摘要：利用PCR从3份携带抗稻瘟病Pi40基因的粳稻材料中扩增、筛选获得特异性片段,通过测序分析比对和引物设计,开发出一个SCAR分子标记3F。该标记在15份抗稻瘟病单基因系和抗性品种中能够特异性的检出Pi40基因系。利用Pi40品系4163与丽江新团黑谷构建F2群体123株,发现3F在其中96个单株中检测到550 bp的目标条带,同时田间稻瘟病抗性鉴定结果表明该96个单株田间表现为R,另外27份未检出目标条带的单株表现S,卡方检测分离比符合3:1。进一步利用3F在183份云南水稻育成品种中检测,结果显示仅在其中9份材料中有目标带型出现,而在其它174份云南水稻品种中没有检测到目标带型,这为有目的地开展品种抗性改良提供直接而高效的筛选标记,结果表明3F是一个具有很高的特异性,在云南稻作系统中有实际应用价值的分子标记。以3份感病粳稻材料与4163杂交,构建稻瘟病抗性改良F2群体,利用3F筛选出来的单株经稻瘟病菌喷雾接种鉴定,表现为R,而未检出目标条带的单株则表现为S。