摘要：1概述药物基因组学（Pharmacogenomics/Pharmacogenetics,PGx）的概念已存在数十年,其主要目的是明确个体间药物反应差异的重要基因变异。测序技术、生物信息学技术和计算技术的突破使得PGx研究在近2年来取得了令人瞩目的成就。

摘要：背景目前的临床遗传诊断中,外显子组捕获测序(ES)和全基因组测序(WGS)均有广泛的应用场景且在综合性价比和变异检测范围等方面各有优势;建立支持两种不同建库策略测序方案的整合性遗传诊断流程,是进一步提高遗传诊断敏感性和检测效率的关键。目的整合ES以及WGS场景下的多变异类型分析、遗传病复杂临床表型的标准化与结构化、表型导向的遗传变异分析系统,建立从临床检测申请到遗传报告反馈的一体化流程。设计流程开发。方法(1)建立复旦大学附属儿科医院高通量测序数据一体化全流程闭环分析系统(复旦流程3.0)各个模块:①病史处理,②结构化遗传表型,③测序实验,④变异检测,⑤变异解读,⑥质控复核,⑦基因型表型联合分析。(2)代表性病例重测分析:根据结论性变异的类型和诊断难度选择代表性病例,展示代表性病例从病史处理开始到报告草稿为止各模块的运行情况。主要结局指标代表性病例分析过程中的结构化表型、数据质控、变异检测及解读、最终诊断。结果对3例代表性病例的重分析中,分别进行了经济版家系WGS、先证者WGS以及ES;病史成功提取结构化表型;FastQ及BAM文件结果数据质控良好;检测到的变异经解读之后进行基因型表型联合分析,分别检测出3例病例的复杂遗传模式。例1:ANTXR2基因点突变NM_058172:c.1294C>T与4q21.22约13 kb的结构变异缺失形成隐性纯合致病;例2:线粒体MT-ND6基因致病变异m.14459G>A,异质性>99.5%;例3:SMN1基因纯合致病变异NM_000344:c.863G>T合并SMN1基因单拷贝缺失。结论复旦流程3.0可整合ES和WGS数据,处理不同类型的变异结果,最终形成遗传诊断,且对复杂变异类型有高效处理能力。

摘要：背景我国耳聋发病率高与耳聋基因致病变异的携带率高有关,目前缺乏对NICU新生儿耳聋基因致病变异携带者的筛查数据。目的调查NICU新生儿中耳聋基因GJB2和SLC26A4致病变异的携带率。设计横断面研究。方法纳入2016年1月至2021年12月在复旦大学附属儿科医院NICU住院、入院日龄≤28 d,且出院前完成高通量测序的新生儿,排除生后耳聋相关基因诊断阳性者。从病历系统中截取患儿的性别、胎龄、出生体重;从测序数据库中提取GJB2基因和SLC26A4基因的检测结果、患儿人类表型标准用语信息。携带率(%)=杂合致病或可能致病(P/LP)变异例数/总研究对象人数。检索PubMed、Embase和万方数据库,纳入既往报道中国NICU人群、新生儿人群和孕妇人群中GJB2基因和/或SLC26A4基因P/LP变异携带情况的文献,并行复习。主要结局指标GJB2基因和SLC26A4基因的P/LP变异携带率。结果纳入14924例新生儿,男8587例(57.5%),女6337例,胎龄(35.6±3.7)周,出生体重(2711.7±887.1)g。携带GJB2基因P/LP变异的患儿2009例(13.462%),共检出18种杂合P/LP变异,其中c.109G>A最常见(10.902%),其次为c.235del(1.749%)、c.299_300del(0.409%)、c.176_191del(0.154%)、c.508_511dup(0.074%)和c.257C>G(0.034%)。携带SLC26A4基因P/LP变异的患儿305例(2.044%),共检出31种杂合P/LP变异,携带率最高的6种依次为c.919-2A>G(1.139%)、c.2168A>G(0.181%)、c.1226G>A(0.100%)、c.1229C>T(0.094%)、c.1174A>T(0.080%)和c.1003T>C(0.047%)。结论建议将GJB2基因上的c.109G>A、c.508_511dup和c.257C>G以及SLC26A4基因的c.1003T>C位点纳入NICU新生儿耳聋基因致病变异携带者筛查。