摘要：基于火龙果小RNA组测序序列设计miR 396 b特异引物,采用茎环法和加尾法分别对火龙果miR 396 b进行表达分析,并对2个常用内参基因5 S和U 6的稳定性进行评价,建立火龙果miRNA表达分析的qRT-PCR检测体系。结果表明,U 6作为内参基因更稳定;茎环法灵敏度高、特异性强,以茎环法设计的引物检测miR 396 b在火龙果不同组织均有表达,且在火龙果幼茎受干旱(15%PEG)处理后呈下调趋势。因此,茎环法实时定量更适用于火龙果miRNA的检测。

摘要：本文以感病火龙果茎为研究材料,根据火龙果主要病毒病Pitaya virus X(PiVX)、Schlubergera virus X(SchVX)、Cactus virus X(CVX)及Zygocactus virus X(ZyVX)的保守序列设计特异性引物,运用RT-PCR技术进行扩增,将目的片段回收、克隆和测序。结果表明,4种病毒序列与NCBI数据库里相应病毒核苷酸序列均具有较高的一致性。利用梯度稀释法依次将cDNA稀释为2、2~2、2~3、2~4、2~5、2~6、2~7倍,对各病毒灵敏度进行分析,结果显示,能检测出大部分病毒的火龙果cDNA最低浓度是45.75 ng/μL。应用该方法对贵州省罗甸县部分火龙果生产园内植株进行病原检测,结果显示该检测体系能特异、灵敏、稳定地检测出PiVX、SchVX、ZyVX及CVX这4种病毒。

摘要：本研究利用MISA软件筛选火龙果转录组测序获得的108 127条Unigenes,共检测出7 622个EST-SSR位点,其发生频率为6.02%,平均每9.00 kb出现1个位点。单核苷酸重复类型占优势,占总EST-SSR位点的56.59%,其次是二核苷酸和三核苷酸,分别占28.4%和14.04%;其它特性重复类型数量较少,所占比例均不足1%。二核苷酸重复基元类型中以AG/CT、AC/GT为优势重复基元,分别占总SSR位点数目的25.37%和2.02%;三核苷酸重复基元类型以AAG/CCT为主,占总SSR位点数目的 3.13%。设计合成125对EST-SSR引物,并随机选取8份形态学差异明显的火龙果种质提取基因组DNA,进行PCR扩增,采用琼脂糖凝胶电泳和10%聚丙烯变性凝胶电泳检测方法对引物进行初步检测,筛选出32对扩增条带锐利清晰的引物。选取38份火龙果种质对筛选出的引物进行多态性检测,获得16对多态性较好的引物,共扩增出47个多态性位点,多态信息含量(polymorphism information content, PIC)范围为0.243～0.667,平均多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)为0.459,平均观测等位基因数(number of alleles, Na)为3,平均香农信息指数(Shannon's information index, I)为0.891;利用引物C31931、C13719和C32141等8种引物组合可以有效区分38份火龙果种质,构建其DNA的EST-SSR指纹图谱;UPGMA聚类分析,以0.62为阈值,可将38份火龙果种质分为3类:第一类包括红肉与粉红肉种质,第二类为白肉种质,第三类为蛇鞭柱属的2个种质。本研究基于火龙果转录组测序序列开发了一批具有高度多态性潜力的SSR引物,该引物可有效地将38份火龙果种质区分开来。因此,基于火龙果转录组测序开发的EST-SSR标记,可为火龙果种质鉴定、亲缘关系分析及遗传图谱构建等提供更丰富的标记来源。

摘要：为探究WIF1(Wnt inhibitory factor 1)基因中WIF1-I8-sv889结构变异位点变异与皱皮香猪躯干被毛形成的关系,本试验采用冰冻组织切片观察皱皮香猪皮肤毛囊的组织学形态,采用PCR方法分析WIF1-I8-sv889位点在猪群中的分布频率,并通过在线软件UCSC、RegRNA 2.0对结构变异序列所含的功能元件进行分析。组织学研究显示,与正常香猪和大白猪皮肤相比,皱皮香猪毛囊毛根鞘伸入真皮层,形成棘突,且皱褶凹陷处毛囊聚集,相反皱褶凸起处毛囊较少;皱皮香猪皮肤毛囊中的毛球宽度显著增大(P<0.05),单个毛囊中的毛干数极显著增多(P<0.01)。在WIF1-I8-sv889结构变异断点两端设计特异性引物,扩增片段长1 383 bp,与参考基因组比,1383 bp中889 bp为结构变异区间,缺失581 bp,倒置308 bp。群体分布结果显示,猪群中WIF1-I8-sv889位点呈现出丰富的多态性,检测到3种基因型:正常的II型、杂合的DI型和缺失的DD型,皱皮香猪中未检测到II型;与正常香猪和大白猪相比,皱皮香猪中D等位基因占优势(94.44%);经卡方检验,皱皮香猪D等位基因显著或极显著高于正常香猪和大白猪(P<0.05;P<0.01)。结果提示,WIF1基因中的WIF1-I8-sv889结构变异可能与皱皮香猪毛囊的形态发生有关。

摘要：利用同源序列法根据Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶保守区设计简并引物,从中国樱桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)中分别扩增出约260和430 bp的目标片段,并进行克隆、测序、序列分析及转录活性检测。共获得44条Ty1-copia类反转录酶序列,13条Ty3-gypsy类反转录酶序列,序列间显示高度异质性,部分序列存在缺失、终止密码子及移码突变。系统发育树显示Ty1-copia可以分为TAR、Ale两类,Ty3-gypsy可以分为Tat、Reina、Tekay等3类。Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录酶dN/dS值均小于1,并且Ty3-gypsy高于Ty1-copia。13条Ty1-copia以及7条Ty3-gypsy反转录酶序列在樱桃正常生长条件下均有转录活性,但不受8种非生物胁迫的诱导。PpRT7在高温(42℃)胁迫24 h时转录活性升高,并且具有组织特异性。

