摘要：北京儿童腹泻中G1和G3型轮状病毒(Rotavirus,RV)的流行随时间动态变化。鉴于G1和G3型RV在疫苗研发设计中的重要地位,本研究依据前期对2007～2017北京腹泻就诊患儿中RV流行的监测结果,分别选取G1(15例)和G3(18例)型RV标本,应用DNAStar、MEGA 6.0和BEAST软件包及Datamonkey在线工具,分析和预测11年来其主要中和抗原VP7基因的分子进化动态。结果显示G1和G3型RV同近年世界各地的各自主要流行株之间的进化距离近,相比同一进化树分支内参考株的VP7基因并没有表现出特有的氨基酸变异,提示并未有特别的基因变异直接改变北京G1和G3型RV的流行。本研究中北京G1和G3型RV最近共同祖先株形成时间分别约为2005年和1996年,其VP7基因平均进化速率分别为2.29×10^(-3)和5.11×10^(-4)氨基酸替换·位点^(-1)·年^(-1)。尽管G1型的变异速率大于G3型,但有意思的是它们均无正向选择变异位点。群体流行历史(Bayesian skyline plot,BSP)分析显示人群中G1和G3型RV的感染水平呈现缓慢下降,并均在2010年前后出现了跳跃式下降,随后有所上升并维持在较平稳的感染水平,基本符合北京腹泻儿童中RV流行趋势监测,据此推测群体免疫压力可能是影响G1和G3型RV的流行分布随时间动态变化的原因。分子分析结果还显示本研究中G1和G3型RV和相应型别疫苗株之间的进化距离远,且均在主要抗原区存在变异,这些是否对疫苗应用效果产生影响仍需要对RV的流行进行持续监测。

摘要：1994年从北京腹泻儿童中鉴定的国内首例G9型A组轮状病毒(Group A Rotavirus,RVA)株T203属于G9-Ⅵ(VP7基因进化树支Ⅵ),而之后国内流行的G9型RVAs主要属于全球广泛流行的G9-Ⅲ(VP7基因进化树支Ⅲ)。本研究于2010年通过基因测序从北京腹泻儿童中再次鉴定了一例RVA G9-Ⅵ。为了解北京儿童中G9-Ⅵ再次流行的情况,本研究对国内外人G9型RVAs的VP7基因进行多序列比对分析,在G9-Ⅲ和G9-Ⅵ病毒各自VP7基因序列比较保守、彼此间变异集中的区域设计杂交探针,经PCR合成地高辛标记的cDNA探针,建立区分G9-Ⅲ和G9-Ⅵ的斑点杂交方法;结合本实验室前期建立的RVA常见G和P基因型杂交鉴定方法,对2011-2012年门诊腹泻就诊患儿中RVAs的流行进行调查。结果显示G9型检出率最高(43.5%,57/131),其次是G3(30.5%)、G1(12.2%)和G2(11.5%),未发现G4型。P分型结果显示P[8]为主要基因型(85.2%),其次P[4]型(14.8%),未发现P[6]型。对57例G9型RVAs全部进行G9-Ⅲ和G9-Ⅵ杂交鉴定。结果显示:G9-Ⅵ占96.5%,取代G9-Ⅲ(3.5%)成为优势流行的G9型病毒。从VP7基因进化树图上看到,本研究鉴定的北京人RVA G9-Ⅵ同国内外近期多地出现的人RVA G9-Ⅵ进化关系密切,并且和加拿大的猪RVA株F7P4进化距离近。国内外新近重新出现的人G9-Ⅵ RVAs是否在进化过程中获得了比以往广泛流行的RVA G9-Ⅲ更强的传播能力或致病力,值得进一步研究。

摘要：目的 分析北京地区2010至2016年引起儿童肠道病毒（EV）相关疾病的病原谱变化及其各型别的流行趋势.方法 采用重复横断面研究方法,对2010-2016年收集的首都儿科研究所附属儿童医院感染科门诊疑似EV相关疾病患儿的口咽拭子标本进行EV筛查.使用实时荧光反转录（RT）PCR反应检测EV、肠道病毒71型（EV-A71）和柯萨奇病毒A组16型（CV-A16）.经自行设计引物、改进引物及PCR扩增条件,通过RT-PCR方法对EV阳性而EV-A71和CV-A16阴性标本依次用CV-A6、EV-A和B组特异性引物以及5＇UTR通用引物进行扩增、测序以确定型别.通过计算构成比的方式分析不同EV型别的流行特点以及在不同年龄组的分布情况,使用x2检验对患儿性别的差异进行统计学分析.结果 收集的2 703份口咽拭子标本中EV阳性标本共1 992例,总阳性率为73.7％,其中EV-A71的阳性率为19.1％（516份）,CV-A16为24.3％（658份）,CV-A6为22.2％（600份）,CV-A10为4.5％（122份）,其他型别EV为3.5％（95份）,还有1份标本为EV-A71和CV-A16同时阳性,提示共感染.通过改进EV-A组VP1特异性引物和PCR扩增条件后,EV-A组（除EV-A71、CV-A16、CV-A6和CV-A10）阻性检出率由11.3％（7/62）增加至95.2％（59/62）.2010-2012年,EV阳性标本中CV-A16和EV-A71所占比例最高;然而2013年CV-A6代替CV-A16和EV-A71成为主导病原,所占比例达60.7％（68/112）,远远高于CV-A16（23.2％,26/112）和EV-A71（12.5％,14/112）;2014年,EV型别仍以CV-A16和EV-A71为主;2015和2016年均以CV-A6所占比例最高,分别为68.2％（232/340）和38.6％（151/391）.EV的流行季节多为4至8月份,但每年稍有不同,CV-A6在10和11月份会出现小的流行高峰.EV阳性标本中的男女性别比为1.50∶1,以5岁以下儿童多见.与EV-A71和CV-A16相比,CV-A6更易感染年龄偏小的儿童.结论 2010-2016年北京地区儿童中EV感染的病例中EV病原谱发生了明显变化,自2013年以来,非EV-A71和CV-A16的病原增多,CV-A6逐渐成为EV感染性疾病的主要病原体之一.对PCR引物和扩增条件的改进可以有效地提高检测结果的可靠程度.

摘要：建立操作便捷、用户友好的在线系统可以实现对海量病毒感染宿主应答数据的深度挖掘,促进对病毒与宿主相互作用的深入了解。通过收录整合1483份批量转录组和超30000个细胞的单细胞转录组数据,以R语言为核心,整合多种先进生物信息工具,设计开发用户友好的在线平台rViRAL(Respiratory Virus Response interActive anaLysis)。在rViRAL上,研究人员通过用户友好的交互界面即可实现对感染后宿主应答的系列分析,包括:差异表达分析、诊断性能评价以及单细胞层面上的分子变化等。此外,rViRAL还提供跨多种常见呼吸道病毒感染类型,对感兴趣的基因进行泛感染比较分析的功能。借助rViRAL,生物学家可以无需任何计算编程技能就可以对感兴趣的基因进行假设探索与验证,这将极大地促进呼吸道病毒感染免疫的数据挖掘、科学讨论和治疗及诊断靶点的发现。