摘要：目的 对2018—2019年北京市柯萨奇病毒A组16型(coxasckievirus A16, CVA16)结构蛋白VP1序列进行变异分析,了解其与手足口病(hand-foot-mouth disease, HFMD)流行的关系。方法 对2018—2019年首都医科大学附属北京佑安医院HFMD患儿标本进行逆转录聚合酶链反应(reverse triscription polymerase chain reaction, RT-PCR),测序扩增产物,获得CVA16的VP1全长序列,结合GenBank中北京及国内外CVA16代表性毒株构建系统进化树,分析VP1的氨基酸置换熵值和氨基酸的年替换比例。结果 分子进化分析表明,2018—2019年首都医科大学附属北京佑安医院26株CVA16全部为B1基因型。其中,有16株B1b型,占61.54%;10株B1a型,占38.46%。北京B1a型毒株明显分属早期和近期2个进化分支。B1a型近期分支与国内近期流行B1a型毒株、越南和泰国流行株的亲缘关系较近。通过分析VP1氨基酸置换熵值,发现2007—2019年北京CVA16 B1b型和B1a型毒株的易突变位点不同,分别为VP1-23;VP1-164和VP1-251。2012年起B1b型毒株VP1-23位点的蛋氨酸逐渐替代亮氨酸成为优势氨基酸;而近年北京B1a型毒株呈VP1-164K251I模式,与近年国内其他地区B1a型流行株及越南,泰国毒株一致。结论 2018—2019年北京市CVA16主要流行基因型为B1b型,新出现的B1a型毒株的易突变氨基酸模式与B1b型及早期B1a流行株不同,近期B1a型毒株可能由越南和泰国等国输入并在国内传播、流行。今后应加强对CVA16不同基因型及不同进化分支的动态监测和精细分析,为疫苗设计等疾病防控策略的制定和调整提供科学依据。