摘要：为建立快速、敏感的大口黑鲈弹状病毒(MSRV)流行株Taq Man荧光定量PCR (qPCR)方法,本研究采用NCBI分析MSRV流行株N基因的保守序列,设计特异性引物和Taq Man探针,以构建的并经PCR和测序鉴定正确的重组质粒标准品p MD18-MSRV-N为模板,通过优化各反应条件初步建立MSRV的Taq Man q PCR检测方法。结果显示,建立的Taq Man q PCR方法标准曲线的R2为0.9906,质粒标准品在6.79×10^(8)拷贝/μL~6.79×10^(2)拷贝/μL范围内与Ct值均存在较好的线性关系。采用该方法检测MSRV及相关病毒,评估该方法的特异性,结果显示,该方法可以特异性检测MSRV,而草鱼出血病病毒、神经坏死病毒、鲤春病毒血症病毒、大口黑鲈双RNA病毒、鳜蛙虹彩病毒、传染性脾肾坏死病毒、石斑鱼虹彩病毒、大口黑鲈蛙虹彩病毒等8种常见鱼类病毒检测结果均为阴性;采用建立的方法检测不同浓度的质粒标准品(6.79×10^(8)拷贝/μL~6.79×10^(1)拷贝/μL),评估该方法的敏感性,结果显示,该方法的检测限为6.79×10^(2)拷贝/μL,比文献中的常规PCR方法敏感1 000倍;以不同批次或同一批次提取的不同浓度的质粒标准品作为模板,分别利用该方法检测,评估该方法的重复性,结果显示,该方法批内和批间重复性试验的变异系数均小于2%。采用该方法和文献中的常规PCR同时检测71份临床发病的大口黑鲈、鳜鱼、鲮鱼组织样品,结果显示阳性率为16.9%(12/71),阴性率为83.1%(59/71),且阳性样品均是从发病大口黑鲈的组织样品中检测到,而发病的鳜鱼、鲮鱼组织样品中均未检测到该病毒;常规PCR方法的阳性率为9.9%(7/71),阴性率为90.1%(64/71),二者的总符合率为93.0%。本研究建立的MSRV Taq Man q PCR方法特异性强、敏感性高、重复性和准确性均较好,可用于大口黑鲈临床样品的检测,为MSRV的快速检测提供了可行的技术手段。

摘要：为了开发云斑尖塘鳢、线纹尖塘鳢及其杂交尖塘鳢种间特异性分子标记,选择泛素化相互作用基序包含蛋白1(sumo-interacting motif-containing protein 1,simc1)基因作为候选基因。利用该基因mRNA序列设计引物对P1针对3种尖塘鳢基因组进行扩增,均扩增到893 bp的外显子序列。该序列在3种尖塘鳢种内个体间均未获得单核苷酸多态性(singe nucleotide polymorphisms,SNP)位点,但种间共存在21个SNP位点,其中有7个同义突变,14个错义突变。选择较容易设计引物的SNP15位点设计等位基因特异性PCR(allele specific PCR,AS-PCR)引物对P2和P3。利用这两对引物针对待测样品基因组进行扩增,若P2扩增出222 bp条带,而P3无扩增条带,则样品为线纹尖塘鳢;若P2无扩增条带,而P3扩增出566 bp条带,则为云斑尖塘鳢;若P2和P3同时扩增出222 bp和566 bp条带,则为杂交尖塘鳢。通过对模板进行梯度稀释,检测P2和P3引物对灵敏度,结果表明,P2引物对检测的基因组最低浓度为5×10^(-4)mg/L,P3引物对检测的基因组最低浓度为5×10^(-2)mg/L。3种尖塘鳢特异性SNP标记的开发及快速检测方法的建立,可为尖塘鳢种质资源鉴定及新品种培育等工作提供技术支撑。

