摘要：旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析,明确其基因特征后,设计特异性实时荧光定量RT-PCR检测(RT-qPCR)引物组,建立检测PiMeV的RT-qPCR方法。结果显示:PiMeV-CHN001株3 C基因全长为591 bp,编码197个氨基酸,和其他2株野鸽源PiMeV(MeV-B1株和MeV-B2株)核苷酸相似性分别为89.5%和92.0%。建立的检测PiMeV的RT-qPCR方法的标准曲线Y轴截距为37.93,斜率为-3.335,相关系数为1.00,扩增效率为99.4%。特异性强,仅PiMeV出现特异性扩增信号和特异性峰值[Tm值为(81.69±0.22)℃],对鸽源禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)、鸽源禽I型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type I,PPMV-1)、鸽输血传播病毒(pigeon torque teno virus,PTTV)、鸽腺病毒(pigeon adenovirus,PiAd)及鸽圆环病毒(pigeon circovirus,PiCV)检测均未见特异性扩增信号;敏感性优,最低检测限为54.0拷贝·μL^(-1);重复性好,批内和批间变异系数均低于1.5%。用建立的检测方法对42份信鸽粪便样品进行检测,发现2份阳性样品(阳性率为4.76%)。本研究首次证实我国大陆地区信鸽中存在PiMeV,丰富了PiMeV宿主谱信息;建立的RT-qPCR方法为后续开展PiMeV流行病学研究提供支撑。

摘要：根据多黏菌素耐药基因mcr-1的保守序列,设计合成一对重组酶介导扩增方法(RAA)特异性引物和一条FAM标记的荧光探针,优化扩增条件,建立了检测多黏菌素耐药基因mcr-1的RAA方法,验证其特异性和敏感性,并应用于临床检测。结果显示,建立的RAA方法只需21 min就能出结果,能特异性地检测多黏菌素耐药基因mcr-1,最低能检测出10~2的mcr-1阳性质粒拷贝数,也可很好地检测出临床样品中的mcr-1基因。4株临床分离大肠埃希氏菌株样品,有2株mcr-1基因阳性,2株为mcr-1基因阴性。

摘要：鸭腺病毒3型(DAdV-3)是我国鸭群中出现的一种新型腺病毒,属于腺病毒科禽腺病毒属成员。为建立DAdV-3的快速检测方法,本研究根据DAdV-3的fiber2基因,设计特异性的LAMP检测引物,构建重组质粒标准品pT-DAdV-3,经各反应条件优化,建立了DAdV-3 LAMP快速检测方法。结果显示,建立的LAMP检测方法最佳反应条件为64℃40 min;该方法仅对DAdV-3呈阳性反应,与番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、鸭源减蛋综合征病毒等其他常见鸭源传染病病原均无交叉反应,特异性强。该方法对重组质粒标准品的最低检测限为50拷贝/μL;利用本研究建立的LAMP方法、前期建立的PCR方法和基于MGB探针的荧光定量PCR方法对临床收集的66份鸭组织病料样品进行检测,结果显示阳性率分别为13.63%(9/66)、13.63%(9/66)和15.15%(10/66);且LAMP检测的阳性样品经PCR方法检测和荧光定量PCR方法检测均为阳性,符合率为100%。本研究首次建立了检测DAdV-3的LAMP方法,该方法快速敏感、特异性强,为该病的流行病学调查提供技术支撑。

摘要：【目的】实现猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的快速鉴别诊断,并调查分析福建省2019–2021年PEDV和TGEV流行情况。【方法】根据PEDV的N基因和TGEV的S基因序列分别设计特异性引物和标记FAM、VIC荧光报告基团的探针,建立、优化双重荧光定量PCR反应条件和体系,并检测其敏感性、特异性和重复性。应用该方法对福建省2019–2021年收集的297份疑似腹泻病料进行病原检测。【结果】建立的方法对PEDV和TGEV的最低检测限均为10拷贝·μL^(-1),比普通PCR检测灵敏度提高100倍;对其他常见猪病原不发生非特异性反应;批内、批间变异系数均小于1%。福建省297份临床样本检测结果显示,单PEDV感染率为88.89%,单TGEV感染率为1.01%,PEDV和TGEV混合感染率为3.37%。【结论】本研究建立的方法具有敏感性高、特异性强、稳定性好等特点。福建省内2019–2021年以PEDV感染为主,TGEV感染率低,存在PEDV、TGEV混合感染的情况。

