摘要：日本蛇根草(Ophiorrhiza japonica)具有很好的观赏价值和药用价值,但基因组信息相对缺乏,导致其分子生物学和基因功能的研究受到限制。为了获得和挖掘日本蛇根草的基因数据和功能,本研究利用日本蛇根草RNA-seq转录组数据进行分析,总共产生8.48 GB数据;对所有单基因在KEGG通路数据库进行分析,共有131913个单基因被分配给KO(KEGG orthology),并定位到20个二层通路129个不同的通路。Unigene功能注释,获得GO分类条目134644条Unigenes;获得COG注释Unigenes 67961条,其中通用预测Unigenes最多。在28483条单基因簇中获得37070个简单重复序列(SSR),出现频率为16.25%,发生频率为12.49%,其平均长度为20 bp。通过设计进行筛选获取20379对SSR引物,随机筛选50对引物进行验证证明SSR引物具备有效性,日本蛇根草SSR位点具有较高的多态性潜能,对遗传多样性的鉴定具有潜在的开发价值。综上所述,本研究提供了有价值的基因研究和分子研究的信息来源,将为功能基因的克隆、基因表达、分子标记开发和遗传多样性研究提供帮助。

摘要：为克服圆锥绣球种子萌发困难,提高种子萌发率,推动品种繁殖及选育,以贵州施秉野生圆锥绣球为材料,测量不同储藏条件、消毒处理、培养基类型和暗处理时间下种子的萌发及生长指标。结果表明:4℃低温干燥储藏条件最佳,4个月的发芽率和发芽指数仍高达90.9%和7.9;使用75%酒精消毒30s后再用8%次氯酸钠消毒1min可以消除种子污染,且发芽势、发芽指数、活力指数分别达38.8、10.1、103.9;不同培养基对圆锥绣球种子萌发有显著影响,B-5培养基显著高于其他培养基,发芽指数及活力指数分别达10.0和126.7;暗处理0d时,发芽率、发芽势、发芽指数和活力指数最高,分别达90.7%、31.4、8.5和85.0。因此,圆锥绣球种子离体保存及培养条件选择4℃低温干燥保存、利用75%酒精消毒30s后再用8%次氯酸钠消毒1min,经过B-5培养基培养且不需要暗处理。

摘要：为探讨青篱柴转录组中简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)位点信息,开发青篱柴分子标记技术,采用高通量测序技术获得青篱柴转录组原始试验数据,经过生物信息学软件Trinity拼接后,获得66 755条单基因簇(universal gene,简称unigene)。进一步采用生物信息学分析软件MISA对所有的unigene进行SSR位点数据挖掘。共计搜索出22 542个SSR位点,分布在18 972条unigene中,出现频率为33. 77%,发生频率为28. 42%,SSR平均长度为15 bp,平均分布频率是1/3. 98 kb,在青篱柴转录组的SSR中,单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复序列为主要重复类型,分别占总SSR的47. 59%、27. 95%、23. 45%。青篱柴转录组数据中SSR序列共包括161种重复基元类型。其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AT/AT、C/G、AGG/CTT。重复序列长度在10～144 bp之间,大多小于24 bp,大于24 bp的仅有0. 22%(48个SSR位点)。另外,设计筛选得到15 425对SSR引物。综上表明青篱柴SSR位点多态性潜能较高,具有很大的可开发性。