摘要：罗非鱼湖病毒TiLV是一种新发RNA病毒,对罗非鱼养殖业造成巨大威胁。为明确罗非鱼(Oreochromis niloticus)多聚免疫球蛋白受体基因(OnpIgR)的序列和结构特征及其对TiLV增殖的影响,本研究首先对PCR扩增获得的OnpIgR完整的ORF,进行了结构域预测、三维结构预测以及遗传进化树分析,然后采用荧光定量PCR方法分析了罗非鱼感染TiLV后该基因在各组织的表达模式,最后构建了OnpIgR过表达质粒,初步研究了OnpIgR对TiLV增殖的影响。结果表明,PCR扩增获得了完整的OnpIgR ORF序列,长度为1023 bp,该ORF序列具有一个信号肽,两个Ig样结构域,同源建模结果显示,pIgR蛋白整体呈扭曲的“L”型,主要由反平行β片层和无规卷曲组成;系统发育树显示OnpIgR与大口黑鲈(Micropterus salmoides)以及斜带石斑鱼(Epinephelu coioides)的pIgR聚为一支;感染TiLV后,罗非鱼皮肤、脾脏以及肾脏中pIgR均呈现先上升后下降的趋势;成功构建了pEGFP-OnpIgR并在TiB细胞中过表达OnpIgR后感染TiLV,发现TiLV的S8和S10节段mRNA相对表达量显著增多,TiLV拷贝数也显著增多,初步表明OnpIgR对TiLV的增殖具有促进作用。

摘要：【目的】建立可同时快速检测斑点叉尾鮰败血症3种病原(嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌和鮰爱德华菌)的多重PCR检测方法。【方法】根据嗜水气单胞菌溶血素基因(Hly)、维氏气单胞菌脱氧核糖核酸酶Ⅰ基因(DNaseⅠ)以及鮰爱德华菌溶血活化基因(Eha)的保守序列,设计3对特异性引物,优化并建立斑点叉尾鮰败血症3种主要病原菌的多重PCR方法,对其特异性和灵敏度进行考察,并将其用于临床样品的检测。【结果】建立的多重PCR方法,当Hly基因、DNaseⅠ基因以及Eha基因的引物浓度分别为1.0,1.0和0.5μmol/L,退火温度为59.5℃时,各目的片段均可较好地扩增。特异性试验结果表明,建立的多重PCR方法可从嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌和鮰爱德华菌分别扩增出1 091,262和450bp的目的片段,从多种细菌DNA的混合种也可扩增出上述目的片段,而对其他对照组的扩增结果均为阴性;敏感性试验结果表明,建立的多重PCR最低可分别检测出200CFU/mL的嗜水气单胞菌、300CFU/mL的维氏气单胞菌和200CFU/mL的鮰爱德华菌;对临床样本的检出率为100%,与传统生物学检测结果的符合率为100%。【结论】建立的多重PCR检测方法特异、灵敏、快速,可单独或同时检测斑点叉尾鮰败血症嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌和鮰爱德华菌3种主要病原菌,也可以用于其他水生动物上嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌和鮰爱德华菌的检测。

摘要：为快速准确鉴别检测鳢源致病性舒伯特气单胞菌(***),本实验根据该菌的促旋酶B亚单位基因(gyrB)、溶血素基因(hlyA)的保守序列设计引物,建立了检测致病性***的双重PCR方法。结果显示gyrB和hlyA基因扩增产物分别为601 bp和375 bp;其最低检出菌体DNA量为2.3×10-2ng,最低检出菌数为3×102cfu。特异性试验结果显示,该方法对温和气单胞菌、嗜水气单胞菌、无乳链球菌、诺卡氏菌、迟缓爱德华氏菌、荧光假单胞菌、柱状黄杆菌、哈氏弧菌以及类志贺邻单胞菌扩增结果均为阴性。应用该方法对37份临床病料样品的检测结果与传统细菌分离鉴定结果的符合率为100%,表明该方法具有良好的特异性和敏感性,可以应用于***的快速检测和流行病学研究。

摘要：从患病地图鱼Astronotus ocellatus肝脏组织中分离到菌株AO1,经人工感染试验证实其为致病菌。通过ATB Expression半自动细菌鉴定仪和常规生理生化特性的分析,初步鉴定该菌株为迟钝爱德华氏菌Ed-wardsiella tarda。测定菌株AO1的16S rRNA基因序列并进行分析,结果显示,该菌株与迟钝爱德华氏菌的同源性最高,达99.9%。因此,可鉴定该菌株为迟钝爱德华氏菌。根据迟钝爱德华氏菌的毒力基因菌毛亚基(fimA)基因序列设计引物,进行PCR扩增,得到383 bp序列,该序列与迟钝爱德华氏菌的fimA基因序列相似性达99.0%,进一步说明菌株AO1具有fimA基因,有一定的致病力。药物敏感试验结果表明,菌株AO1对阿米卡星、氧氟沙星、庆大霉素、新生霉素、氨苄西林、氨曲南、卡那霉素、头孢咪啉、诺氟沙星、环丙沙星、呋喃妥因、妥布霉素、氨苄青霉素13种抗生素较为敏感。

