摘要：以香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis)基因组DNA为模板,采用正交设计及单因素比较试验,分别对Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶和DNA模板浓度的PCR原料进行优化,并通过温度梯度PCR,筛选适宜的退火温度。确立了香港巨牡蛎的最适ISSR-PCR反应体系:25μL反应体系中含PCR 1×Buffer,2.5 mmol/L Mg2+、0.2 mmol/L dNTPs、0.2μmol/L引物、1.2 U Taq DNA聚合酶、20 ng DNA模板。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,48～54℃(随引物而确定)退火1 min,72℃延伸1.5 min,35个循环;72℃延伸10 min。利用所建立的ISSR-PCR反应体系对香港巨牡蛎基因组DNA进行扩增,获得了清晰、重复性好、多态性高的DNA谱带,为进一步利用ISSR分子标记研究香港巨牡蛎的遗传多样性奠定了基础。

摘要：为建立Taura综合征病毒(Taura syndrome virus,简称TSV)的TaqMan-MGB探针荧光定量RT-PC方法,根据TSV衣壳蛋白基因保守序列设计引物和TaqMan-MGB探针,扩增产物长度为118bp。将PCR产物克隆到pGM-T载体,重组质粒经筛选鉴定、SalⅠ单酶切,得到线性化转录模板DNA,经体外转录获得标准品RNA。以体外转录的RNA作为模板,进行一步法荧光定量RT-PCR反应,根据RNA模板拷贝数与Ct(Cycle threshold,Ct)值制备了标准曲线,制作的标准曲线在2×101拷贝/μL≤TSV RNA≤2×107拷贝/μL的范围内具良好的线性关系,可以用于TSV的定量分析,检测灵敏度为20个拷贝数。特异性、重复性试验结果表明,该方法对SPF对虾组织RNA没有扩增反应,表现出良好的特异性;组内和组间实验变异系数分别为0.32%～1.84%和0.79%～2.71%。利用TaqMan-MGB探针建立检测TSV的一步法荧光定量RT-PCR方法可用于对虾TSV的检测。

摘要：【目的】建立快速、特异、灵敏检测对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)的TaqMan-LNA探针荧光定量PCR方法,为IHHNV的临床诊断和疫情监测提供更简便的检测技术。【方法】根据GenBank已发表的IHHNV毒株序列,在IHHNV保守区序列设计特异性引物和TaqMan-LNA探针;对荧光定量PCR反应条件进行优化以缩短检测时间,提高特异性和灵敏度;应用TaqMan-LNA探针荧光定量PCR对广西地区的300份凡纳滨对虾样品进行检测,验证方法的实用性。【结果】TaqMan-LNA探针荧光定量PCR检测IHHNV的灵敏度高,约为10个病毒粒子/反应,定量范围宽,在1.6×101～1.6×108拷贝/μL的范围内具良好的线性关系;与SPF凡纳滨对虾组织、WSSV、副溶血弧菌的DNA和TSV的RNA均无反应,特异性好;组内变异系数为0.53%～1.75%,组间变异系数为0.81%～1.14%,重复性和重现性均较好,结果稳定可靠;临床应用结果表明,300份凡纳滨对虾样品检出193份阳性,阳性率为64.3%,表明广西沿海地区养殖的凡纳滨对虾IHHNV感染率较高。【结论】利用TaqMan-LNA探针建立检测IHHNV的荧光定量PCR方法具有快速、特异、灵敏、重复性好、能定量等优点,可用于对虾IHHNV的检测。