摘要：苹果牛眼果腐病菌(Neofabraea malicorticis、***、***和***)是我国检疫性植物病原真菌,为建立该病菌的实时荧光PCR检测法,根据病菌及其近缘种的翻译延伸因子(EF-1α)的保守序列设计了特异性探针,分别以苹果牛眼果腐病菌菌株和本研究构建的EF-1α重组质粒DNA为阳性标准品检验探针的特异性和灵敏度。结果显示探针MAL-P、PER-P、ALB-P和KIE-P分别对***、***、***和***表现特异性阳性扩增,而与近缘种及其他常见的果腐病菌无交叉反应,单重探针和4种探针混合液的灵敏度分别达1 fg/μL和10 fg/μL DNA。总计从美国、智利、新西兰、法国进境截获的29批可疑病果的分离物中检测到PCR阳性荧光信号,包括20批***、8批***和1批***。该方法在6 h内即可完成整个检测流程,其特异性强、灵敏度高,适用于实际样品中苹果牛眼果腐病菌的快速检测。

摘要：为实现转基因甜菜品系H7-1的标识管理和精准定量,根据H7-1的5’边界序列和甜菜谷氨酰胺合成酶基因(glutamine synthetase,GS)设计引物和探针建立双重数字PCR检测体系。该方法的特异性、灵敏度、精密度和准确度均进行了测试。结果显示:建立的转基因甜菜H7-1数字PCR检测方法特异于H7-1品系检测,在20μL反应体中H7-1品系特异性序列和内源基因GS的定量下限(limit of quantitation,LOQ)分别为3.1拷贝/μL和6.3拷贝/μL,检测下限(limit of detection,LOD)检出限分别为0.6拷贝/μL和1.3拷贝/μL,精密度和准确度在可接受范围内,该定量方法不依赖于标准曲线建立,可便捷的应用于转基因甜菜H7-1成分的精确定量检测。

摘要：建立基于QX100微滴式数字聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)平台的我国未批准转基因玉米品系VCO-01981-5的二重微滴式数字PCR定量检测方法。该方法选择基因组中单拷贝的玉米内源基因hmg和VCO-01981-5品系边界序列为定量靶序列,分别设计不同的PCR扩增引物和TaqMan探针,并对两种探针用不同的荧光进行标记,然后将上述探针和引物置于同一个PCR反应体系中以同时定量两个靶标序列。特异性实验结果显示该法只有VCO-01981-5品系的两个靶序列才都有扩增信号。灵敏度、线性和准确性实验结果显示在定量结果相对标准偏差不大于25%时,最低可稳定定量5个拷贝的VCO-01981-5品系特异性序列分子和4个拷贝的内源基因hmg分子;而在高达50 ng模板DNA以下范围内,PCR反应模板量与测定样品拷贝数之间呈高度正相关,相关系数达0.99以上;平均误差小于10%。结果表明本研究建立的该玉米品系定量方法特异性强,稳定性好,精确性、准确性以及灵敏度高,定量范围广,可用于进、出口农产品和食品中该转基因玉米品系成分的定量检测。此外,该法还可为其他转基因玉米品系及其他转基因作物品系建立类似定量检测方法提供参考。

摘要：【目的】建立快速筛查牛脊椎畸形综合征(Complex vertebral malformation,CVM)基因携带者的方法,在牛群中逐渐淘汰CVM基因携带者以减少养牛业损失.【方法】根据Gen Bank已发表的CVM基因的SLC35A3基因序列,设计合成了2对特异性引物和2条TaqMan探针,建立了牛脊椎畸形综合征Ta Man探针检测方法.对方法的特异性和敏感性进行分析后,应用该方法对临床样本进行检测,并与测序方法进行比较.【结果和结论】该方法能有效区分突变型、野生型和杂合型个体.各种基因型的检测灵敏度为:突变型质粒拷贝数1×10~3μL^(-1),杂合型质粒拷贝数1×10~4μL^(-1),野生型质粒拷贝数5×10~3μL^(-1).从292份荷斯坦牛全血中检出6份CVM基因携带者,与测序方法结果一致.本研究建立的方法简便快捷、准确率高,适合大样本筛选和口岸现场快速筛查.

