摘要：目的旨在建立同时鉴别诊断H7亚型及其5种NA亚型(N2、N3、N4、N7和N9)AIV的检测方法。方法针对H7亚型HA基因、5种NA亚型NA基因和所有亚型AIV M基因的保守序列,分别设计了6对亚型特异性引物和1对AIV亚型通用检测引物,利用GeXP多基因表达和毛细管电泳分析技术,建立同时检测H7亚型和5种NA亚型AIV的GeXP高通量分型鉴别诊断方法,对其进行特异性、敏感性和临床样品检测。结果特异性结果显示该法单管可同时检测H7、N2、N3、N4、N7和N9亚型AIV,均能检出对应的亚型AIV,通用检测引物检出所有亚型AIV,与其它常见禽病病原体不存在交叉反应。敏感性结果显示该法对7种AIV目的基因(含H7、N2、N3、N4、N7、N9基因)浓度均为100拷贝/μL时,仍可同时检测出。该法对150份临床样品的检测结果与病毒分离鉴定一致。结论本研究建立的同时鉴别诊断H7亚型和5种亚型AIV GeXP高通量检测方法具有特异性强、敏感性高、快速和简便等优点,为防控AIV提供新型检测方法。

摘要：建立鸡圆圈病毒3型(GyV3)可视化环介导等温扩增(LAMP)检测方法,为临床上快速检测鸡GyV3提供一种诊断方法。参考GyV3的VP3基因序列,设计1套LAMP特异性引物,分别通过温度优化、引物浓度优化和反应时间的优化,确定鸡GyV3可视化LAMP诊断方法的扩增温度、引物浓度和反应时间,通过特异性试验、敏感性试验、重复性试验和临床样品检测,验证鸡GyV3可视化LAMP诊断方法的特异性、敏感性、稳定性和可靠性。结果显示,鸡GyV3 LAMP检测方法的反应体系:总体积为20.0μL,包括DNA模板1.0μL,2×Master Mix 10.0μL,内引物GyV3-FIP和GyV3-BIP混合液(工作浓度16.0μmol/L)2.0μL,外引物GyV3-F3和GyV3-B3混合液(工作浓度2.0μmol/L)2.0μL,环引物GyV3-LF和GyV3-LB混合液(工作浓度8.0μmol/L)2.0μL,ddH_(2)O 3μL;鸡GyV3 LAMP检测方法的扩增程序:66℃反应20 min,80℃灭活5 min。鸡GyV3可视化LAMP检测方法能特异性检测GyV3,最低检测浓度为10^(1)拷贝/μL,组内和组间变异系数小于5%;与常规PCR方法检测临床样品的结果比较,两者结果符合率达100%。建立的鸡GyV3可视化LAMP检测方法能特异性检测GyV3,具有特异性好、敏感性高及污染小等优点,且检测结果可通过肉眼观察进行判断,适用于GyV3的临床快速筛查。

摘要：[目的]本研究将CRISPR/Cas12a系统与反转录重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)结合,拟建立一种基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)快速检测方法。[方法]分析不同基因型PRRSV全基因组序列,在3′-UTR端保守区设计重组酶介导等温核酸扩增技术(RAA)引物、crRNA及DNA报告底物分子,筛选RT-RAA最佳引物对。表达纯化AsCas12a蛋白,并以质粒为标准品,经RT-RAA扩增后,将产物加入CRISPR/Cas12a系统,建立PRRSV的CRISPR/Cas12a-RT-RAA检测方法,分别以PRRSV、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)核酸为模板验证建立方法的特异性,以不同浓度的pMD18T-PRRSV为模板验证建立方法的敏感性。以5.62×10^(6)、5.62×10^(3)、5.62拷贝数/μL的质粒为模板进行重复性试验,最后进行临床效果评价,将所建立的方法与实时荧光定量逆转录PCR方法进行比较。[结果]本研究成功表达并纯化获得具有良好剪切活性的AsCas12a蛋白,蛋白分子质量大小为196 ku;所建立的CRISPR/Cas12a-RT-RAA方法的检测下限可达5.62拷贝/μL;该方法具有良好的特异性,可特异性检测出PRRSV,不能检出其他猪病病毒PCV2、PEDV、CSFV和PRV,并具有良好的重复性。应用该方法对121份猪组织样品进行检测,与实时荧光定量逆转录PCR的阳性符合率为93.75%,阴性符合率为99.05%,总符合率为99.17%。[结论]本研究成功建立基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的PRRSV快速检测方法,该方法特异性强、灵敏性高、重复性好且不依赖复杂设备,可在现场和基层实验室使用。

