摘要：目的利用CRISPR/Cas9介导的同源定向修复机制构建长链非编码RNA(lncRNA)核仁小分子RNA宿主基因1(SNHG1)稳定敲除的A549细胞系,并进行功能研究。方法设计靶向SNHG1基因的小向导RNA(sgRNA),将其克隆到LentiCRISPR v2质粒中,构建Cas9‐sgSNHG1质粒。以A549细胞基因组DNA为模板,PCR扩增5′同源臂(5′Arm)和3′同源臂(3′Arm)序列,以pEGFP‐Blast质粒为模板,PCR扩增pEGFP‐Blast‐polyA序列;利用重叠PCR将3个序列连接为5′Arm‐pEGFP‐Blast‐polyA‐3′Arm,通过Gibson克隆将其连接到pUC18质粒上,构建SNHG1同源重组模板质粒。将构建成功的两个重组质粒共转染A549细胞,用杀稻瘟菌素(Blast)筛选稳定插入pEGFP‐Blast‐polyA的细胞株,挑取单克隆。实时荧光定量PCR(qPCR)检测敲除效率,CCK‐8法和克隆形成实验检测细胞增殖活力及克隆形成能力。结果成功构建Cas9‐sgSNHG1及SNHG1同源重组模板质粒,筛选获得敲除效率较高的A549细胞系,发现敲除SNHG1可抑制A549细胞增殖活力及克隆形成能力。结论SNHG1稳定敲除的A549细胞系构建成功,SNHG1的癌基因功能受到显著抑制。CRISPR/Cas9介导的同源定向修复可有效抑制长链非编码RNA的表达,是长链非编码RNA功能研究的重要工具。

摘要：目的探索转化生长因子-β3(TGF-β3)在辐射致肺上皮细胞损伤中的作用及其可能机制,为放射性肺损伤的防治提供实验依据。方法设计合成并筛选Ⅱ型转化生长因子-β受体(TGFBR2)的小干扰RNA(siRNA),用于细胞TGFBR2干涉;将体外培养的人支气管上皮细胞(Beas-2B细胞)及其TGFBR2干涉细胞随机分为对照组、5 ng/ml TGF-β3处理组(TGF-β3组)、6 Gy60Co-γ射线单次照射组(6 Gy组)、6 Gy60Co-γ射线单次照射+5 ng/ml TGF-β3处理组(6 Gy+TGF-β3组),采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测各组胶原蛋白和TGFBR2的表达,RT-qPCR和Western印迹检测上皮间质转化(EMT)相关标志物平滑肌肌动蛋白(α-SMA)的表达;流式细胞术分析细胞凋亡和细胞周期。结果(1)TGF-β3对辐射诱发的细胞胶原蛋白表达增高有明显抑制作用,并可降低辐射所致细胞EMT相关标志物α-SMA基因和蛋白水平的异常高表达,有效保护辐射所致肺组织细胞纤维化改变;(2)TGF-β3可抑制辐射诱导的细胞TGFBR2异常高表达,并对辐射诱发的细胞凋亡和细胞周期G2/M期阻滞均有明显保护作用;(3)对细胞TGFBR2干涉后,TGF-β3对辐射所致细胞凋亡和细胞周期G2/M期阻滞的保护作用丧失,抑制辐射所致肺上皮细胞损伤。结论TGF-β3通过TGFBR2保护辐射损伤的肺上皮细胞。

摘要：目的利用CRISPR/Cas9技术建立人RNase L基因稳定敲除的细胞株。方法根据Gen Bank中RNase L基因序列,设计RNase L敲除的小指导RNA(sgRNA)序列,将其克隆到p Cas-Guide真核表达载体中,获得p Cas指导RNA(gRNA)载体;设计供体DNA的同源臂序列,通过搭桥PCR将左同源臂、潮霉素B抗性基因和右同源臂扩增成为一条片段作为同源重组的修复模板,并将其克隆到p Back Zero-T表达载体上,获得p Back Zero-T-RNase LK载体。将上述两个载体共转染HEK293细胞,用潮霉素B筛选,通过Western印迹和DNA测序等技术验证RNase L从基因组上敲除。结果与结论成功构建了载体p Cas-gRNA和p Back Zero-T-RNase LK,Western印迹和DNA测序结果表明,成功获得5株RNase L缺失的细胞株,为探讨RNase L的生物学功能和研究其分子机制奠定了基础。