摘要：目的克隆鳜鱼嗜水气单胞菌GYK1株外膜蛋白A(outer membrane protein A,OmpA)基因,并进行生物信息学分析。方法根据已发表的细菌ompA序列,通过比对保守区域(88~107 bp,988~1 007 bp)设计简并引物,通过PCR技术从鳜鱼嗜水气单胞菌GYK1株扩增ompA基因核心序列,采用热不对称交错PCR(thermal asymmetric interlaced PCR,TAIL-PCR)法扩增ompA基因全长及其上下游序列;应用Vector NTI 9.0对ompA序列进行拼接,应用Vector NTI 9.0、SignalP 3.0对OmpA蛋白的基本参数、信号肽等进行预测分析;通过Blastn分析嗜水气单胞菌GYK1株ompA基因序列与其他菌种ompA序列的同源性,并构建系统进化树及对其蛋白的三维结构进行分析。结果ompA基因全长为2 004 bp,其中包括ORF 1 059 bp,编码352个氨基酸,5′端侧翼序列271 bp,3′端侧翼序列574 bp;OmpA蛋白相对分子质量约37 900,等电点为4.94,OmpA蛋白序列N-末端的前20个氨基酸残基为信号肽序列;根据22种细菌的OmpA蛋白序列构建的系统进化树显示,嗜水气单胞菌GYK1株与嗜水气单胞菌SSU株的亲源关系最近,相似性达95.5%;三维结构分析表明,OmpA蛋白N-末端功能区是由8个反向平行的β-折叠片构成的β-折叠桶;OmpA蛋白Asn25~Ala205片段4个环区的平均柔性显著高于其余部位的柔性。结论成功克隆了鳜鱼嗜水气单胞菌GYK1株ompA基因,并对OmpA蛋白的相关生物信息学进行了分析,为嗜水气单胞菌呈递外源蛋白基因工程疫苗的研究奠定了基础。

摘要：为同时检测患病大口黑鲈中不同属虹彩病毒感染和带毒情况,针对蛙病毒属和肿大细胞病毒属大口黑鲈虹彩病毒主衣壳蛋白(major capsid protein,MCP)基因的序列,分别设计1对特异性引物Rana-mcp F/R和Mega-mcp F/R,扩增产物片段大小分别为475 bp和262 bp。通过PCR反应体系的优化、反应的特异性和灵敏度试验,建立一种可以同时检测大口黑鲈蛙病毒属和肿大细胞病毒属虹彩病毒感染的双重PCR检测方法,最低DNA检测量分别为6.5 pg和14.5 pg。用此方法,对临床获得的15个大口黑鲈样品进行双重PCR检测和序列测定,获得5个蛙病毒属和1个肿大细胞病毒属虹彩病毒检测阳性结果。本研究中建立的基于MCP基因的大口黑鲈虹彩病毒双重PCR检测方法,可用于养殖大口黑鲈虹彩病毒病快速鉴别诊断和分子流行病学调查。

摘要：罗非鱼湖病毒(TiLV)感染引起的罗非鱼湖病毒病(TiLVD)对全球的罗非鱼养殖业造成了严重威胁。TiLV不仅可感染罗非鱼及其变种,也可感染其他鱼类。稀有鮈鲫是一种优良的小型实验鱼,为探究TiLV对稀有鮈鲫的感染特性,用毒株 TiLV-2017A 对稀有鮈鲫进行腹腔注射感染,对感染后稀有鮈鲫的临床症状、病毒载量、组织病理和免疫基因的表达进行分析。结果表明:TiLV-2017A可感染稀有鮈鲫,死亡率约为10%,病毒载量在第13天达到峰值,为1.582×10;拷贝数·μL^(-1);对相关免疫基因进行检测,发现稀有鮈鲫白细胞介素-8(IL-8)、NK细胞增强因子(NF-κB)、白细胞介素-1β(IL-1β)、Mx蛋白(Mx)、Toll样受体3(TLR3)、髓样分化因子(MyD88)、α-干扰素(IFN-α)和 Toll 样受体 5(TLR5)等免疫相关基因在各组织中均有不同程度的上调,在肠中上调较为显著。H.E染色结果显示肝脏中肝细胞肿大、脾脏和肾脏中噬铁血黄素增加、鳃组织中鳃丝部分断裂等病理症状。

摘要：【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。