴度数据的散点分布特征,使用基于高斯分布的广义加性模型,对基于对数转换后的中和抗体滴度值进行拟合,得到新型冠状病毒原型株有症状感染者体内中和抗体随时间动态变化的数据。本研究选取了该综述结果中第28、51、261天自然感染者的抗体滴度用于预测分析。结果既往未接种疫苗的新型冠状病毒原型株有症状感染者体内产生的中和抗体可对其再次感染奥密克戎变异株提供一定的保护,保护概率随时间逐渐减弱。患者在出现症状后第28天的中和抗体水平能提供针对再次感染奥密克戎变异株BA.5的保护概率为30.3%(95%CI:20.0%~45.5%),针对有症状感染的保护概率为51.5%(95%CI:33.4%~75.9%),针对重症感染的保护概率为91.2%(95%CI:77.1%~97.7%)。再次感染奥密克戎BA.1、BA.4和BA.5变异株的保护概率在出现症状后第261天时下降明显,针对三种临床结局的保护概率分别为9.6%~12.9%、18.4%~23.9%和63.1%~70.3%。在同一时间点、针对同一临床结局,BA.1亚型的保护概率最高,BA.4其次,而BA.5最低。结论既往感染新型冠状病毒原型株且未接种疫苗的有症状患者体内诱导产生的中和抗体,对免于再次感染目前全球主导流行的奥密克戎BA.5亚型以及感染后出现症状的保护概率有限,在出现症状第28天时的保护概率为30.3%,第261天时降至10%左右。但对再感染后免于重症的保护概率较高,出现症状第28天时的保护概率超过90%,第261天时仍超过60%。

摘要：目的对灭螺真菌橘灰青霉菌Z12株培养及发酵条件进行优化,为该菌株及其发酵液灭螺活性物质研发和规模化发酵提供基础。方法采用单因素试验确定橘灰青霉菌Z12株最佳培养基碳源、氮源、无机盐,探索该菌最佳发酵条件;采用Plackett-Burman试验确定显著影响橘灰青霉菌Z12株生长的因素,采用最陡爬坡试验确定各因素最佳取值范围;采用Box-Behnken设计对温度、pH值、接种量和装液量进行响应面试验,建立橘灰青霉菌Z12株发酵回归模型,确定最优培养条件。结果单因素试验初步确定橘灰青霉菌Z12株最佳培养基和培养条件:碳源蔗糖20 g/L左右,氮源胰蛋白胨5 g/L左右,无机盐磷酸氢二钾5 g/L左右,初始pH值8左右,温度28℃左右,接种量6%左右,装液量50 mL/100mL左右。Plackett-Burman试验确定对该菌生长有显著影响的因素包括温度(t=-5.28,P<0.05)、接种量(t=5.22,P<0.05)、pH值(t=-4.30,P<0.05)和装液量(t=-4.39,P<0.05)。最陡爬坡试验结果表明,当pH值为7.5、接种量为8%、装液量为40 m L/100 mL时,菌丝干重最高,以该条件作为响应面试验中心点进行下一步发酵优化。通过Box-Behnken设计的响应面分析确定发酵最佳条件为蔗糖15 g/L、胰蛋白胨5 g/L、磷酸氢二钾5 g/L、温度28.2℃、pH值7.5、接种量10%和装液量35.8 m L/100.0 mL,验证实验中橘灰青霉菌Z12株产量为0.132 g。结论本研究确定了橘灰青霉菌Z12株的最优培养条件,优化后的培养基和发酵条件能有效提升其发酵产量。

