摘要：细胞周期蛋白依赖性激酶(Cyclin-dependentKinases,CDKs)是细胞周期调控的重要因子,也是治疗癌症的一类重要的药物靶标.靛玉红是传统中药当归龙荟丸中治疗慢性疾病的有效成分,靛玉红及其衍生物5-磺酸基-靛玉红对CDKs具有有效的抑制作用.以获得晶体结构的CDK2与5-磺酸根-靛玉红的复合物为模板,通过同源模建和分子对接的方法构建出的CDK4与靛玉红及其衍生物的结合模式.结合CDK4与两种抑制剂的复合物结构,解释了靛玉红和衍生物5-磺酸基-靛玉红之间抑制活性的差别,同时也分析了5-磺酸基-靛玉红对CDK2和CDK4不同选择性的原因.所建CDK4结构为进一步进行基于结构的抗癌药物设计提供了合理的模型.

摘要：在口服药物的发展过程中,人体小肠吸收的预测是候选药物设计、优化和选择的一个主要目标.VolSurf/GRID计算方法作为一个新的工具被用来预测被测化合物的人体小肠吸收,以及测定人体小肠吸收所必需的重要的分子特征.被测化合物包括112个结构不同的类似药物的化合物.使用偏最小二乘判别分析方法在实验数据和人体小肠吸收的理论分子特征之间建立相关性.建立的两个模型之间具有较高的一致性.小肠吸收实验数据与分子特征之间好的相关性(r2=0.82,q2=0.67)表明,从化合物的三维分子结构能够预测人体小肠吸收.有利于人体小肠吸收的药物分子特征包括,分子量中心与亲水区重心的不平衡性,较大的疏水区域以及分子内较少的氢键给体.

摘要：用CoMFA和HQSAR两种QSAR方法研究了50个乙内酰脲类分子的定量构效关系.本研究从构象搜索所得的低能结构出发构建化合物分子的构象,建立CoMFA模型,并进行了全空间搜索.HQSAR本质上是一种二维的QSAR方法,与CoMFA方法相比,该方法在数据处理方面,比CoMFA方法快捷,并且可重复性好.两种方法均得到了较好分析结果,CoMFA的交叉验证相关系数q2值为0.815,HQSAR的q2值为0.893.这些方程有力地说明了该类分子在(R,R)-N-3,5-dinitrobenzoyl-1,2-diamine型手性固定相上拆分过程中的影响因素,对今后类似拆分的实验研究提供了理论支持.

摘要：对一系列多环芳烃分子进行了HF/6 3 1G 水平上的结构优化 ,在优化结构上进行了分子静电势及其导出参数的计算 .运用多元线性回归方法对多环芳烃的沸点、色谱保留指数、水溶性、正辛醇 /水分配系数、正辛醇 /空气分配系数、土壤吸附性、亨利系数以及生物富集因子等理化性质与分子的结构参数进行了关联 .结果表明 :分子空间和表面最负的静电势(Vmin和Vs ,min)、分子表面正的静电势和负的静电势的求和 (∑ V+ s 和 ∑V-s )、表面静电势的平衡参数 (ν)

摘要：多氯联苯(PCBs)是一类重要的持久性环境污染物.首先对所有209个PCB分子进行了HF/6-31G水平上的结构优化,在优化结构上获得了分子的表面静电势分布,并在此基础上对其统计导出的参数进行了计算.其后,运用多元线性回归方法对PCBs的水溶性、正辛醇/水分配系数、正辛醇/空气分配系数、土壤吸附性、水溶液活度系数、298K超冷流体蒸汽压、总分子表面积、色谱保留指数、升华焓、蒸发焓、熔融焓、PCB结合芳烃受体活性数据、生物降解度以及生物降解速率参数等理化性质和生物活性与分子的结构参数进行了关联.结果表明:分子静电势参数结合分子表面积和常规的量子化学参数可以很好地用于表达多氯联苯分子理化性质和生物活性与其分子结构间的定量关系.

摘要：利用VolSurf参数和比较分子场分析(CoMFA)方法对N,N-二取代三氟-3-氨基-2-丙醇衍生物类胆固醇酯转运蛋白抑制剂进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)模型研究,均得到较好的结果,训练集模型具有良好的预测能力.VolSurf参数分析表明抑制活性高的分子必须具有合适的亲水性、多的氢键给体和少的氢键受体;在一定范围内,分子量大、表面光滑且非球性高的分子抑制活性高;高疏水性以及质量中心与疏水区中心的高不平衡性对活性是不利因素.CoMFA结果表明,立体作用对活性的影响较静电作用稍强,N-苯基取代基苯氧基的间位体积大且正电性强的基团对活性有利,N-苄基取代基的间位体积大且合适的电负性对活性有利,而苄基的对位立体位阻的增加则对活性不利.VolSurf参数提供了分子整体性质信息,CoMFA提供了取代基信息,两者互为补充,对该类抑制剂新化合物的设计具有指导意义.

摘要：运用微扰MP2和密度泛函B3LYP方法在不同的基组水平上对锂离子与一系列以杂环为主的芳香化合物所形成复合物的可能构型进行了优化 ,获得了复合物的几何构型、电荷转移量、结合能等重要信息 ,对阳离子 π作用与阳离子 -杂原子作用的竞争情况进行了讨论 .特别是 ,我们发现此体系阳离子 π复合物的结合能和芳环单体中心上方一个点的静电势成很好的线性相关 .揭示了锂离子与芳香杂环形成阳离子 π复合物的形成过程中静电势起着非常重要的作用 ;同时表明 ,可用芳环表面静电势来定量预测较复杂体系阳离子 π作用结合能的大小 .

摘要：6-羟甲基-7,8-二氢喋呤磷酸化酶(HPPK)催化细菌进行叶酸合成反应中的第一步,即焦磷酰从三磷酸酰酐(ATP)转移到6-羟甲基-7,8-二氢喋呤(HP),被认为是基于结构虚拟筛选新型抗生素的理想靶标.本工作分别以HPPK和含有金属离子Mg2+的HPPK为受体,以底物类似物为配体进行了对接,发现活性口袋大小、金属镁离子对对接结果有较大的影响.特别是金属镁离子的加入不仅可大大提高对接结果的可信度,同时可增加虚拟筛选的命中率.这一结果将为设计新的HPPK抑制剂提供一定的理论指导.

摘要：从三种冠状病毒主要蛋白酶SARS 3CL ,HCoV 3CL和TGEC 3CL蛋白酶结构出发 ,着重研究了三种蛋白酶二聚体单体之间的静电和疏水相互作用 .用连续介质模型有限差分方法计算得到三种蛋白二聚体界面处的静电势 ,发现三种蛋白酶单体和单体之间静电势分布具有明显的互补性 ,三种蛋白酶二聚体单体之间具有相同的静电相互作用能 .用溶剂可及表面积模型分析了分子表面积及疏水性 ,发现三种蛋白酶具有相同的疏水分布 ,其中SARS 3CL蛋白酶疏水率为 74% ,驱动其单体聚合成二聚体 .对三种蛋白酶的去溶剂化能疏水项的计算表明 ,三种蛋白酶二聚体单体之间具有相似的疏水相互作用能 .

摘要：细胞周期蛋白依赖性激酶II (cyclin dependentkinase 2 ,CDK2 )是一种重要的治疗癌症的靶标 .本文中采用分子动力学取样 ,运用MM PBSA/GBSA两种方法计算了CDK2 NU610 2复合物的绝对结合自由能 .通过能量分解的方法考察了CDK2大分子主要残基与配体NU610 2之间的相互作用和识别 .