摘要：目的模建特异性抗肝癌单链抗体Hsc Fv 4-16和sc Fv DM的三维结构,比较两者结构的异同,为高亲和力的抗肝癌单链抗体的人源化设计提供结构信息。方法采用同源模建技术,在SGI图形工作站上,通过Accelrys公司InsightⅡ软件包的Homology模建分子结构,用Discover进行分子力学和动力学优化,最后用Prostat验证模拟结构的合理性。结果 Hsc Fv 4-16和sc Fv DM六个CDR襻位于Fv段的N端,形成一个与抗原结合的口袋,口袋分别深15.6和16.1。其中CDRL3和CDRH3与抗原最接近,有较多接触。sc Fv DM的CDRL3和CDRH3两个襻比sc Fv 4-16的更靠近中央。结论采用同源模建技术成功模建特异性抗肝癌单链抗体Hsc Fv 4-16和sc Fv DM的三维结构,sc Fv DM的三维结构显示与抗原的结合更紧密,亲和力比Hsc Fv 4-16高,与实验检测结果一致。

摘要：目的完成抗肝癌噬菌体单链抗体sc Fv DM的人源化设计,为进一步构建人源化抗肝癌噬菌体单链抗体库奠定基础。方法通过IgBlast搜索基因数据库获取鼠源抗体序列模板,从蛋白质晶体结构数据库获得结构模板;在SGI图形工作站上,通过InsightlⅡ软件包进行抗肝癌噬菌体单链抗体scFv DM的三维结构模建,分析抗体氨基酸序列和分子结构,确定影响抗原结合部位的框架区关键残基。结果成功模建抗肝癌噬菌体单链抗体scFv DM的三维结构,确定AAW67378、BAB18257分别为单链抗体scFv DM的重链和轻链框架区最佳人源化模板,确定了人源化残基、回复突变的残基,将可能影响抗原结合位点结构的残基的鼠源和人源副本编入到人源化抗体库序列中。结论计算机辅助下的同源模建技术可为抗体人源化设计提供方案,为抗肝癌噬菌体单链抗体scFv DM同步实现人源化和优化提供可能性。