摘要：利用基因克隆和体外转录技术制备病毒性出血性败血症病毒(VHSV)核酸检测标准物质。设计VHSV N基因的克隆引物,RT-PCR获得相应片段,连接至pGEM-T载体,测序后采用体外转录方法制备RNA纯品。初步定量稀释后,混合分装作为核酸标准物质候选物。采用核酸浓度测定与拷贝数换算的方法对转录的RNA片段进行定值。通过绘制荧光定量标准扩增曲线计算标准物质含量(拷贝数),并根据委托单位的定值结果进行不确定度的估算。均一性结果显示瓶间差异小于5%,稳定性试验表明室温20℃~25℃(相对湿度20%~25%)7 d,2℃~8℃保存1个月及-20℃保存6个月的含量均无明显变化。核酸标准物质定值为(6.625±0.149)×10~8copies/μL,可用作VHSV核酸检测的标准质控品。

摘要：目的:建立快速、灵敏、特异的基孔肯雅病毒(CHIKV)环介导等温基因扩增(LAMP)检测方法,将该方法应用于基孔肯雅热(CHIK)可疑患者的快速筛查。方法:根据CHIKV核酸序列多重比对结果设计并合成LAMP专用的扩增引物,摸索最佳反应条件,建立灵敏、特异的CHIKV核酸LAMP检测新方法;应用该方法对疑似患者血清中提取的核酸进行快速检测。结果:本方法对CHIKV样本的检测灵敏度达到27拷贝/反应,检测灵敏度高于普通PCR法,略低于实时荧光PCR法。本方法快速、灵敏,并具有较高的特异性和很好的重复性,可在两小时内对CHIK疑似病例进行准确诊断。利用本方法对入境CHIK患者及国内患者样本进行检测,均取得了良好的效果。结论:本方法适合国境口岸一线及基层卫生机构对CHIK可疑患者进行快速检测,对防止CHIK疫情向我国的传播及保障我国公共卫生安全均具有重要意义。

摘要：目的:建立对水产品中三种双链DNA病毒(斑点叉尾鮰病毒、锦鲤疱疹病毒、流行性造血器官坏死病毒)快速、敏感、特异的检测方法。方法:针对三种病毒的DNA聚合酶基因的保守序列设计三对特异性引物和三条Taqman探针,优化体系,建立三重荧光定量PCR体系,并对该方法的灵敏性和特异性评估。结果:建立的三重荧光定量PCR体系特异性强,引物之间及引物和探针之间无相互干扰。对三种病毒的检测限均能达到102拷贝/μL。结论:该方法体系稳定,重复性好,可操作性强,对水产品中的双链DNA病毒的快速检测具有重要的应用价值。

摘要：利用基因克隆和体外转录技术,制备病毒性神经坏死病病毒(Nervous necrosis virus,NNV)核酸检测标准物质。设计NNV RNA2基因的特异性引物,通过RT-PCR获得目的片段并连接至p GEM-T载体;采用体外转录方法,获得大量纯品RNA。初步定量稀释至约10~8 copies/μL,均匀性检验结果显示样品间差异<5%;稳定性检验表明,室温(20~25℃)保存7 d、冷藏(2~8℃)保存1个月和冷冻(-20℃)保存6个月的含量均无明显变化。采用核酸浓度测定与拷贝数换算的方法,对转录的RNA片段进行定值,并根据委托单位的定值结果进行不确定度估算。核酸标准物质定值为(8.452±0.068)×10~8 copies/μL,可用作NNV核酸检测的标准质控品。

摘要：目的:建立双重荧光PCR对单增李斯特菌(LMO)特异性检测同时检测其毒力基因的方法。方法:根据LMO溶血素基因hlyA和內华素基因InlA的保守序列分别设计特异性引物和Taqman探针,优化多重荧光PCR反应体系,进行特异性、敏感性试验。结果:用建立的方法检测LMO标准菌株和24株分离株均出现hlyA和InlA扩增曲线,而沙门菌等其他菌株未见扩增曲线;敏感性试验结果方法的敏感性达到2.5×102 cfu/ml。结论:本研究建立的LMO实时荧光PCR检测方法特异性好、灵敏度高,是快速检测LMO及其毒力基因的有效手段,可用于食品中LMO检测。

摘要：利用25个禽流感病毒及相关流感病毒广东株HA基因序列,建立三、四核苷酸特征基因片段BLSOM神经网络分型方法,对各片段数量进行统计和归一化处理。设计程序由MATLAB函数模拟人脑思维自组织学习,当训练步数为100及以上各毒株能成功聚类。H1、H3、H5、H7和H9亚型主要毒株分别归为一类,其中H3N2和H7N9毒株HA基因聚类图谱高度相似,表明这些毒株起源相同;不同年代H5N1毒株差异较大;H1N1和H9N2各1个毒株聚为一类,表明这两种病毒自然重组变异,为高危毒株筛查和溯源提供参考。