摘要：背景目前的临床遗传诊断中,外显子组捕获测序(ES)和全基因组测序(WGS)均有广泛的应用场景且在综合性价比和变异检测范围等方面各有优势;建立支持两种不同建库策略测序方案的整合性遗传诊断流程,是进一步提高遗传诊断敏感性和检测效率的关键。目的整合ES以及WGS场景下的多变异类型分析、遗传病复杂临床表型的标准化与结构化、表型导向的遗传变异分析系统,建立从临床检测申请到遗传报告反馈的一体化流程。设计流程开发。方法(1)建立复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统(复旦流程3.0)各个模块:①病史处理,②结构化遗传表型,③测序实验,④变异检测,⑤变异解读,⑥质控复核,⑦基因型表型联合分析。(2)代表性病例重测分析:根据结论性变异的类型和诊断难度选择代表性病例,展示代表性病例从病史处理开始到报告草稿为止各模块的运行情况。主要结局指标代表性病例分析过程中的结构化表型、数据质控、变异检测及解读、最终诊断。结果对3例代表性病例的重分析中,分别进行了经济版家系WGS、先证者WGS以及ES;病史成功提取结构化表型;FastQ及BAM文件结果数据质控良好;检测到的变异经解读之后进行基因型表型联合分析,分别检测出3例病例的复杂遗传模式。例1:ANTXR2基因点突变NM_058172:c.1294C>T与4q21.22约13 kb的结构变异缺失形成隐性纯合致病;例2:线粒体MT-ND6基因致病变异m.14459G>A,异质性>99.5%;例3:SMN1基因纯合致病变异NM_000344:c.863G>T合并SMN1基因单拷贝缺失。结论复旦流程3.0可整合ES和WGS数据,处理不同类型的变异结果,最终形成遗传诊断,且对复杂变异类型有高效处理能力。

摘要：背景既往已有许多针对支气管肺发育不良(BPD)风险基因的研究,但不同研究遗传表型差异大,无法作为呼吸窘迫综合征(RDS)并发BPD的遗传风险基因。目的筛选RDS并发BPD的遗传风险因素,明确其对RDS患儿预后的影响。设计巢式病例对照研究。方法以2016年1月1日至2021年8月1日在复旦大学附属儿科医院住院治疗、临床确诊RDS的患儿为队列人群,以是否并发BPD分为BPD组和非BPD组。采用倾向性评分策略平衡2组胎龄,采用罕见变异关联性分析和功能富集分析,探索罕见变异基因富集的生物学过程,并筛选在BPD组中存在显著较多有害变异的候选风险基因。从GEO数据库检索RDS并发BPD高度相关基因表达数据,行基因表达模式的时间序列分析,验证本文高变异负荷基因的表达特征。主要结局指标RDS并发BPD风险基因。结果倾向性评分匹配后BPD组111例,非BPD组157例,2组的胎龄差异无统计学意义。基于2742个背景基因显著富集的1558个生物学过程(P<0.01),蛋白质截断变异最显著富集的基因集与蛋白激酶活性有关(P=0.011),BPD组中携带蛋白质截断变异的基因总数最多的是阳离子跨膜转运相关基因(P=0.027)。错义/非同义变异最显著富集的基因集与生长发育的调节有关(P=0.001)。BPD组中有26个基因的错义/非同义罕见变异负荷显著高于非BPD组(P<0.05),其中3个基因(ARSB、B9D2和UVSSA)差异有统计学意义(P<0.01)。通过GEO数据库数据验证,ARSB在重度BPD中显著低表达(P<0.001),时间序列分析发现ARSB基因在重度BPD新生儿中表达模式与无/轻度BPD新生儿差异有统计学意义(P<0.01)。结论ARSB基因为RDS并发BPD的风险基因。

摘要：背景:性早熟患儿在下丘脑-垂体-性腺轴提前启动的同时伴有骨骼生长加速,骨骺提前融合,临床上在发病时采用滋阴泻火中药可延缓骨龄提前融合,到性发育年龄时改用益肾填精中药,可促进性发育及促进骨骼生长加速,性早熟患者性发育及骨生长过程与正常青春期发育相同,只是时间的提前。中药改变骨生长的机制及对影响骨生长的生长抑素的作用尚不明确。目的:探讨补肾中药对下丘脑室周核生长抑素的调节作用。设计:完全随机分组设计,对照实验。单位:上海交通大学附属儿童医院内分泌科。材料:实验于2001-10/2002-04在上海复旦大学附属儿科医院儿科研究所完成。采用清洁级纯种雌性SD大白鼠共24只。随机分为4组:对照Ⅰ组,滋阴泻火药组,对照Ⅱ组,滋阴泻火+益肾填精药组,每组6只。方法:①对照Ⅰ组:灌胃生理盐水5mL/次,1次/d,共1个月;滋阴泻火药组:灌胃滋阴泻火中药合剂(生地黄、炙龟板、黄柏、知母等),5mL/次,1次/d,共1个月;对照Ⅱ组:灌胃生理盐水5mL/次,1次/d,共2个月;滋阴泻火+益肾填精药组:先灌胃滋阴泻火中药5mL/次,1次/d,1个月,再喂饲益肾填精中药合剂(熟地黄、龟板胶、仙灵脾、鹿角胶等),5mL/次,1次/d,1个月。②采用漂浮法原位杂交、常规免疫组化技术。以医学图像分析软件,作各组大鼠下丘脑室周核生长抑素mRNA、生长抑素免疫反应阳性神经元计数并检测其阳性细胞面积吸光度(A值)反映其基因表达及蛋白表达的水平。单位面积阳性神经元数即每平方毫米面积中所含阳性神经元数量。③计量资料比较采用单因素方差分析处理,组间差异采用F检验。主要观察指标:滋阴泻火及益肾填精中药对下丘脑室周核生长抑素基因和蛋白表达水平的影响。结果:大鼠24只均进入结果分析。①下丘脑室周核生长抑素mRNA阳性神经元数、单位面积阳性神经元数和阳性细胞面积A值:滋阴泻火药组明显高于对照Ⅰ组(P<0.05),滋阴泻火+益肾填精药组明显低于滋阴泻火药组(P<0.05)。②滋阴泻火药组下丘脑室周核生长抑素阳性神经元数、单位面积阳性神经元数、阳性细胞面积A值:滋阴泻火药组明显高于对照Ⅰ组(P<0.05),滋阴泻火+益肾填精药组明显低于滋阴泻火药组(P<0.05)。结论:滋阴泻火与益肾填精中药可通过对下丘脑生长抑素基因表达与蛋白表达的调控,调节垂体生长激素的合成及释放。