摘要：分析化学实验是药学专业重要的基础课程,具有较强的实践性和应用性。总结目前分析化学实验课教学现状,探索该实验课的教学改革,提出课前视频学习结合线下预习的方法,采用以问题为导向和实验操作相结合的教学模式,增加学生自主设计实验的参与度,并将思政元素融入教学中,建立科学合理的考评方法。通过教学改革,培养学生学习能力和创新思维,提高当代大学生综合能力。

摘要：为了培养学生跨学科运用生物信息学分析手段和气相色谱质谱法检测技术来解决问题的能力,建立不同学科专业知识联系,加强学科之间交叉性,开设了气质联用技术实验教学课程。学生通过从综合性(GEO)数据库挖掘基因表达资源,了解生物信息学分析基本过程;学习利用气质联用仪对代谢物组成进行定性分析;验证代谢产物与差异表达基因富集信号通路结果;借助思维导图深入理解实验内容。该实验课程知识点多、综合性强,能提升学生实验操作能力、丰富实验技能、扩充知识领域、提高科研能力。

摘要：通过生物信息学手段分析云南臭蛙抗菌肽的结构与功能,为合成此类抗菌肽和通过基因工程方法生产新药物提供理论依据.通过互联网和计算机软件比较和分析了云南臭蛙抗菌肽的成熟肽序列和二级结构,设计了一个具有抗菌活性的抗菌肽分子.结果表明:成熟肽的正电荷和α螺旋结构与抗菌肽的活性密切相关.根据分析结果,设计了一条抗菌肽序列:GL(A/V/I)AANFLPK(T)AF(L)CXXXK(R)KC,此抗菌肽分子可能具有较强的抗菌活性.表明正电荷是影响抗菌肽与致病菌细胞膜结合的关键,而α螺旋的两亲性结构则在抗菌肽插入脂质双分子层中起重要作用.在维持保守氨基酸不变的情况下,可在适当位置改变或置换一些氨基酸,对天然抗菌肽进行基因改造或人工合成此类抗菌肽,不失为开发新药物的一条捷径.

摘要：为了筛选欧李种壳中单宁提取的最佳工艺条件,以欧李种壳为试验材料,乙醇、丙酮为提取剂,采用L9(34)正交试验设计,对固液比、溶剂浓度、浸提时间、浸提温度等提取条件进行研究。在此基础上,采用随机试验设计,对不同提取剂的较好提取条件进行比较分析,同时用二苯基苦基肼自由基(DPPH)法研究了欧李种壳单宁的自由基清除能力。结果表明:从欧李种壳中提取单宁的最佳工艺条件为70%丙酮,浸提时间5 h,浸提温度60℃,固液比1∶12。按此提取工艺,单宁的提取量为0.180%;当单宁酸的浓度达到0.1 mg/mL时,它的自由基清除能力达到85%,半数清除率时,单宁浓度为0.023 mg/mL,欧李种壳单宁具有较高抗氧化活性。

摘要：目的研究逆转录酶的运动性和生理功能的关系,以及N-乙酰基-β-芳基-1,2-二脱氢乙胺类衍生化合物与其的分子识别,方法采用高斯网络模型和各向异性网络模型研究了p66和p66-DNA的运动模式差异,并用分子对接方法研究化合物与逆转录酶的识别.结果 DNA的结合对p66各区域的运动方向影响不大,但其运动的幅度大大降低.分子对接结果发现Y115和M184的疏水结构在识别的过程中起到重要作用.结论基于各个区域的运动方向分析,推测手指区和RNase H区的开合运动可能是逆转录酶发挥逆转录功能的重要原因.并且,N-乙酰基-β-芳基-1。

摘要：前期工作已用分子对接方法获得了HIV-1整合酶与L708,906抑制剂分子的复合物模型(IN_L708,906),现从距离、能量和氢键三个方面详细地分析了IN_L708,906模型中的关键残基.结果表明,复合物模型与蛋白质晶体库中整合酶(IN)与5CITEP的结合模式相近.用主成分分析和动力学交叉相关图方法分别研究了IN_L708,906复合物模型和IN单体的运动模式及相关性差异.计算结果显示,L708,906抑制剂的结合使得IN功能loop区残基柔性下降、分子规律性运动的丧失及集团运动相关性的无序增加,这些可能是酶活性下降的主要因素.模拟结果将有利于基于芳香二酮酸类的抗HIV药物设计.