摘要：以钩藤叶为材料,在干燥温度、提取时间和提取剂浓度3个单因素试验的基础上,采用Box-Behnken中心组合进行3因素3水平试验设计,建立回归方程,优化出钩藤叶中钩藤碱和异钩藤碱的最佳提取条件。模拟得到钩藤叶干燥温度为54.95℃时,钩藤碱和异钩藤碱的最优提取条件为超声时间60 min、甲醇浓度73.35%。在此条件下,钩藤碱的最高提取率为133.342μg·g^(-1),异钩藤碱的最高提取率为429.746μg·g^(-1)。为了方便实际操作,校正条件为干燥温度55℃、超声提取60 min、甲醇浓度73%。通过验证试验得到钩藤碱平均提取率为130.8μg·g^(-1),异钩藤碱平均提取率为425.6μg·g^(-1),与模型预测值较为接近。因此响应曲面法可以对钩藤叶中钩藤碱和异钩藤碱的提取条件进行优化。

摘要：【目的】克隆Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶(RT)序列并分析其特性,为火龙果遗传变异和进化研究提供新的信息。【方法】根据Ty3-gypsy类反转录转座子RT保守区设计简并引物,从红肉和白肉火龙果及其突变体中扩增出430 bp左右的目标片段,回收、克隆、测序获得RT序列,并进行生物信息学分析;采用RT-PCR检测其转录活性。【结果】共获得82条RT序列,其中有55条序列发生终止密码子突变,5条序列发生移码突变;经RT序列对比,火龙果与水稻、拟南芥有较高的同源性;3条RT序列具有转录活性。【结论】火龙果Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列具有高度异质性,部分序列具有转录活性,与其他物种存在反转录转座子的横向传递。

摘要：为探究喀斯特裸坡坡面在不同降雨强度与坡度组合下径流过程及其径流总量特征。将表层岩溶带中孔(裂)隙视为可透水的“筛孔”,设定地下“二元”结构中孔(裂)隙度(5%)一致的情况下,探索裸坡地在不同降雨强度与坡度组合下地表/地下径流过程与总径流量的特征,并以此为基础揭示降雨强度、坡度对喀斯特坡面水文特征的影响。结果表明:(1)在较小降雨强度条件下(≤30 mm/h),裸坡地表并未出现产流迹象,以地下所产生的径流为主。在中大雨强(≥50 mm/h)条件下,裸坡地地表产流,且在设计降雨30 min时长内其径流过程并未出现规律性变化,而地下径流过程则在不同坡度与雨强下均呈现出先增加后趋于平缓的趋势,且其转折点多居于9~12 min时段内。(2)30 min内裸坡地地下总径流量在15 mm/h降雨强度且坡度为5°,10°,15°,20°这4个坡度条件下变化并不显著(P>0.05),而其余降雨强度下地下/地表径流量均随着坡度增加差异显著(P<0.05);同时除地下径流量与坡度呈极显著负相关(P<0.01)外,其余地表/地下径流均与降雨强度与坡度均呈现出极显著正相关(P<0.01);(3)降雨强度为大雨强(90 mm/h)条件下首次出现了地下径流系数<0.5的情况,证明大雨强(90 mm/h)条件下存在着临界坡度使得地表与地下径流量相接近。研究成果能够为喀斯特坡地水土流失防治提供参考和合理意见。

摘要：CRISPR/Cas9系统是一类有效的目标基因编辑工具,能够精准编辑植物基因组以改善植物的性状。该技术能够同时靶向一个或多个序列,切割后通过非同源末端连接或同源重组引入新的遗传变异。然而,CRISPR/Cas9技术对于木本植物仍为挑战,主要局限于基因组倍性与再生转基因植物的能力。为了建立一套有效的杜仲(Eucommia ulmoides)基因编辑系统,利用农杆菌介导的遗传转化,以杜仲EuFLC(Flowering Locus C)基因为靶标,通过设计4个向导RNAs(sgRNAs)靶向EuFLC的2个保守区域转化杜仲,在卡那霉素选择培养基上筛选4周后,分离出抗性株系,通过Sanger测序对其进行基因分型。结果表明:EuFLC的编辑效率约为5.62%,sgRNA1与sgRNA2介导的突变类型均为单个碱基的替换,其中sgRNA1编辑效率约为1.12%;sgRNA2编辑效率最高,约为4.49%,首次成功在杜仲细胞中实现基因编辑。本研究为杜仲基因功能鉴定与遗传改良提供了新的途径。

摘要：金佛山方竹是中国西南地区特有的笋用竹种,目前关于金佛山方竹品种选育的研究还不够完善。本研究对金佛山方竹3个发育部位笋箨进行转录组测序,利用Varscan和MISA程序分析、比较转录组序列中SNP和SSR的特征。研究表明,99 744条Unigene序列中含有18 560个SSR,发生频率为15.22%,重复基元共181种,SSR位点以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元为主,合计占比96.57%,基元长度在12~20 bp的SSR占比53.28%,具有中等多态性。设计共获得14 888对SSR引物。搜索到的SNP位点分别为CK-S:536 642个、CK-Z:552 763个、CK-X:523 844个,SNP的主要类型是转换型,共计506 057个。金佛山方竹笋箨转录组测序得到的SSR和SNP位点数量多、多态性好、类型丰富,可以为金佛山方竹的品质鉴定、分子辅助育种、遗传多样性分析等提供一定的理论依据。