摘要：采用分子对接等理论研究方法探穿了人参皂苷Rh2与以上蛋白之间的作用机理,确定最佳结合蛋白靶点.在Uniport数据库中筛选5条重要信号通路中具有已知结构的蛋白,共获得4DRI等29个蛋白.根据各个蛋白结构确定活性位点并分析位点内所含氨基酸组成.将人参皂苷Rh2对接至各个活性位点,获得药物分子与蛋白结合模型.并分析了蛋白-Rh2之间的结合方式和作用强弱.发现蛋白mTOR和TGF-β2等与Rh2可以很好地结合,别构位点与Rh2对接得分较好,是良好的潜在药物靶点蛋白.以上研究在分子水平上为设计人参皂苷Rh2及其衍生物通过生物信号通路治疗非小细胞肺癌疾病提供理论基础和治疗新思路.

摘要：以β-榄香烯(1)为先导化合物,经由其13位氯代物(2),依据生物电子等排原理将具有相似共价半径的杂原子S和Se分别引入到β-榄香烯的骨架中,得到一对相应的类似物3和6;进而通过多种方法与系列糖供体对接,立体选择性地合成了相应的乙酰化1,2-反式糖苷类衍生物11a^11c和12a^12c,经水解脱去保护基团,得到目标产物β-榄香烯含S糖苷13a^13c及其类似物β-榄香烯含Se糖苷14a^14c.目标化合物的结构经IR,1HNMR,13C NMR,77Se NMR,HRMS等方法确证.

摘要：基于硫碱基(thio-base)的易烷基化、易氧化、强紫外长波(UVA)吸收等独特的性质,以及核苷类化合物的抗肿瘤活性,设计合成了一种新化合物4-硫-5-碘尿苷,通过NMR、IR、UV、MS对其结构进行了表征。在模拟生理条件下,利用荧光光谱法、紫外-可见吸收光谱法以及圆二色谱法研究了4-硫-5-碘尿苷与人血清白蛋白(HSA)的相互作用。结果表明,4-硫-5-碘尿苷对HSA荧光具有静态猝灭作用。运用Stern-Volmer方程计算了体系的猝灭常数,利用Lineweaver-Burk方程计算了二者的结合常数,并且确定了4-硫-5-碘尿苷与HSA之间的主要作用力类型为疏水作用力,根据能量转移理论求得4-硫-5-碘尿苷与HSA的结合距离及能量转移率。此外,通过圆二色谱法考察了4-硫-5-碘尿苷对HSA作用前后的构型结构的影响。

摘要：基于含硫核苷类化合物的光敏性和核苷类化合物对肿瘤细胞有特殊的亲和力以及核苷类化合物的抗肿瘤活性,设计合成了4-硫胸苷,并通过NMR、UV、MS对其结构进行了表征。利用荧光光谱考察了4-硫胸苷与人血清白蛋白(HSA)的相互作用。实验结果表明:4-硫胸苷对人血清白蛋白(HSA)体系的猝灭是由于他们相互作用形成复合物而导致的静态猝灭。通过计算得出其结合常数分别为3.46×104,3.91×104,4.31×104L·mol-1,并测定了不同温度下的热力学参数。结果表明,4-硫胸苷与人血清白蛋白之间的主要作用力类型为疏水作用力。另外,通过圆二色光谱考察了4-硫胸苷对人血清白蛋白二级结构的影响,结果表明,4-硫胸苷对人血清白蛋白的二级结构基本没有影响。

摘要：采用分子动力学模拟方法研究了胰高血糖素样肽-1(GLP-1)与GLP-1受体(GLP-1R)胞外区域的相互作用.结果表明,配体的结合导致受体的构象发生改变,Loop2区域的氨基酸Pro90和Trp91以及C末端的Glu128向配体移动.根据保守位点突变受体(P73A,V81L,Y88A,P90A和W91A)后所得多肽模拟数据,发现Loop2区域在突变体中的结构和柔性均发生了明显变化,Trp91和Tyr88的突变将导致配体亲和力丧失.研究结果证明,P73A突变型受体和野生型受体分别与配体相互作用后,二者数值差别不大,因此Pro73不是关键残基;V81L突变体则会导致配体亲和力的丧失.该结果为GLP-1药物设计提供了重要理论依据.