摘要：【目的】研究新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV)弱毒S株C30在雏番鸭血液中的病毒血症,口咽、泄殖腔的排毒规律及靶器官的带毒时间,了解弱毒S株在雏番鸭体内的增殖规律和致弱机理。【方法】设计特异性引物,建立检测NDRV核酸的RT-qPCR方法;新型鸭呼肠孤病毒弱毒S株第30代(NDRV-S-C30)腿部肌肉注射2日龄雏番鸭,在免疫后1、2、3、4、6、8、10、12、14 d(Days post vaccination,dpv)采集其血液、肝脏、脾脏、泄殖腔分泌液和口咽液,用RT-qPCR方法检测NDRV在血液、口咽、泄殖腔及靶器官的增殖能力及带毒时间。【结果】建立了检测NDRV核酸的特异性RT-qPCR方法,使用该方法检测NDRV弱毒攻毒雏鸭的口咽和泄殖腔排毒时间分别为2~8 d和2~10 d,排毒高峰期为4~6 d;病毒血症时间为1~4 d,其中1~2 d为病毒血症高峰期;弱毒在肝脏的带毒时间为3~6 d,在脾脏的带毒时间为1~8 d。【结论】NDRV-S-C30弱毒株免疫雏番鸭后可通过口腔和泄殖腔向外界排毒,仅能引起较弱的病毒血症反应,且在肝脏中的增殖能力弱,丧失了对易感靶器官造成病理损伤的能力。明确了NDRV弱毒S株的排毒规律及病毒血症时间,为建立弱毒免疫效力评价方法奠定了基础。

摘要：番鸭白肝病是2014年以来我国番鸭流行的一种新疫病,其病原为一种与鸭腺病毒B型法国GR株同源性较高的新型腺病毒,暂命名为鸭腺病毒B血清2型(DAdV-B2),将法国GR株命名为鸭腺病毒B血清1型(DAdV-B1)。为建立同时检测DAdV-B1和DAdV-B2的方法,本研究根据GenBank中DAdV-B1 fiber基因和DAdV-B2 fiber1基因序列特征,分别设计了2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了可以同时检测这两种病毒的双重PCR方法。结果显示:优化后的PCR方法最佳退火温度为60.1℃,最适引物浓度为0.16μmol/L;利用该方法对DAdV-B1、DAdV-B2、鸭腺病毒A型(DAdV-A)、禽腺病毒血清4型(FAdV-4)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV)、新型呼肠孤病毒(NDRV)、番鸭源鹅细小病毒(MDGPV)、番鸭细小病毒(MDPV)和禽坦布苏病毒(ATUMV)等检测,结果显示,该方法仅对DAdV-B1和DAdV-B2有特异性扩增,对其他鸭临床常见病原均无扩增,特异性较强。将DAdV-B1 fiber和DAdV-B2 fiber1质粒标准品等体积混合并作10倍倍比稀释后作为模板,利用该双重PCR方法检测,结果显示,该方法对DAdV-B1 fiber和DAdV-B2 fiber1质粒标准品的最低检测限分别为175拷贝/μL和163拷贝/μL,对DAdV-B2的最低检出滴度为1×10^(1) TCID_(50),敏感性较高。批内和批间的重复性试验检测结果均一致,重复性好。利用该双重PCR与单一PCR方法同时对64份临床样品检测,结果显示二者的符合率为100%,其中DAdV-B2的阳性率为79.7%(51/64),DAdV-B1的阳性率为4.7%(3/64)。以上结果表明本研究建立的双重PCR方法特异性较强、敏感性较高和稳定性较好,为DAdV-B1和DAdV-B2的临床鉴别检测及其分子流行病学调查提供了技术手段。