摘要：目的分析抗病毒治疗HIV感染者血脂变化轨迹特征及其影响因素。方法基于回顾性队列研究设计,以浙江省台州市2004年1月至2021年4月抗病毒治疗HIV感染者为研究对象,运用χ^(2)检验分析研究对象社会人口学特征和基线指标情况,应用潜在类别混合模型描述研究对象接受抗病毒治疗后血脂变化轨迹,采用多因素logistic回归分析血脂变化轨迹的影响因素。采用R 3.5.0.软件LCMM软件包进行统计学分析。结果2079例HIV感染者中,年龄M(Q1,Q3)为31(43,55)岁,以男性(78.1%,1623/2079)和已婚(58.7%,1221/2079)为主,BMI≥24.0 kg/m2占18.9%(393/2079),异性性传播途径占67.7%(1407/2079)。血脂变化轨迹分为3种:倒U形(2.3%,48/2079)、进展型(31.3%,650/2079)和一般轨迹(U形)(66.4%,1381/2079),倒U形和进展型确定为危险轨迹(33.6%)。多因素logistic回归分析结果显示,相比于抗病毒治疗方案为齐多夫定-替诺福韦-依非韦伦(3TC-TDF-EFV)、基线TC水平<5.2 mmol/L、基线TG水平<1.7 mmol/L、BMI为18.5~23.9 kg/m2、基线CD4+T淋巴细胞(CD4)计数<200个/μl和抗病毒治疗时间<5年者,抗病毒治疗方案一直使用齐多夫定-拉米夫定-依非韦伦(3TC-AZT-EFV)(aOR=1.99,95%CI:1.44~2.77)和更换为克力芝(LPV/r)(aOR=3.17,95%CI:2.00~5.01)、基线TC水平分别为5.2~6.1 mmol/L(aOR=2.55,95%CI:1.92~3.39)和≥6.2 mmol/L(aOR=5.89,95%CI:3.76~9.25)、基线TG水平分别为1.7~2.2 mmol/L(aOR=2.00,95%CI:1.53~2.62)和≥2.3 mmol/L(aOR=6.51,95%CI:4.97~8.54)、BMI为≥24.0 kg/m2(aOR=1.44,95%CI:1.11~1.88)的HIV感染者较容易出现血脂变化的危险轨迹。而BMI为<18.5 kg/m2(aOR=0.55,95%CI:0.35~0.86)、基线CD4计数为200~349个/μl(aOR=0.67,95%CI:0.52~0.87)和≥350个/μl(aOR=0.71,95%CI:0.54~0.94)、抗病毒治疗时长为5~9年(aOR=0.74,95%CI:0.56~0.99)和≥10年(aOR=0.53,95%CI:0.22~0.67)的HIV感染者较不容易出现血脂变化的危险轨迹。结论部分HIV感染者抗病毒治疗后的血脂变化呈危险轨迹状态,与AZT和LPV/r等特定抗病毒药物使用、抗病毒治疗时长、基线CD4计数、TC、TG和BMI显著关联,建议HIV感染者开始抗病毒治疗阶段的同时,加强血脂监测并采取针对性干预措施。

摘要：目的采用检测阴性设计病例对照研究评价23价肺炎球菌多糖疫苗(23-valent pneumococcal polysaccharide vaccine,PPV23)对儿童肺炎球菌[即肺炎链球菌(Streptococcus pneumonia,Spn)]相关呼吸道感染疾病的保护效果。方法选取2017年1月1日—2020年12月31日因急性呼吸道感染(acute respiratory illness,ARI)在苏州大学附属儿童医院住院治疗的2岁≤年龄<10岁的患儿为研究对象,前瞻性收集呼吸道感染患儿中分离的肺炎链球菌菌株,通过荚膜肿胀实验确定Spn菌株血清型。采用检测阴性设计病例对照研究,病例组为感染PPV23血清型肺炎球菌的患儿,对照组分别为非疫苗血清型(non-vaccine serotype,NVT)患儿(感染非PPV23血清型肺炎球菌患儿)(NVT对照组)和肺炎球菌阴性(Spn–)患儿(临床样本中未检出感染Spn的患儿)(Spn–对照组)。在苏州市疾病预防控制中心的疫苗接种登记数据库中查询患儿PPV23接种的相关信息。采用Logistic回归模型估计PPV23接种的调整比值比,评价PPV23的保护效果(vaccine effectiveness,VE)。结果共纳入1749株Spn菌株,其最常见的血清型依次为19F、6B、23F、6A和19A;PCV13和PPV23疫苗血清型覆盖率分别为76.56%和72.27%。病例组共纳入1264例患儿、NVT对照组485例、Spn–对照组1590例,平均年龄分别为(3.88±1.27)、(4.02±1.43)、(4.52±1.92)岁;病例组、NVT对照组和Spn–对照组PPV23的接种率分别为5.4%、6.8%和5.8%,接种疫苗的平均年龄为(2.53±0.61)岁。以NVT患儿为对照时,通过logistic回归模型调整患儿年龄、临床诊断和其他疫苗接种情况后,PPV23对预防儿童疫苗血清型Spn肺炎球菌相关呼吸道感染疾病的总体保护效果(VE)为18.3%(95%CI=–26.3%~47.1%),对社区获得性肺炎的VE为15.7%,对血清型19F、6B及15B的VE分别为32.8%、16.5%和57.5%,对2~5岁儿童的保护效果(26.0%)优于5岁以上儿童(7.6%)。以Spn–患儿为对照时,通过logistic回归模型调整患儿年龄、户籍、其他疫苗接种情况、就诊年份、就诊季节及临床诊断后,PPV23对2~5岁儿童的保护效果为29.9%(95%CI=–22.0%~59.7%)。结论PPV23对预防儿童疫苗血清型Spn相关呼吸道感染疾病具有一定的保护效果,但随接种后时间的推移而减弱。

