摘要：目的评估探针熔解曲线法检测石蜡包埋组织诊断耐药结核病的临床价值。方法采用横断面研究设计,回顾性收集首都医科大学附属北京胸科医院2018年1月至2019年12月所有确诊结核病住院患者4551例。以表型药敏试验和GeneXpert结核分枝杆菌及利福平耐药(Xpert MTB/RIF,以下简称"Xpert")检测为金标准分析探针熔解曲线法的准确性,并评估该技术作为常规耐药诊断方法的补充,提高耐药结核病诊断阳性率的临床价值。结果以表型药敏试验结果为金标准,探针熔解曲线法检测利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮耐药的灵敏度分别为14/15、95.7%(22/23)、2/4、8/9;特异度分别为92.0%(115/125)、93.2%(109/117)、90.4%(123/136)、93.9%(123/131);总符合率为92.1%(95%CI:89.6%~94.1%),一致性检验Kappa值为0.63(95%CI:0.55~0.72),以Xpert检测结果为标准,该技术对利福平耐药检测的灵敏度为93.6%(44/47),特异度为100%(310/310),符合率为99.2%(95%CI:97.6%~99.7%),一致性检验Kappa值为0.96(95%CI:0.93~0.99);在4551例结核病确诊患者中联合应用探针熔解曲线法检测后,获得有效耐药信息的患者比例从83.3%提高到87.8%(P<0.01);利福平、异烟肼、乙胺丁醇、氟喹诺酮耐药、耐多药以及准广泛耐药检出人数分别增加了3.2%、14.7%、22.2%、13.7%、11.2%以及12.5%。结论探针熔解曲线法进行结核病耐药诊断具有良好的准确性,可以作为常规耐药诊断方法的补充,有效提高耐药结核病诊断阳性率。

摘要：目的 用基于多重PCR (multiplex PCR,mPCR)扩增子的二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术(mPCR-NGS)检测MTB的耐药基因突变,并评估其检测石蜡包埋组织标本诊断耐药结核病的临床应用价值.方法 选取北京市昌平区结核病防治所2013年4月至2015年10月常规进行了利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星和氧氟沙星比例法检测且具有药敏试验结果的50株MTB临床分离株,包括42株耐药MTB和8株敏感MTB菌株.参考耐药基因数据库及相关文献,针对以上8种抗结核药物主要耐药基因及常见位点设计耐药基因组合,建立有效的检测方案.收集首都医科大学附属北京胸科医院病理科2017年11月至2018年9月耐药结核病患者55例的石蜡包埋组织标本,探针熔解曲线法检测结果为利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类至少存在一种耐药相关基因突变.首先对已知表型药敏试验结果的MTB临床分离株进行mPCR-NGS检测,验证该方法检测纯菌样本的有效性,再进一步检测结核病患者石蜡包埋组织标本进行临床验证.主要评价指标为敏感度和特异度以及一致性.结果 以比例法为金标准,mPCR-NGS检测利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇的敏感度分别为95% (38/40)、93%(27/29)、93% (27/29)和72%(13/18),特异度分别为100%(10/10)、95% (20/21)、100%(21/21)和94%(30/32);二线注射类药物卷曲霉素、卡那霉素和阿米卡星敏感度均为100% (2/2,3/3,3/3),特异度分别为98%(47/48)、100%(33/33)和100%(47/47);氧氟沙星的敏感度为70%(7/10),特异度为100%(40/40).总符合率为94%,一致性检验Kappa值为0.87.纳入的55例石蜡包埋组织标本经探针熔解曲线法检测,28例利福平耐药,37例异烟肼耐药,13例乙胺丁醇耐药,17例氟喹诺酮类耐药.mPCR-NGS与探针熔解曲线法比较,利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类的敏感度分别为100%(28/28)、95%(35/37)、100%(13/13)和100%(17/17);特异度均为100%(27/27,18/18,42/42,38/38).两种方法总符合率为99%,一致性检验Kappa值为0.98.结论 mPCR-NGS检测MTB临床分离株及结核病患者石蜡包埋组织标本耐药基因突变的敏感度、特异度和符合率较高,有望成为耐药结核病准确、快速的分子病理诊断新技术.

摘要：目的用基于多重PCR(mutiplex PCR,mPCR)扩增子的二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术(mPCR-NGS)检测MTB的耐药基因突变,并评估其检测石端包埋组织标本诊断耐药结核病的临床应用价值。方法选取北京市昌平区结核病防治所2013年4月至2015年10月常规进行了利福平、异烟阱、乙胺丁醇、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星和氧氟沙星比例法检测且具有药敏试验结果的50栋MTB临床分离株,包括42株耐药MTB和8株敏感MTB菌株。参考耐药基因数据库及相关文献,针对以上8种抗结核药物主要耐药基因及常见位点设计耐药基因组合,建立有效的检测方案。收集首都医科大学附属北京胸科医院病理科2017年11月至2018年9月耐药结核病患者55例的石蜡包埋组织标本,探针熔解曲线法检测结果为利福平、异烟腓、乙胺丁醇和氟喹诺酮类至少存在一种耐药相关基因突变。首先对已知表型药敏试验结果的MTB临床分离株进行mPCR-NGS检测,验证该方法检测纯菌样本的有效性,再进一步检测结核病患者石蜡包埋组织标本进行临床验证。主要评价指标为敏感度和特异度以及一致性。结果以比例法为金标准,mPCR-NGS检测利福平、异烟阱、链霉素和乙胺丁酶的敏感度分别为95%(3840)、93%(2729)、93%(217129)和72%(13/18),特异度分别为100%(10/10)、95%(20/21)、100%(21/21)和94%(30/32);二线注射类药物卷曲霉素、卡那霉素和阿米卡星敏感度均为100%(22,3/3,3/3),特异度分别为9%(47148)、100%(3/33)和100%(4747),氧氟沙星的敏感度为70%(710),特异度为100%(40/40)。总符合率为94%,一致性检验Kappa值为0.87。纳人的55例石蜡包埋组织标本经探针熔解曲线法检测,28例利福平耐药,37例异烟腆耐药,13例乙胺丁醇耐药,17例氟喹诺酮类耐药。mPCR-NGS与探针熔解曲线法比较,利福平、异烟阱、乙胺丁醇和氟喹诺郦类的敏感度分别为100%(28/28)95%(35/37)、:100%(13/13)和100%(17/17);特异度均为100%(27/27,18/18,42/42,38/8)。两种方法总符合率为99%,一致性检验Kappa值为0.98。结论mPCR-NGS检测MTB临床分离株及结核病患者石蜡包埋组织标本耐药基因突变的敏感度、特异度和符合率较高,有望成为耐药结核病准确、快速的分子病理诊断新技术。