摘要：【目的】研究BaMV福州分离物BaMV-TMS1及其携带的卫星RNA(satBaMV)分离物satBaMV-TMS1的全基因组特征,明确其系统发育关系;对BaMV进行c DNA侵染性克隆构建方法的改进,为其反向遗传学体系的快速建立提供简便的方法。【方法】根据已报道的BaMV和satBaMV全长序列保守区分别设计2对和1对扩增引物,从感染BaMV的竹叶中扩增、克隆获得BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1的全长序列,并进行序列特征分析和系统发育树构建。采用多片段无缝克隆方法将扩增得到的2个病毒DNA片段和载体进行连接并转化农杆菌,接种本氏烟后检验其侵染性。【结果】测序获得的BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1分离物核苷酸序列全长分别为6 366和834 nt(不含3'端的多聚腺苷酸尾),具有典型的BaMV和satBaMV基因组结构特征。BaMV-TMS1分离物与已报道的其他分离物序列同源性为82%~83%,而satBaMV-TMS1分离物与其他分离物的序列同源性为92%~93%。系统进化树分析表明,BaMV-TMS1分离物可单独形成一簇,satBaMV-TMS1分离物也单独形成一个新的分支。侵染性克隆通过农杆菌注射接种本氏烟10天以后,RT-PCR检测以及透射电镜负染观察结果都验证病毒成功侵染。【结论】BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1分离物与已知序列有着较高的变异度且生成新的系统发育树分支,体现了该病毒与卫星RNA较高的遗传多样性。本研究成功构建具有生物活性的BaMV侵染性克隆且构建方法相对简单快速。

摘要：东亚西番莲病毒(East Asian Passiflora virus,EAPV)、夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV)和黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)是当前危害我国西番莲的主要病毒种类。为建立同时快速检测西番莲上EAPV、TeMV和CMV的可视化多重逆转录环介导等温核酸扩增(Multiplex reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,multiplex RT-LAMP)技术,本研究根据GenBank已报道的EAPV、TeMV和CMV外壳蛋白(Coat protein,CP)基因序列保守区域分别设计、筛选特异性引物,并通过反应体系和反应条件的优化,建立了可同时快速检测EAPV、TeMV和CMV的多重RT-LAMP技术,并进行了特异性、灵敏度测定及西番莲果园样品的检测。结果表明,建立的多重RT-LAMP方法特异性良好,可对EAPV、TeMV和CMV同时进行检测,而与西番莲上其他病毒及阴性对照无交叉反应;多重RT-LAMP的灵敏度最低可检测稀释至145×10-3 ng/μL总RNA,与一步法RT-PCR方法的灵敏度相当;西番莲果园样品3种病毒的多重RT-LAMP检测结果与一步法RT-PCR检测结果一致。本研究建立的多重RT-LAMP方法操作简便、特异性强、灵敏度高,适用于基层实验室和现场对西番莲上EAPV、TeMV和CMV的快速初筛。

摘要：植物黄单胞菌病原细菌分泌的TAL效应子(Transcription activator-like effector)可结合特异的双链DNA。TAL是由序列几乎相同的多个DNA结合域的重复串联而构成的,每个DNA结合模块的重复可变双残基特异识别一个DNA碱基。TAL和核酸修饰相关功能域融合而成的定制TAL效应子(dTALE)能特定靶向修饰基因组DNA,在新近遗传工程中扮演重要角色。目前,TAL效应子与核酸酶FokI融合成的TALEN核酸酶(TALEN)能够靶向识别基因组位点并由核酸酶切割双链DNA造成双链断裂,通过同源重组(HR)或非同源末端连接(NHEJ)进行双链修复从而引发特定位点的基因突变。TALENs在多个模式生物中都具有较高的靶向有效性,而且TAL效应子DNA结合域可进行模块化设计,能够发展成高通量的基因靶向修饰和调控的平台,具有广阔的实际应用前景。对TAL效应子特异识别DNA的结构分析、TALENs的设计策略以及TAL效应子在基因组靶向修饰中的应用与展望等方面进行了概述。

摘要：为明确引起福建省福州地区豨莶上黄脉症状的病原,利用PCR技术,从3个样品上均扩增到双生病毒约500 bp的特异片段,选择病毒分离物Fz02进行全序列测定.结果表明:Fz02 DNA-A全长2771 nts,具有典型的双生病毒的基因组结构特征,与豨莶黄脉病毒广州分离物(Sb YVV-Gz01)同源性最高,达93.4%.利用设计的卫星分子的特异性引物,在病毒分离物Fz02中扩增到betasatellite分子(Fz02β).Fz02β全长1359 nts,与Sb YVV广东分离物(GD13)伴随的betasatellite同源性最高,为85.3%.系统关系树表明,Fz02与Sb YVV各分离物聚类为一个大分支.此外,Sb YVV序列变异较大.

