摘要：为了建立甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)和甘薯矮化褪绿病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法,提高检测灵敏度,实现结果的可视化。根据SPFMV外壳蛋白基因(CP)的核苷酸序列和SPCSV的热休克蛋白基因(Hsp 70)的核苷酸序列设计4条RT-LAMP特异性引物,采取单因素优化试验,对RT-LAMP反应体系中的多个因素包括时间、温度、BST聚合酶、Mg^(2+)、RNase抑制剂、dNTPs和Betaine浓度优化,恒温扩增60 min。经琼脂糖凝胶电泳分析,SYBR Green I可视化显色,结果表明:SPFMV的优化反应体系为:FIP/BIP 2μL、F3/B30.5μL、BST聚合酶1.0μL、dNTPs 0.6μL、MgSO 41.5μL、RNase抑制剂1.0μL、Betaine 7μL,62℃60 min。SPCSV的优化反应体系为:FIP/BIP 2μL、F3/B30.5μL、BST聚合酶1.0μL、dNTPs 0.6μL、MgSO 41.5μL、RNase抑制剂1.2μL、Betaine 7μL,64℃60 min。进一步利用SPFMV全基因组的4个片段(SPFMV-1、SPFMV-2、SPFMV-3、SPFMV-4)、SPCSV-Hsp 70和RGNNV进行特异性检验,分别建立了SPFMV和SPCSV的特异性RT-LAMP检测方法,扩增出了具有RT-LAMP的典型瀑布状条带,与凝胶电泳和SYBR Green I显色结果一致,SPFMV和SPCSV的灵敏度检测下限分别为:1×10^(-6)、1×10^(-3)ng·μL^(-1),该方法检测灵敏度高,实现了结果的可视化。对田间甘薯苗和离体组织培养甘薯苗进行检测验证,SPFMV-RT-LAMP检测方法成功率为100%,SPCSV-RT-LAMP检测方法的成功率为95%,表明研发的SPFMV和SPCSV的RT-LAMP检测方法适用于SPFMV和SPCSV的快速检测。

摘要：目的:采用机械法破碎细胞壁释放DNA,以达到快速用于PCR的目的。方法:用全自动研磨仪破碎细胞,设计16个频率和时间的组合,探究不同研磨频率和研磨时间的组合对DNA提取的影响,并将每个组合提取的DNA进行PCR。同时,利用研磨仪结合液氮进行研磨,以此来提取完整的基因组DNA。结果:不同的研磨频率和研磨时间的组合提取的DNA经PCR扩增后,均能得到目的条带。综合考虑选出DNA快速提取的最佳组合为研磨频率60 Hz,研磨2 min。直接研磨不能提取出完整的基因组DNA,若利用研磨仪结合液氮进行研磨,则可以快速提取出完整的基因组DNA,研磨条件为40 Hz,研磨2 min。在茂源链霉菌、三角褐指藻和酿酒酵母中利用研磨仪研磨法快速提取的DNA均实现了目的片段的扩增,最后用该方法提取的DNA在茂源链霉菌中实现了4023 bp较大片段的扩增。结论:建立了快速提取DNA用于PCR的方法,该方法在茂源链霉菌、三角褐指藻和酿酒酵母中均取得成功,证明该方法具有普遍的适用性,该方法提取的DNA也适用于较大目的片段的PCR实验。