摘要：为建立一种可快捷鉴别检测猪肺炎支原体(Mhp)和猪鼻支原体(Mhr)的方法,针对Mhp的183基因和Mhr的p37基因保守片段,分别设计合成引物及TaqMan探针,优化反应条件,建立一种可同时检测Mhp和Mhr的TaqMan双重荧光PCR方法,并评价其特异性、敏感性和重复性。结果表明,该方法特异性强,检测其他常见猪呼吸系统病原不发生交叉反应;对标准品pMD18-T-Mhp-183、pMD18-T-Mhr-P37的最低检测限分别达45.2 copies/μL和29.7 copies/μL,比普通PCR检测灵敏度提高10^(3)~10^(4)倍;该方法检测结果的批内与批间变异系数均小于2%。用该方法检测145份广西自治区内临床样品,从中检出82份Mhp和9份Mhr阳性样品。该方法可用于临床样品快速检测及实验室Mhp和Mhr的鉴定,可为Mhp和Mhr在猪群中的早期监测提供技术支持。

摘要：为了建立禽呼肠孤病毒(Avian reovirus,ARV)微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)的检测方法,试验根据ARV S1133毒株S1基因序列(GenBank登录号为L39002.1)的保守区设计特异性标准品引物BQ-F/BQ-R,检测引物ARV-F/ARV-R及特异性探针(ARV-Probe);以ARV S1133毒株反转录的cDNA为模板,使用引物BQ-F/BQ-R进行PCR扩增,构建标准品质粒pMD18-T-ARV;以标准品质粒pMD18-T-ARV为模板,使用引物ARV-F/ARV-R及特异性探针进行ddPCR试验,优化引物、探针反应浓度及退火温度,并考察ddPCR检测方法的敏感性、特异性及重复性。结果表明:筛选得到引物和探针的最佳反应浓度分别为1000 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为57.1℃。建立的ARV ddPCR最低能检测到的模板浓度为8 copies/μL;同时检测禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)、鸡细小病毒(ChPV)、鸡传染性贫血病毒(CIAV)、禽腺病毒(FAdV)及ARV,仅ARV为阳性,其他均为阴性;重复检测试验样品及临床样品3次,变异系数均小于15%。说明ddPCR可用于ARV的临床检测中。

摘要：为了解近年广西地区猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)基因组特征和分子遗传多样性,本研究设计11对特异性引物,对中国广西南宁猪腹泻病例中检测到的1株PEDV GXNN进行了全基因组测定,同时进行相似性比对、遗传进化、基因变异及S基因重组分析。结果显示,广西变异株GXNN与其他PEDV分离株具有相似的基因组特征,基因组全长28035 bp,与不同参考株核苷酸相似性为96.4%~98.7%,S、ORF3、M和N基因核苷酸相似性分别为93.7%~98.9%、90.9%~99.4%、97.4%~99.7%和95.6%~99.2%;氨基酸相似性分别为92.9%~99.5%、91.3%~99.1%、97.4%~99.1%和96.4%~99.5%。GXNN与近年国内大多数分离株亲缘关系较近,处于同一分支,为GII-b亚型,而与经典疫苗毒株、国内早期流行株、国外流行株及广西CH-GX-2015-750A分离株亲缘关系都较远,为不同亚型。与目前常用5个疫苗毒株相比,S基因变异较大,在118、844和905位插入氨基酸Q,在COE(Core neutralizing epitope)区和主要抗原表位区发生4个独特的氨基酸位点突变,其他区域发生14个位点突变;ORF3、M和N基因分别在126位、4D4区和PN-D4区发生126 T/A、199 A/V和103 T/A突变。重组分析发现在S基因的高变区826~3142 nt存在1个潜在的重组区域。本研究成功获得1株PEDV全基因组序列,对其进行遗传变异分析,为PEDV分子流行病学研究和新型疫苗研发提供参考依据。