摘要：根据鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DFV)NS5基因序列特征设计引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测模式的实时荧光定量RT-PCR(real-time RT-PCR,RRT-PCR),该方法检测DFV NS5基因2.74×103～2.74×107拷贝/μL反应范围内有很好的线性关系。扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,Tm值为(86.23±0.18)℃,对禽流感病毒、鸭肝炎病毒、鸭源禽1型副黏病毒、鸭减蛋综合征病毒、番鸭呼肠孤病毒核酸均无阳性信号扩增,可重复性好,组内变异系数为0.52%～1.48%,组间变异系数0.71%～2.21%。检测速度快,从样本处理到报告结果仅需4h。

摘要：对副猪嗜血杆菌神经氨酸酶基因进行PCR扩增、克隆和测序,并进行同源性比较。应用生物信息学方法,对副猪嗜血杆菌神经氨酸酶的二级结构和B细胞抗原表位进行预测。结果显示,副猪嗜血杆菌神经氨酸酶基因全长2 007bp,编码668个氨基酸,同源性分析显示所测5株不同血清型的副猪嗜血杆菌神经氨酸酶基因相似度在98%以上,对应氨基酸相似度在97%以上。二级结构的预测结果显示该酶主要以无规则卷曲、α螺旋和延伸链为主,只有少数的β转角;推测该酶有16个B细胞优势抗原表位区域、8个糖基化位点。该研究为进一步分析副猪嗜血杆菌免疫机理、表位疫苗设计等奠定理论基础。

摘要：通过研究副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)寡肽结合蛋白(Oligopeptide Binding Protein A,OppA)的生物学特性,为副猪嗜血杆菌亚单位疫苗的研制奠定基础。本试验设计了1对特异性引物,应用PCR方法来扩增副猪嗜血杆菌肽聚糖相关脂蛋白的全基因序列,并进行克隆和测序。并且采用生物信息学方法,对Hps的oppA基因核苷酸及其对应氨基酸序列进行比对,选取其中的血清学5型分离株,对其OppA蛋白的分子结构、理化性质及结构功能域、蛋白质二级结构等重要参数进行了预测和分析,并对OppA蛋白的三级结构进行了同源建模。PCR扩增出1 638bp的目的片段;测序结果显示出不同血清型Hps之间oppA基因核苷酸序列相似性有一定的差异,而所对应的氨基酸序列却差异更小;OppA蛋白的理论等电点为6.45,偏弱酸性;OppA蛋白的二级结构以α螺旋、不规则卷曲和β片层为主要构件;Hps的OppA蛋白的氨基酸序列与鼠疫耶尔森氏菌2Z23蛋白的同源性为57.20%,以2Z23蛋白结构为模板成功构建了Hps的OppA蛋白三维结构分子模型,该OppA蛋白三维结构中与2Z23蛋白相似,也有3个结构域,在疏水口袋中有1条5肽结构。Hps的OppA蛋白的成功模建为OppA蛋白功能的深入研究提供了参考依据。

摘要：为探究福建省新流行的猪伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus,PRV)g D基因的遗传进化情况,根据GenBank已公布的PRV gD基因序列设计1对特异性扩增引物,对新分离PRV FJMH1907b株的gD基因进行PCR扩增、测序,与国内外已发表的15个毒株进行同源性比对分析,并构建遗传进化树。新分离FJMH1907b毒株与国外Kaplan毒株及疫苗毒Bartha株不属于一个大的分支上,与国内FJ-Y21株、Anhui-ZJ1株、LC株及TJ株同属一个小分支上;新分离FJMH1907b毒株与其它参考毒株gD蛋白的同源性为87.7%~100%,与国外毒株的同源性为87.7%~99.7%。本研究为丰富福建省猪群PRV的分子流行病学和掌握PRV的分子遗传进化规律奠定基础。