摘要：目的了解2014—2016年孝感地区手足口病流行特点及未知病毒基因特征。方法通过"传染病报告信息管理系统"下载3年内孝感市辖区内疫情资料进行相关流行病学分析。收集医疗机构采集手足口病临床诊断咽拭子样本共计2 548份,经肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16(CVA16)荧光定量聚合酶链式反应(PCR)检测后仍然不能确定型别的肠道通用型病毒阳性样本作为研究对象,参考美国NCBI基因库,设计特异性引物进行VP1区(395bp)序列扩增分析后进行双向测序。将成功测序的基因片段序列进行VP1区基因片段聚类分析。结果孝感地区临床疑似病例中,3年内手足口病发病患者0~5岁病例数分别占总疑似病例数的97.74%、97.23%和97.05%;≤5岁儿童中,3年内男女比例分别为1.77∶1、1.87∶1和1.60∶1。基于VP1区片段聚类分析,结果显示3年内本地区CVA6型和CVA5型病毒与中国地区参考序列明显聚为一类。结论 2014—2016年孝感地区手足口病EV17型为主要病原体,CVA16型次之。该次实验首次发现本地区CVA5型和CVA6型病原体。