摘要：为估计全州禾花鲤(Cyprinus carpio ***)生长性状的遗传参数,采用嵌套交配设计和人工授精法构建了23个全州禾花鲤家系,利用混合线性模型估计全州禾花鲤体质量、体长、体宽、体长/体宽、日增重的遗传力、表型相关、遗传相关及育种值。结果表明:体质量(0.45,P0.05)为低遗传力。体质量、体宽、全长、日增重性状相互之间有较高的表型相关与遗传相关(0.76-0.99),体质量与体长/体宽、日增重与体长/体宽之间表型相关与遗传相关(0.55-0.67)较低。育种值分析显示日增重与体长、日增重与体宽、体长与体宽性状育种值之间极显著相关(P<0.01),采用育种值开展个体选择与表型值选择结果存在明显差异。全州禾花鲤选育应采用多性状综合选育策略,同时改良生长速度、体型和体色性状,从而获得优质高产禾花鲤新品种。

摘要：旨在建立一种可定量检测鸡细小病毒(Chicken parvovirus,ChPV)的微滴式数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)新型检测方法。引物设计参考了GenBank中ChPV的NS基因保守序列,筛选了特异性探针引物组,采用不同探针引物浓度组合和退火温度梯度对反应条件进行优化,并通过使用该方法与荧光定量PCR(qPCR)和普通PCR方法进行灵敏度比较,同时对其他常见禽病病原体进行检测,以及对40份临床样品进行检测,评估了该方法的特异性、敏感性和重复性。结果显示,该方法最佳引物浓度均为900 nmol/L,最佳探针浓度为600 nmol/L;最佳退火温度为54.0℃;灵敏度比qPCR和普通PCR分别高10倍和1000倍,最低检测限为4.5 copies/μL;对其他常见禽病病原体进行ChPV微滴式数字PCR检测,结果均为阴性;批内和批间重复性较好,变异系数小。结果表明,所建立的ddPCR方法具有更高的敏感性和准确性,可成功用于快速定量检测ChPV感染。

摘要：目的根据A型AIV的M基因和HA基因序列,设计了两对引物。其中XZ145-2和XZ146为通用引物,可检测所有A型AIV,跨幅为244bp;XZH5-1和XZH5-5为H5亚型AIV特异性引物,跨幅为860bp。通过对多重RTPCR扩增条件的优化,建立了快速检测鉴别H5亚型AIV多重RTPCR。该多重RTPCR对H5亚型AIV同时扩增出两条大小分别为244bp和860bp的cDNA片段,对其他A型AIV只扩增出244bp的cDNA片段,对其它常见禽病病原则无244bp和860bpcDNA片段出现。该多重RTPCR对H5亚型AIVRNA最低检出量为10pg。该多重RTPCR对AIV人工感染鸡临床样品和鸡胚分离物进行检测,结果其检出率为100%。

摘要：目的参考AIV M基因和HA基因序列,设计了两对引物。其中XZ145-2和XZ146为通用引物,可以检测所有亚型AIV,跨幅244 bp;XZ H9-1和XZ H9-2为H9亚型特异性引物,跨幅488 bp。方法利用这两对引物,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,成功建立了快速检测鉴别H9亚型AIV的多重RT-PCR技术。结果与结论特异性和敏感性试验结果表明,该技术对H9亚型AIV同时扩增出两条大小分别为244 bp和488 bp的cDNA片段,对其他亚型AIV只扩增出244bp的cDNA片段,对其他常见禽病病原无特异性扩增,结果为阴性;该多重RT-PCR的通用引物对AIV RNA的最低检出量为1pg,对H9亚型RNA的最低检出量为10 pg。