摘要：目的评价2011—2021年6~59月龄儿童流感疫苗接种对实验室确诊流感的保护效果,为流感疫苗接种建议和政策制定提供数据支持。方法基于2011年10月—2021年5月在苏州大学附属儿童医院开展的流感前瞻性监测,采用检测阴性设计的病例对照研究方法,将流感阳性病例和阴性对照按年龄和就诊或住院日期进行1:2匹配,使用条件logistic回归分析计算疫苗接种的调整OR值(a OR),并估计流感疫苗效果。结果共监测到符合纳入标准的流感样病例(ILI)5554例,严重呼吸道感染(SARI)病例7737例,在73.3%(9747/13291)查询到疫苗接种记录的研究对象中,当前流感季疫苗接种率为1.79%(174/9747)。流感疫苗总体保护效果为36.8%(95%CI=-4.7%~61.9%),对ILI和SARI的保护效果分别为26.7%(95%CI=-34.8%~60.2%)和53.1%(95%CI=-17.0%~81.2%);对6~35月龄和36~59月龄儿童的保护效果分别为28.9%(95%CI=-31.2%~61.5%)和51.2%(95%CI=-21.3%~80.4%);对6~35月龄儿童,部分接种和完全接种的保护效果分别为21.6%(95%CI=-65.1%~62.7%)和40.6%(95%CI=-66.0%~78.8%)。结论流感疫苗总体保护效果为36.8%,对SARI的保护效果优于对ILI的保护效果,对36~59月龄儿童的保护效果优于对6~35月龄儿童的保护效果;对6~35月龄儿童,完全接种的保护效果优于部分接种。

摘要：许多常见慢性疾病(如癌症、心血管疾病等)的病因都是极其复杂的,遗传因素和环境因素都可能和这些疾病有关.识别这些复杂的病因是流行病学和遗传学研究者共同的目标,两门学科的相互渗透形成了遗传流行病学.相对来说,遗传流行病学是一个比较新的研究领域,它将遗传学和流行病学的设计和方法结合起来,以探索遗传因素和环境因素对疾病的单独作用以及它们对疾病的联合作用.其主要任务是评价环境因素与疾病状态的关联;评价疾病的家庭聚集性;通过分离分析判断疾病的遗传模式;从而最终通过和遗传标记连锁定位出致病基因.

摘要：目的分析上海市社区精神分裂症患者近期应激事件与危险行为发生的关联。方法以上海市徐汇区、虹口区、嘉定区随访管理的9520名精神分裂症患者为研究对象,2018年4月通过问卷调查收集一般人口学特征、服药情况、自知力情况、涉及暴力的精神症状、社会功能、监护情况和最近3个月内应激事件发生情况,2018年7月和10月随访危险行为发生情况。采用多因素Logistic回归方法分析近3个月应激事件发生情况(无/轻微/严重)与危险行为的关系,并按年龄、性别等特征进行亚组分析。结果共纳入7955名研究对象进行分析,随访6个月期间,共观察到危险行为发生有203例,发生率为2.55%。多因素调整相关因素后,以近3个月无应激事件的患者为参照,有轻微应激事件的患者危险行为发生风险是其7.18倍(95%CI:4.17~12.37),有严重应激事件的患者危险行为发生风险是其9.33倍(95%CI:2.33~37.41)。分层分析结果提示,在教育程度为初中和高中的分层中,存在近3个月应激事件的患者发生危险行为风险分别是无应激事件患者的7.37倍(95%CI:3.27~16.61)和21.65倍(95%CI:8.95~52.40);而在教育程度为小学及以下的患者中,这一比值是2.32(95%CI:0.19~27.88,P_(for interaction)=0.010)。在规律服药的分层中,存在近3个月应激事件的患者发生危险行为风险是无应激事件患者的12.61倍(95%CI:6.95~22.88);而在未规律服药的患者中,经历应激事件者发生危险行为的风险是未经历者的2.86倍(95%CI:0.82~9.97,P_(for interaction)=0.015)。结论在上海市社区精神分裂症患者的队列研究中,存在近3个月应激事件是患者危险行为的危险因素,且这种负性影响在中学学历和服药规律的患者中被增强。