摘要：目的建立一个综合了生物信息学和化学信息学的网络信息平台M&Function,致力于新药筛选和研究。方法通过数据挖掘,整合小分子药物的名称、结构、功能、分类等信息,建立一个小分子药物信息资源库。在此基础上,借助基于最大公共子结构(maximum common substructure,MCS)和Fingerprint的结构比对软件,通过统计分析,建立了功能预测系统,对活性小分子进行生物学功能预测。结果 M&Function平台拥有丰富的数据信息、内嵌的图形显示和数据统计插件人性化的网站设计,具有直观、高效、简便易用、测试数据结果可靠等优点。结论 M&Function平台不仅是一个小分子药物信息资源库,也是一个小分子功能预测平台,可以为高通量先导化合物的筛选提供信息准备和数据支持。网站可以通过http://***/mcs/***进行访问。

摘要：从GenBank中寻找含有简单重复序列(SSR)位点的人参DNA片段序列,设计SSR引物,挑选PCR扩增条带清晰的引物,对人参和西洋参进行PCR扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,选择能够区别2个种的引物.共有来自8个SSR位点的9对引物能扩增出可区分人参和西洋参的特异性片段,其中7对SSR引物在西洋参中能稳定地扩增出特异性条带,另外2对引物仅在人参个体中可以扩增得到特异性的条带.SSR-PCR作为一种简便、重复性高的分子标记鉴定技术,可以作为人参和西洋参种间鉴定的有效方法.

摘要：以粳稻cDNA为模板,设计一对特异性引物,获得编码水稻柠檬酸合酶基因的cDNA序列,全长为1470bp,ORF区含475个氨基酸,推定蛋白序列与红葡萄、烟草、甜菜、拟南芥和柑橘等物种都有较高的同源性(>70%),氨基末端含一线粒体靶信号。Southern分析表明此基因在水稻基因组中具有多个拷贝数。经0.4mmol/LIPTG诱导,根据Western印迹分析获得预测的蛋白大小为59kD。

摘要：研究揭示了水稻磷酸盐转运蛋白编码基因的表达.低磷处理下,根系与叶片中的PTW J转录子迅速表达,处理7d时达到最高表达量.PTW JmRNA的诱导积累具有元素的专一性,因为在缺氮、缺钾与缺铁情况下此基因不表达.缺磷处理后恢复供磷,PTW J转录子积累量明显降低.这些结果说明,PTW J基因表达是对磷素缺乏的早期反应机制.

摘要：采用抑制差减杂交技术对正常与铝毒处理的普通野生稻植株进行表达基因差异性分析.通过对差异表达基因的PCR选择性研究、阳性表达基因的测序、Northern杂交的进一步分析,得出3个cDNAs在铝毒处理的叶片中高效表达,其中2个与光合系统代谢相关,1个与花的发育有关.研究结果为更好地理解植物在铝毒胁迫下叶片相关基因表达提供思路,同时也为在野生稻这个丰富基因库中筛选出耐铝毒的重要基因,以便改良亲源较近的水稻适应日益酸化的土壤具有一定的意义.

摘要：目的探讨多重PCR靶向富集结合高通量测序技术在结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中检测错配修复(mismatch repair,MMR)基因种系突变的应用。方法收集17例CRC患者和14例正常人的血液并提取基因组DNA;设计和优化寡聚核苷酸探针,使其能对5个基因MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6的73个外显子序列进行有效的PCR扩增和富集;应用多重PCR技术靶向富集样本MMR基因的外显子序列;扩增产物进行文库构建和高通量测序,检测MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6基因的突变情况。结果 31个样本共得到2.7Gb的数据,平均reads数为287 048,测序数据中平均82.18%可与参考序列进行比对,外显子序列平均覆盖度为99.9%,平均测序深度为2 282。在MMR基因的外显子区域共发现13种非同义单核苷酸变异(single nucleotide variation,SNV)、2种同义SNV,其中MSH6的c.G3205C:p.G1069R为未见报道SNV。检测结果经Sanger法测序验证,结果一致。结论多重PCR靶向富集结合高通量测序技术是一套通量高、速度快、费用低、准确性高的MMR基因突变筛查方法。

摘要：应用序列同源性比较及功能域分析等生物信息学手段,从表皮葡萄球菌全基因组序列中发现16对双组分调控系统以及2个相对保守的功能域(HATPase_c和REC).通过与金黄色葡萄球菌和枯草杆菌中的双组分调控系统基因比较,预测表皮葡萄球菌中同源双组分调控系统基因可能具有参与调控细菌生长、生物膜形成、毒力因子表达等重要生物学功能.对16对双组分调控系统基因的2个保守性功能域进行空间结构模建,获得4个相似的组氨酸蛋白激酶HATPase_c功能域模拟结构以及13个相似的反应调节蛋白REC功能域模拟结构,其中HATPase_c结构在AMP-PNP的结合部位形成袋状结构,而REC结构中均包含3个天冬氨酸活性位点.初步实验结果表明表皮葡萄球菌双组分调控系统保守性功能域的生物信息学分析可以为进一步开发相关治疗药物提供潜在的靶标。

摘要：本研究分析了崇左金花茶（Camellia chuongtsoensis）转录组水平的EST-SSR特征.从崇左金花茶转录组数据组装获得的35 410个Unigene中,共鉴定出2-7不同核苷酸重复类型的SSR位点7 754个,分别分布于6 394条序列中,其中1 121个Unigene具有两个以上的位点.在转录组中SSR位点出现频率为21.90%,分布密度为1/3.6kb;在所有重复单元中,二碱基微卫星占主要优势,占SSR位点总数的61.3%.利用Primer 3.0设计引物,共计3 303条Unigene成功设计出引物.随机选择10对SSR引物,对一个崇左金花茶群体进行扩增多态性分析,8对引物能够扩增出符合预期大小的PCR片段,其中4对引物成功检测出多态.以上结果表明,转录组数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物,所开发的引物可为崇左金花茶遗传多样性的研究以及种质资源的鉴定与保护等方面提供分子基础.