摘要：颗粒型甲烷单加氧酶(Particulate methane monooxygenase,PMMO)是一个与细胞膜结合的金属酶,能将烷烃生物催化为醇.研究PMMO与烷烃的结合模式及催化机制将有利于设计合成一个新的模拟酶,进而有效地利用烷烃作为新能源.用分子对接方法获得了PMMO单体与一系列烷烃的结合模式,并对PMMO单体和PMMO-戊烷复合物进行了6 ns的分子动力学模拟,最后对复合物进行了构象成簇及结合能分析.结果表明,戊烷结合到靠近Zn2+的疏水口袋中,该口袋由pmoA亚基的M45～W60和R190～T193以及pmoC亚基的Q161’三个片段组成.动力学结果表明,与PMMO单体比,PMMO-戊烷复合物保持着相近的运动模式,但幅度更明显,另外,戊烷在疏水口袋中的大幅度运动对于PMMO发挥催化作用是必须的.结合能计算揭示疏水相互作用是戊烷与PMMO稳定识别的主要驱动力,所有模拟结果与实验数据吻合较好.

摘要：目的研究二酮酸类化合物（diketoacids，DKAs）与HIV-1整合酶（integrase，IN）的分子识别机制和二者复合物的构象变化，为预测同类化合物抑制活性提供理论支持。方法使用AutoDock程序包将10个二酮酸类化合物与整合酶进行了分子对接，得到一系列对接复合物模型。选取其中两个抑制活性有明显差异的复合物进行了15ns的分子动力学模拟，并从能量和氢键的角度分析了二者与HIV-1整合酶识别的关键残基。结果二者特异性识别主要依靠与DDE基序形成的氢键，结合在由1141～M154，W61-L63和V77构成的口袋中，与实验数据吻合。基于分子动力学模拟轨迹做了结合自由能分解，其中范德华能项与IgIC50有较高的线性相关，结果表明该方程可用于此类化合物的活性预测。结论氢键是抑制剂维持活性及复合物稳定的重要作用力。结合自由能中的疏水作用与抑制活性有明确的相关性。对后续HIV-1整合酶抑制剂设计具有一定的指导意义。

摘要：Faldaprevir类似物(Faldaprevir analogue molecule,FAM)能有效抑制HCV NS3/4A蛋白酶的催化活性,是一种潜在抗HCV先导化合物。通过生物信息学统计分析了已报道的HCV NS3/4A蛋白酶晶体结构,得到了FAM-HCV NS3/4A蛋白酶晶体结构。对FAM-HCV NS3/4A蛋白酶复合物进行了20.4 ns的分子动力学模拟,重点从氢键和结合自由能两个角度分析了二者分子识别中的关键残基及结合驱动力。氢键和范德华力是促使FAM特异性结合到蛋白V132?S139、F154?D168、D79?D81和V55的活性口袋中的主要驱动力,这与实验数据较为吻合。耐药性突变实验分析了R155K、D168E/V和V170T定点突变对FAM分子识别的影响,为可能存在的FAM耐药性提供了分子依据。最后,用自由能曲面和构象聚类两个方法探讨了体系的构象变化,给出体系的4种优势构象,为后续的基于HCV NS3/4A蛋白酶结构的Faldaprevir类似物抑制剂分子设计提供一定的理论帮助。

摘要：肺炎克雷伯碳青霉烯酶能水解临床治疗多药耐药菌感染的碳青霉烯类抗生素,严重削弱革兰氏阴性菌感染的治疗效果.开发新型有效专一的肺炎克雷伯碳青霉烯酶抑制剂有助于提高此类抗生素的治疗有效率.β-内酰胺酶抑制蛋白能竞争性抑制肺炎克雷伯碳青霉烯酶的活性.通过粗粒化模型分析肺炎克雷伯碳青霉烯酶-β-内酰胺酶抑制蛋白复合物的运动模式.结果表明,结合β-内酰胺酶抑制蛋白后,肺炎克雷伯碳青霉烯酶的运动模式发生较大变化.使用分子对接和分子动力学模拟方法得到一系列环硼酸类β-内酰胺酶抑制剂与肺炎克雷伯碳青霉烯酶的结合模式,并从氢键和能量的角度解释该类抑制剂的识别机制与构象-抑制活性间的关系.本研究为后续基于肺炎克雷伯碳青霉烯酶结构的抑制剂设计提供了一定的理论依据.