摘要：细胞周期蛋白D2(CyclinD2,CCND2)在细胞中的异常表达会诱发肿瘤等疾病,设计高选择性CCND2药物对抑制肿瘤具有重要意义。本文选用PDB数据库中与CCND2一级序列同源性最高的3G33为模板蛋白建模,通过Loop环区能量优化最终得到具有较高合理性和可信度的三维蛋白结构模型,最优模型VerifyScore为100.920,预测获得10个可能的活性位点。构建药物小分子的最低能量结构,将小分子对接至蛋白活性位点,根据对接模型确定不同药物小分子与蛋白活性位点的相互作用方式,筛选细胞周期依赖性激酶(CDKs)类似物作为药物小分子配体,实验结果对进一步研究CyclinD2的结构、功能具有理论指导意义,也为相关疾病的临床治疗奠定了理论基础。

摘要：研究药物和血液中载体蛋白的相互作用对阐明药物在体内的转运、分布、代谢和药效等具有重要意义。运用稳态荧光、紫外-可见吸收光谱、动力学瞬态发射光谱和循环伏安法研究了抗艾滋病(HIV)药物司他夫定(stavudine,D4T)对人血清白蛋白(HSA)、牛血清白蛋白(BSA)和血红蛋白(Hb)三种血液蛋白的荧光猝灭机制,均为静态猝灭;得出不同温度(300K,310K,320K)下D4T和载体的结合常数Ka(Ka的大小顺序为Hb>HSA>BSA)和结合位点数n(n均为1);分析二者结合过程的热力参数ΔH,ΔS和ΔG,三种血液蛋白均为ΔG>0,ΔH>0,说明D4T和载体的结合是一种自发的放热过程,同时由ΔH<0,ΔS<0,推测出D4T与HSA,BSA和Hb之间的结合力都为氢键和范德华力;根据F9rster非辐射能量转移理论(FRET)分析了供体(蛋白)和受体(D4T)之间发生能量转移的可能性并计算了结合距离R0和r,其中r<7nm且0.5R0<r<1.5R0,表明从HSA,BSA和Hb到D4T之间发生能量转移的可能性很大。同时利用同步荧光,三维荧光和圆二色谱法得出,D4T与载体结合时对载体(HSA,BSA和Hb)的二级结构无影响,且三级构象变化不大。通过本文实验可知,HSA,BSA和Hb三种血液蛋白均可作为运输D4T到靶位置的良好载体蛋白,这些结果为更深入研究D4T药物分子设计和抗HIV作用的应用提供有利的实验依据。

摘要：茶酚-氧位-甲基转移(COMT)酶抑制剂在治疗帕金森病中起到重要作用.通过对现有COMT酶抑制剂托卡朋和恩托卡朋结构与活性关系分析,推断含有儿茶酚结构的香豆素类化合物可能具有潜在的COMT酶抑制活性,因此设计合成了一类新型的6,7-二氧代-4-芳胺香豆素,通过理论计算,研究了此类化合物对COMT酶抑制活性.结果表明,设计的10种6,7-二氧代-4-芳胺香豆素与COMT酶的对接效果均较好,其中具有甲氧基乙基保护的儿茶酚结构化合物6,7-二[2-(甲氧基)乙氧]-4-(苯胺)香豆素(6b4)和6,7-二[2-(甲氧基)乙氧]-4-[(3-乙炔基)苯胺]香豆素(6b5)与COMT酶的对接效果尤为显著.

摘要：通过密度泛函理论计算,探讨FeSOD天然酶氧化态、还原态和失活态的活性中心的电子结构,揭示具有较高的结构稳定性和催化超氧阴离子的活性的原因.为FeSOD模拟化合物的分子设计提供了重要的信息.

摘要：设计了1个简单的移动式反渗透膜盐水分离体系,其中,移动式反渗透膜由扶手椅型(6,6)纳米碳管簇及石墨烯封装膜组成,盐水的密度为1.04g·cm-3,为近似的海水盐浓度.该设计利用纳米碳管膜的通水阻盐特性,通过外力推动膜运动实现盐水的反渗透分离.为检验其可行性与盐水分离效率,利用非平衡分子动力学模拟方法,分别考察了外部推力,体系温度,膜的厚度等对体系盐水分离效率的影响.研究结果表明:(6,6)碳管簇膜可以实现盐水分离的目的,且能耗远低于现有的海水淡化技术;此外,盐水的分离效率与外部推力,体系温度以及膜的厚度紧密相关.