摘要：为揭示马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)P1基因的分子变异及结构特征,并查明福建分离物P1基因的变异来源。文章设计一对简并引物从感染PVY的马铃薯病叶扩增、克隆获得福建分离物P1基因的cDNA全长序列,分析其核苷酸序列和氨基酸序列的特征,并采用贝叶斯法重建P1基因的系统发育树。结果显示,12个福建分离物均成功扩增出预期大小(约915 bp)的特异性片段,P1基因的核苷酸序列与已报道的PVY不同株系的核苷酸序列一致性为73%～99%;QK44、XT02、XT08、LH05分离物的309 nt位置均检测到一个强烈的重组信号。12个PVY分离物中,P1蛋白有85个变异的氨基酸位点,表明其高度变异;P1蛋白的第41～275位是一个高度保守的结构功能域,含有3个保守的活性位点(H192、D201、V235);系统发育分析显示,福建分离物形聚为3种不同的簇,其对应的卷曲结构(Coiled-coil domain)和空间结构也不相同,表明不同株系型的P1基因在系统发育关系上分化较大。该研究结果表明PVY P1基因在核苷酸序列、氨基酸序列以及空间结构具有高度变异性,但行使P1蛋白功能的活性位点所在的氨基酸(H192、D201和V235)均高度保守;福建分离物P1基因的变异源主要来自碱基突变和基因重组。

摘要：为揭示马铃薯Y病毒（Potato virus Y,PVY）pipo基因的分子变异和结构特征,文章根据文献报道的马铃薯Y病毒属（Potyvirus）pipo基因保守区序列设计一对简并引物,从感染PVY的马铃薯病叶中克隆获得pipo基因的cDNA全长序列,分析其核苷酸序列和氨基酸序列的特征,并基于氨基酸序列使用贝叶斯法重建了Potyvirus的系统发育树。结果显示：20个PVY分离物成功扩增出预期大小（约235bp）的特异性片段,其核苷酸序列与已报道的其它PVY株系的pipo基因核苷酸序列一致性均在92%以上;5′端均含有典型的G1-2A6-7基序（motif）,无碱基插入/缺失,所有的核苷酸变异都是碱基置换,共发现13个多态性位点,其中4个简约信息位点,9个单一变异位点,表明该基因高度保守,但不同分离物也存在一定的分子变异;PIPO蛋白理论等电点11.26~11.62,无信号肽和跨膜区,是可溶的亲水性蛋白;整个蛋白含有3个保守区,其中位于10~59aa的基序最为保守。该蛋白主要定位于线粒体中,可能是线粒体导肽。系统发育分析结果显示,源于PVY不同株系优先相聚成簇,而向日葵褪绿斑驳病毒（Sunflower chlorotic mottle virus,SuCMoV）与辣椒重花叶病毒（Pepper severe mosaic virus,PepSMV）的亲缘关系较PVY相比更近,与前人的结果相一致,表明PIPO蛋白可以作为研究Potyvirus系统发育关系的新的分子标记。

摘要：竹花叶病毒(Bamboo mosaic virus,BaMV)是马铃薯X病毒属唯一携带有卫星RNA的成员,目前已经在巴西、美国以及中国台湾等地的竹类栽培区产生危害,严重影响竹材的经济价值,而在中国大陆还不曾有相关报道。根据GenBank上报道的BaMV和其伴随卫星RNA(satBaMV)序列以及未公布的序列分别设计了1对特异性引物,在优化RT-PCR条件的基础上,成功建立了BaMV的RT-PCR检测方法。CpC-F/R用于扩增部分BaMV-CP序列(527 bp),SaC-F/R用于扩增satBaMV部分序列(472 bp)。把所建立的方法用于检测分别采自成都和福州的不同品种竹子病叶,结果均检测出了BaMV和satBaMV,而无症样品未得到任何产物。本研究在基因水平上为BaMV的检测提供了快速、准确、灵敏的新体系,为我国竹类栽培过程中竹花叶病毒的检测和防治提供了有效手段。

摘要：苄嘧磺隆是一种低毒高效安全的磺酰脲类除草剂,但由于其过度使用在土壤中所形成的残留同样对于后茬敏感作物会产生危害。本研究分析一些植物生长调节剂及其抑制剂对受到苄密磺隆残留危害的烟草生长的影响,设计不同的处理组与对照组在症状出现时间、植株长势以及恢复正常生长方面进行比较。试验中发现茉莉酸(JA)、水杨酸(SA)及它们的抑制剂水杨羟肟酸(SHAM)、二乙基二硫代氨基甲酸二乙胺盐(DIECA)后烟草仍然会出现由于苄密磺隆残留导致的症状如叶片畸形、卷曲、质地脆硬以及黄化。但在其后生长调节方面,施用SA的处理组烟草长势最良好,在特定的试验时间段内(处理及施药后20d内)恢复正常生长的能力最好。相反SHAM与DIECA混合施用下的烟草长势不仅没有得到改善,长势甚至弱于仅用溶剂施用的处理组,且没有样本恢复正常生长。试验结果表明SA可以明显有利于受到土壤中苄嘧磺隆危害下烟草的生长。但是SA的施用方案有待进一步优化以实现更好的效果。

摘要：物种是生物多样性与分类学研究的基本单元,物种识别是生物学研究的基本问题之一。物种的划分一直以来都没有一个明确统一的标准,这使得分类学多少带有主观的色彩,并经常被看作艺术而不完全是科学的研究。本文简要概述了菌物分类学研究中常见的3个物种概念,即形态学种、生物学种和系统发育学种的背景和应用现状,并通过实例讨论了这3个物种概念的特点及应用中存在的问题,特别是各个物种概念之间的交错,以期为菌物分类学研究和物种概念探讨提供参考。

摘要：为明确引起福建省福州市长乐地区番茄上曲叶症状的病原,提取样品总DNA,利用简并引物PA/PB进行PCR扩增,从10个样品中均可扩增到500 bp左右的特异条带.NCBI BLAST序列比对表明,该序列与番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)核苷酸序列相似性最高,达99.0%.再根据已知500 bp序列设计1对反向引物,扩增TYLCV分离物Fz01全基因组近全长,克隆并测序.经序列拼接发现,TYLCV分离物Fz01基因组全长2781 nts(KP685598),与已报道的TYLCV其他各分离物相似性均在89.3%以上,而与来自中国不同地区的TYLCV分离物的相似性均在98.7%以上.因此,Fz01属于TYLCV的一个分离物.