摘要：目的构建人细胞分裂周期25家族蛋白B(Cdc25B)基因启动子(promoter)荧光素酶报告基因载体p GL3-Cdc25B-promoter,并检测其转录活性。方法应用欧洲启动子在线数据库(EPD)获得人Cdc25B基因5'端非编码区处包含转录起始位点在内的-2000^+100的DNA序列。以正常人全血基因组DNA为模板,利用PCR扩增该序列,并插入到p GL3-Basic荧光素酶报告基因载体上。通过设计不同引物,进一步构建系列缺失体,共获得7个不同长度启动子序列的报告基因载体。将其与内参质粒pRL-TK瞬时共转染He La细胞,通过双荧光素酶报告基因活性测定实验检测不同缺失体的转录活性。利用定点突变及RNA干扰(RNAi)探究预测的转录因子对Cdc25B转录活性的影响。结果构建的人Cdc25B基因启动子荧光素酶报告基因载体p GL3-Cdc25B-promoter经酶切鉴定及测序结果比对完全正确,将其转染He La细胞后,检测到荧光素酶高表达(P<0.05)。启动子系列缺失分析显示-160^-53片段包含基本核心启动子,与生物信息学的预测结果一致。定点突变及RNA干扰显示NF-YB转录因子对Cdc25B起正调控作用。结论成功构建了7个具有转录活性的人Cdc25B启动子缺失片段,确定了NF-YB是Cdc25B转录的一个重要调控因子,为进一步将其用于抗肿瘤药物的筛选与评价奠定了基础。

摘要：目的通过小单链RNA高通量测序方法分析小单链RNA分子在血清中的稳定性,为获得研发小RNA药物的序列特点提供基础。方法人工合成21nt随机序列小单链RNA分子库,用血清孵育后回收小单链RNA分子,进行高通量RNA测序,对测序结果进行比较分析。结果与结论人工合成的不同序列小单链RNA分子在血清中存在稳定性差异,稳定性小单链RNA分子呈现出碱基偏性和基序特征。上述结果将为小RNA分子药物设计和筛选提供参考。

摘要：目的:利用CRISPR/Cas系统在XRCC6基因5′端插入Flag标签序列,筛选XRCC6-Flag稳定表达的宫颈癌细胞(He La)株。方法:根据Gen Bank中XRCC6基因序列,设计XRCC6基因敲入的g RNA序列,构建入p Cas-Guide载体中,获得p Cas-XRCC6载体;设计XRCC6基因的同源臂序列,利用搭桥PCR方法将同源臂和Flag标签序列作为模板进行扩增,得到供体DNA片段,并将其克隆到p Back Zero-T表达载体上,获得p XRCC6-Donor载体;将上述2个载体共转染He La细胞,采用PCR、Western印迹等方法检测和筛选Flag标签序列插入XRCC6基因5′端的细胞株。结果:构建了p Cas-XRCC6和p XRCC6-Donor载体,筛选获得3株XRCC6-Flag稳定表达细胞株。结论:构建了XRCC6-Flag稳定细胞株,为研究XRCC6基因及其蛋白产物的生物学功能奠定了基础。

摘要：目的通过检测胃癌患者血浆中长链非编码RNA(lncRNA)ENST00000568893.1 RNA序列不同片段水平,探究RNA片段化分析作为筛选胃癌诊断标志物的可行性。方法依据lncRNA ENST00000568893.1 RNA全长序列将其分为3个不同序列片段,分别设计对应各RNA片段的PCR扩增引物,采用qRT-PCR方法检测lncRNA ENST00000568893.1 RNA不同片段在健康者、胃癌前病变和早期胃癌患者血浆中的含量。结果lncRNA ENST00000568893.1 RNA是以片段化形式存在于血浆中,其不同片段在同类型的血浆样本中含量不同,同一片段在不同类型的血浆中含量不同。结论基于lncRNA ENST00000568893.1 RNA片段在胃癌患者血浆中存在异质性,提示血浆RNA片段异质性可用于筛选胃癌标志物分子,将为肿瘤标志物分子的发现提供新的思路。