摘要：建立一种能同时鉴别苍耳子及其混淆品蒙古苍耳子和意大利苍耳子的方法。对植物苍耳、蒙古苍耳和意大利苍耳的基因组序列进行测序,分别获得约2.21、2.24、2.54 Gb大小的基因序列;结合BLASTN法和Bowtie 2软件筛选出76条特异性contigs并设计对应引物;通过PCR扩增,筛选出3对扩增稳定、重复性好的特异性鉴别引物并建立多重PCR反应体系,并对其退火温度、DNA模板用量、循环数、DNA聚合酶种类和不同PCR仪等扩增条件进行优化。结果表明,在退火温度为52℃,DNA模板用量为30 ng,循环次数为35时,苍耳子能同时扩增出262、458 bp的片段,蒙古苍耳子扩增出260、454、927 bp的片段,意大利苍耳子扩增出260、926 bp的片段。应用该多重PCR方法,对18批苍耳样品、17批蒙古苍耳样品和12批意大利苍耳样品进行验证,结果表明所建立的多重PCR鉴别方法可以准确、快速开展苍耳子及其混淆品的鉴别,为中药苍耳子的分子鉴定提供了新的方法。